원고의 상고는 이를 기각하고 이 부분 상고비용은 원고의 부담으로 한다.

원심이 원고가 이 사건 공장용지를 원고와 특수관계자의 지위에 있는 소외 세림개발산업 주식회사에 양도할 당시인 1987.12.31. 그 시가는 금 480,000/㎡원 정도로서 이를 금 381,148원에 양도한 것은 법인세법 소정의 특수관계자 사이의 저가양도에 해당한다고 인정하였음은 옳고 거기에 소론과 같이 채증법칙 위배나 심리미진 등의 위법이 있다 할 수 없다. 논지는 이유 없다.

2. 피고소송수행자의 상고이유를 본다.

가. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 거시한 증거들을 종합하여 피고는 1988년도에 이르러 원고회사의 1983년도부터 1987년도까지의 사업소득에 대한 실지세무조사를 한 결과 원고 회사의 관리상무인 소외 1, 경리부장 소외 2, 영업부 차장 소외 3 등의 확인서(을 제35호증, 36호증)에 근거하여, 원심판시 (가)항 기재와 같이 원고가 위 기간 동안 소외 한국코인주식회사 및 주식회사 신창 등으로부터 아세틸렌(AC) 및 산소(O₂)주입용기와 휄트를 실제로 구입하지 않았음에도 불구하고 원심판결 별지명세서 기재와 같이 세금계산서만 수취하여 그 구입가액 합계 금 208,765,000원을 자산으로 가공계산 하여 위 가액과 이에 대한 부가가치세 금 20,876,500원의 합계 금 229,641,500원(1983. 사업연도 금 71,500,000원, 1984. 사업연도 금 21,450,999원, 1985. 사업연도 금 14,300,000원, 1986. 사업연도 금 44,687,500원, 1987. 사업연도 금 77,704,000원)을 대표이사인 소외 4의 개인적인 용도에 사용하기 위하여 사외 유출한 것으로 보아, 위 금액을 원고의 각 해당 사업연도에 익금가산한 후 위 소외 4에 대한 상여로 처분하면서 손금에 가산하고, 이미 비용 처리한 AC 및 O₂용기의 감가상각비 합계 금 69,302,256원(1983. 사업연도 금 15,551,249원, 1984. 사업연도 금 19,402,776원, 1986. 사업연도 금 19,318,732원, 1987. 사업연도 금 15,029,499원)을 손금불산입함과 동시에, 이미 공제받은 부가가치세 금 20,876,500원을 공제하지 않은 것을 비롯하여 그 판시 (나) 내지 (자)항 기재와 같이 원고회사의 회계장부상의 각 거래행위를 부인함으로써 원심판결 별지세액명세표 (1)항 기재와 같은 위 각 해당연도의 원고회사의 법인세, 부가가치세, 갑종근로소득세 등의 경정부과처분을 한 사실, 그 후 원고의 불복에 따른 국세심판절차에서 위 (가)항의 가공매입금액으로 본 부분 중 소외 한국코인 주식회사로부터 매입한 아세틸렌용기 1,650개의 대금 118,800,000원(1983년 귀속 71,500,000원, 1984년 귀속 21,450,000원, 1985년 귀속 14,300,000원, 1987년 귀속 11,550,000원)은 실지거래임이 확인되었으므로 가공매입이 아니라는 결정을 하자, 피고는 이에 따라 원심판시와 같이 그 과세표준 및 세액을 다시 산출하여 1989.3.6. 당초의 과세처분에 대한 감액결정을 고지한 사실을 인정한 후, 원고의 위 (가)항 거래가 가공된 거래인지에 관하여 판단함에 있어, 이에 부합하는 위 각 확인서(갑 제35호증, 36호증)의 기재는 그 거래 일시와 수량 및 거래액이나 그 수불내용을 총괄적으로 열거한 것에 불과하여 그 구체적인 거래내용을 확인할 수 없을 뿐 아니라, 그 내용의 일부가 위에서 본 바와 같이 국세심판소의 결정에 의하여 실제거래임이 밝혀진 점에 비추어 볼 때, 그 내용이 진실한 것이라고 단정할 수도 없어 피고의 이 사건 과세처분의 적법성을 뒷받침하는 자료로 삼을 수는 없고, 달리 위 거래가 가공임을 인정할 증거가 없으므로, 결국 이 사건 과세처분 중 위 거래가 가공거래임을 전제로 한 부분은 위법하다고 판단하였다.

