2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2003. 12. 31. 화성시 B 전 1,771㎡와 C 전 2,354㎡를 매매로 취득하였고, 위 두 토지는 2005. 12. 4. 지목 변경 및 합병을 거쳐 화성시 B 공장용지 4,125㎡(이하 지목 변경 및 합병 전후를 통틀어 ‘분할 전 토지’라고 한다)가 되었다.

나. 원고는 2002. 10. 31. 분할 전 토지 위에 2동의 공장건물(제1동의 연면적 755.23㎡, 제2동의 연면적 788.5㎡. 이하 제1동 건물을 ‘이 사건 제1동 건물’, 제2동 건물을 ‘이 사건 제2동 건물’이라고 하고 이를 통틀어 ‘이 사건 각 건물’이라고 한다) 신축에 대한 건축허가를 받아 이를 신축하였고 2005. 12. 8. 그 사용승인을 받았다.

다. 분할 전 토지로부터 화성시 D 공장용지 1,639㎡, E 공장용지 76㎡, F 공장용지 1,710㎡가 분할되었고(이하 분할된 위각 토지를 지칭할 때에는 ‘이 사건 D 토지’와 같은 형식으로 지번만으로 특정한다) 이 사건 제1동 건물은 이 사건 D 토지 위에, 이 사건 제2동 건물은 이 사건 E, F 토지 위에 위치하고 있다. 라.

원고는 2009. 3. 29. 이 사건 D 토지 및 그 지상 이 사건 제1동 건물과 화성시 G 공장용지 12㎡를 H에게 양도하였고, 이에 대한 양도소득세 신고를 하면서 토지에 대한 취득가액은 합계 304,406,669원, 양도가액은 합계 489,250,528원, 이 사건 제1동 건물에 대한 취득가액은 254,685,886원(원고가 신고한 이 사건 각 건물의 신축에 소요된 공사대금 등 합계 520,591,400원 × 이 사건 제1동 건물의 연면적 755.23㎡ / 이 사건 각 건물의 연면적 합계 1,543.73㎡. 원 미만 버림. 이하 같다), 양도가액은 260,749,472원으로 신고하였다.

마. 원고는 2012. 4. 24. 이 사건 E, F 토지 및 그 지상 이 사건 제2동 건물 및 기계장치를 진흥엘엔에스 주식회사에 양도하고 이에 대한 양도소득세 신고를 하면서...