가. 코스닥 상장법인인 주식회사 B(이하 ‘B’이라 한다)은 사옥신축자금을 조달하기 위하여 2008. 7. 9.경 200억 원의 신주인수권부사채를 발행하였고, 주식회사 한신상호저축은행(이하 ‘한신저축은행’이라 한다)은 위 신주인수권부사채를 전액 인수하였다.

나. 아래에서 보는 바와 같이 B의 기존 주주들은 한신저축은행으로부터 신주인수권 2,800만 주를 13억 원(주당 47원)에 양수하여 보유하게 되었는데, C이 308만 주, 원고가 182만 주, D이 168만 주, E가 280만 주, F이 70만 주, 전(前) 대표이사 G가 840만 주, 현(現) 대표이사 H이 952만 주를 각각 보유하였다.

다. 아래에서 보는 바와 같이 I는 B의 기존 주주들로부터 다른 사람 명의로 B의 신주인수권을 양수받기로 하였는데, C, 원고, D, E, F(이하 B의 주주 중 G와 H을 제외한 주주인 C, 원고, D, E, F을 ‘이 사건 양도인들’이라 한다)은 2009. 7. 9. 및 2009. 8.경 I에게 B의 신주인수권 1,080만 주를 주당 1,000원에 양도하였다

(이하 이 사건 양도인들과 I 사이의 신주인수권 양수도계약을 ‘이 사건 양수도계약’이라 한다). 라.

한편, 원고는 2010. 5. 31. 피고에게 ‘원고가 2009. 7. 8. B의 신주인수권 182만 주를 J과 K에게(J 700,000주, K 1,120,000주) 1주당 300원, 양도가액 546,000,000원에 양도’한 것으로 하여 2009년 귀속 양도소득세를 신고납부하였다.

마. 서울지방국세청장은 2011. 9. 30.부터 2011. 12. 31.까지 B에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 원고를 비롯한 이 사건 양도인들이 신주인수권을 1주당 532원에 양도한 것으로 파악하여(원고의 경우 양도가액 968,240,000원) 피고에게 이와 같은 자료를 통보하였고, 이에 따라 피고는 원고에게 2012. 5. 2. 2009년 귀속 양도소득세 55,049,470원, 2012. 5. 9. 2009년 귀속 증권거래세...