나. 그러나 과세관청이 법인의 사업소득에 대한 실지세무조사를 하는 과정에서 당해 법인의 회계담당자로부터 법인의 장부상에 기재된 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특단의 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 이치라 할 것이다.

그런데 원심이 배척하고 있는 위 각 확인서(을 제35호증, 36호증)에 관하여 살펴보면, 우선 원고는 원심에서 위 각 확인서의 진정성립을 인정하고 있을 뿐 아니라, 이 중 원고회사의 관리상무인 소외 1과 경리부장인 소외 2가 함께 작성한 확인서(을 제35호증)의 기재내용은, 원고회사가 허위로 세금계산서를 수취한 거래내용에 대하여 거래일자, 품명, 수량, 단가, 금액, 세액, 매입처 등을 거래별로 일일이 확인한 것이고, 원고회사 영업부차장인 소외 3이 작성한 확인서(을 제36호증)의 기재내용은 동인이 관리하는 아세틸렌가스용기 수불부는 사실과 틀림없는 원시기록이라는 것과 그 기록에 따른 재고량, 개별적인 거래의 일시, 거래량, 거래처 등을 확인하는 내용의 것으로서 그 문서의 기재내용에 비추어 신빙성을 가볍게 배척하기 어려운 것으로 판단된다. 원심은 위 각 확인서를 배척하는 이유로서 그 기재가 거래일시와 수량 및 거래액이나 그 수불내용을 총괄적으로 열거한 것에 불과하여 그 구체적인 거래내용을 확인할 수 없다는 점을 들고 있으나 위 거래일시, 수량, 거래액, 거래처 등이 밝혀지면 거래내용은 구체적으로 확인되는 것이므로 다시 구체적인 거래내용을 확인할 수 없다는 판시취지는 납득할 수 없다.

한편 원고가 이 사건 국세심판단계에서 위 가공거래임을 확인한 거래 중 일부거래에 대한 금융자료를 제시하고 그 부분에 해당하는 과세처분의 취소를 구하여 인용받은 사실은 원심이 판시한 바와 같으나, 일반적으로 과세관청의 법인에 대한 실지조사과정에서 장부상의 물품수량과 실지재고수량의 차이가 드러나 당해 법인의 담당자가 그 총 차이분에 상응하는 거래내용을 확인하는 경우 그 개별적인 거래내용의 확인에는 일부 착오나 오류가 있을 수 있는 것이므로 위 확인서 일부기재내용의 상위만으로 나머지 기재내용 전부를 믿기 어려운 것이라고 단정할 수 없을 뿐 아니라 기록에 의하면 원고 스스로도 위 확인서기재의 가공거래 가운데 금융자료제시분에 대하여만 불복을 구한 바 있고, 국세심판소도 원고가 제출한 약속어음 등의 금융자료, 원고 법인의 원시장부, 거래처인 소외 한국코인 주식회사의 회계전표 등을 모두 조사하여 그 부분 원고의 청구를 인용하였음을 알 수 있으므로, 그와 같은 사정에 비추어 보면 원고가 위 관계장부상 실지거래사실을 제대로 입증하지 못한 나머지 가공거래분에 대하여는 다른 특별한 사정이 없는 한 위 확인서의 기재내용에 따라 이를 가공거래로 봄이 상당하다고 할 것이다.

다. 따라서 원심판결에는 채증법칙을 위배하여 사실을 오인함으로써 판결결과에 영향을 미친 위법이 있다고 할 것이고 이 점을 지적하는 피고소송수행자의 상고논지는 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결 중 피고패소부분을 파기하여 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송하고 원고의 상고는 이유 없으므로 이를 기각하고 이 부분 상고비용은 패소자인 원고의 부담으로 하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.