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가. 원고 및 해외 자회사들 원고는 석유화학 및 정보전자소재 등의 사업을 영위하는 회사인데, 별지 <표 1> 기재와 같이 해외 자회사들을 설립하여 사업을 영위하였고, 이들 해외 자회사는 원고와의 관계에서 구 국제조세조정에 관한 법률(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되어 2011. 12. 31. 법률 제11126호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제9호가 정한 ‘국외특수관계자’ 내지 구 국제조세조정에 관한 법률(2013. 1. 1. 법률 제11606호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제9호가 정한 ‘국외특수관계인’에 해당한다.

나. 지급보증 및 지급보증수수료 수취 원고는 2006 사업연도부터 2012 사업연도까지 위 해외 자회사들을 위하여 금융기관에 지급보증을 하고 위 자회사들로부터 지급보증금액의 1% 내지 0.5% 2011년 7월 이후 0.5% 를 지급보증수수료로 수취하였는데, 그 내역은 별지 <표 2> 중 ‘원고 적용 수수료율’란 및 ‘기수취 수수료’란 기재와 같다.

다. 세무조정 및 법인세 부과처분 국세청은 2012년경 ‘해외자회사 지급보증수수료 정상가격 결정모형’(이하 ‘국세청 모형’이라 한다)을 개발하였고, 피고는 ‘원고가 적용한 수수료율’이 ‘국세청 모형에 따라 산출되는 지급보증수수료율’에 미치지 못한다는 이유로, ‘국세청 모형에 따라 산출한 지급보증수수료율을 적용한 지급보증수수료’에서 ‘원고가 수취한 지급보증수수료’를 뺀 차액을 소득금액 조정액으로 산정하고 그 소득금액 조정액을 각 사업연도의 익금으로 가산하였는데, 그 내역은 별지 <표 2> 중 각 ‘피고 주장 수수료율’란 및 ‘소득금액 조정액’란 기재와 같다.

피고는 구 국제조세조정에 관한 법률 2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되어 2013. 1. 1. 법률...

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