2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1939. 5. 8. 아산시 탕정면 AA리 363-3 전 3,283㎡, 같은 리 367-13 전 1,279㎡, 같은 리 367-14 전 691㎡, 같은 리 381-4 전 502㎡, 같은 리 524-5 유지 248㎡, 같은 리 산 41-1 임야 27,372㎡를 취득하였다가 2005. 10. 14. 위 각 토지를 삼성전자 주식회사에 양도하였다.

나. 원고는 2005. 12.경 양도소득세를 예정신고하면서, 위 각 토지 중 아산시 탕정면 AA리 363-3 전 3,283㎡, 같은 리 367-13 천 1,279㎡, 같은 리 381-4 전 502미(이하 "이 사건 토지"라고 한다)는 8년 이상 자경농지이므로 이 사건 토지가 일반도시지역으로 편입된 2005. 6. 2.까지의 양도소득세는 감면대상에 해당된다고 보아 산출세액 197,806,876원에서 2005. 5. 31. 기준 공시지가를 적용한 감면세액 86,403,730원을 차감한 100,262,832원을 2005년 귀속 양도소득세로 예정신고하고, 이를 납부하였다.

다. 피고는 2009. 4. 14. 구 조세특례제한법(2005. 12. 21. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제66조의 규정을 적용하여 8년 자경농지에 대한 감면세액을 산정하면서 이 사건 토지가 공업지역에 편입된 날이 원고가 주장하는 2005. 6. 2.이 아니라 2005. 5. 28.로 보아 그 이전의 2004. 6. 30. 기준 공시지가를 적용하여 감면세액을 78,393,039원으로 산정하여 양도소득세를 125,426,877원으로 경정하고, 원고에게 기납부세액을 공제한 나머지 2005년 귀속 양도소득세 25,164,047원을 부과하였다(이하 "이 사건 처분"이라고 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 7. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2009. 9. 3. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제l호증 내지 갑 제5호증, 을 제1호증, 을 제2호증, 을 제4호증, 을 제5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

원고는, 국토의 이용 및 계획에 관한 법률(2009. 2. 6. 법률 제9442호로 개정되기 전의 것) 제31조 제1항에 의하면 도시관리계획의 결정은 동법 제30조 제6항의 고시가 있은 날부터 5일 후에 그 효력이 발생하는 것이므로, 이 사건 토지의 일반공업지역 편입일자는 2005. 6. 2.로 보아야 하고, 이에 따라 2005. 5. 31. 기준 공시지가를 적용 하여 감면대상 양도소득이 결정되어야 함에도, 피고가 위 편입일자를 고시일인 2005. 5. 28.로 보아 2004. 6. 30. 기준 공시지가를 적용하여 감면대상 양도소득을 산정한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 8년 이상 자경농지로 양도소득세 감면대상이 되는 토지라 하더라도 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 "주거지역 등"이라 한다)에 편입된 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있는바, 여기서 "주거 지역 등에 편입된 날"이라 함은 산업단지지정권자가 실시계획을 승인하여 이를 고시한 날을 의미한다 할 것이고(대법원 2004. 12. 9. 선고 2003두4304 판결 참조), 그 고시의 효력이 발생한 때를 의미하는 것은 아니라 할 것이다.

(2) 위 인정사실 및 갑 제4호증(가지번호 포함)의 기재, 앞서 본 법리를 종합해 보면, 충청남도지사는 2005. 5. 28. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 기하여 충청남도 고시 제2005-100호로 탕정제2일반지방산업단지 실시계획을 승인ㆍ고시함으로써 이 사건 토지는 2005. 5. 28. 일반공업지역으로 편입된 사실을 인정할 수 있고, 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 등에 편입된 농지는 당해 토지가 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 양도소득에 한하여 양도소득세를 감면하도록 규정되어 있는바, 따라서 이 사건에서 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어서 이 사건 토지가 2005. 5. 28. 도시지역에 편입되었다고 보아야 할 것이므로, 구 조세제한특례법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제66조 제7항에 규정된 감면대상 양도소득금액을 산정함에 있어서 주거지역 등에 편입된 날의 기준시가를 위 2005. 5. 28. 이전에 공사된 2004. 6. 30. 기준 공시지가를 적용한 것은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.