2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한, 2012. 12. 14.자 2010 사업연도 법인세 128,773,162원(가산세 포함), 2013. 2. 19.자 2007 사업연도 법인세 330,555,640원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

가. 원고의 지위 등

1) 원고는 1994. 4. 1. 설립되어 카메라 등의 도・소매업을 주된 사업으로 영위하는 법인이다.

2) 원고는BBBB로부터 카메라 구입실적에 따라 2007 사업연도에825,220,175원, 2008 사업연도에 558,086,665원, 2009 사업연도에 459,675,603원, 2010 사업연도에 938,558,878원의 각 판매장려금을 지급받았다.

나. 2007 사업연도 법인세 부과처분 및 전심절차

1) 피고는, '원고가 2007 사업연도에 BBBB 로부터 지급받은 판매장려금 825,220,175원을 영업외수익으로 회계처리하여 익금으로 산입하였어야 하는데, 임의로 위 825,220,175원을 매입할인 계정으로 관리하다가 2007 사업연도의 기말재고액인 1,742,699,260원에서 위 825,220,175원을 감액하는 방법으로 재고자산을 위825,220,175원만큼 과소계상함으로써 손금인 매출원가를 과대계상하였다'는 이유로825,220,000원을 2007 사업연도의 익금에 산입하여, 2013. 2. 19. 원고에 대하여 2007 사업연도 법인세 330,555,640원(가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 '2007 사업연도 법인세 부과처분'이라 한다).

2) 원고는 이에 불복하여 2013. 5. 10. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2013. 12. 18. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

다. 2010 사업연도 법인세 부과처분 및 전심절차

1) 피고는, '① 원고가 2010 사업연도에 BBBB로부터 지급받은 판매장려금938,558,878원을 영업외수익으로 회계처리하여 익금으로 산입하여야 하는데, 위938,558,878원을 매입할인 계정으로 관리하다가 2010 사업연도의 기말재고액인1,435,826,904원에서 위 938,558,878원을 감액하는 방법으로 재고자산을 위938,558,878원만큼 과소계상함으로써 손금인 매출원가를 과대계상하였고, ② 2010년제1기에 8,721,200원, 2010년 제2기에 45,580,000원의 매출을 누락하였다'는 이유로,㉮ 992,860,078원[= 위 판매장려금 상당액 938,558,878원 + 위 매출누락 합계액54,301,200원]을 2010 사업연도의 익금에 산입하는 한편, ㉯ 464,712,076원[= 2009 사업연도 판매장려금 상당액인 459,775,603원 + 매출누락 합계액 중 부가가치세 상당액 4,936,473원]을 2010 사업연도의 손금에 산입1)하고, 2010년 제1기 부가가치세 과세표준에 8,721,200원을, 2010년 제2기 부가가치세 과세표준에 45,580,000원을 각 가산하여, 2012. 12. 14. 원고에 대하여 2010 사업연도 법인세 144,002,430원(가산세 포함) 및 2010년 제1기 부가가치세 1,484,480원, 2010년 제2기 부가가치세 6,641,420원을 각 경정・고지하였다.

2) 원고는 2010 사업연도 법인세 부과처분과 2010년 제2기 부가가치세 부과처분에 불복하여 2013. 1. 14. 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2013. 12. 31. 일부인용 결정(① 2010년 제2기 부가가치세 부과처분 취소, ② 2010 사업연도 법인세와 관련하여 2010년 제2기 매출누락액에 관한 원고 주장 인용)을 하였다.

3) 이에 따라 피고는 2014. 1. 14. 13,973,500원을 감액 경정하여 당초 2010 사업연도 법인세 부과처분은 130,028,930원으로 감액되었다[이하 2012. 12. 14. 부과되었다가 위와 같이 감액된 2010 사업연도 법인세 130,028,930원(가산세 포함)의 부과처분을 '2010 사업연도 법인세 부과처분'이라 하고, 2007 및 2010 사업연도 각 법인세 부과처분을 '이 사건 각 처분'이라 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 13, 15호증, 을 제1, 2, 3, 6, 7, 13호증(각 해당 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 피고가 주장하는 이 사건 각 처분의 근거

원고의 2007 사업연도 기말재고액은 2007 사업연도 결산마감 전 합계잔액시산표에 기재된 1,742,699,260원이고, 2010 사업연도의 기말재고액은 2010 사업연도 결산마감 전 합계잔액시산표에 기재된 1,435,826,904원이다. 그런데 원고는 2007 및 2010 사업연도의 기말재고액에서 각 판매장려금 상당액을 차감하여 임의로 재고자산을 과소계상하였는바, 이는 익금 산입의 대상이고, 이러한 방법으로 손금인 매출원가를 증가시켰으므로 손금 불산입의 대상이 된다. 또한 원고는 2007 및 2010 사업연도의 판매장려금을 영업외수익으로서 익금에 산입하지 않고 누락하였으므로 각 판매장려금 상당액을 2007 및 2010 사업연도 익금에 산입하여야 한다. 따라서 이러한 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 적법하다.

나. 판단

1) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조에 의하면, 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산・부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정・타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 구 법인세법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따르고, 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제20조와 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것) 제 20조에 의하면, 국세의 과세표준을 조사・결정할 때 세법에 특별한 규정이 있지 않다면 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정・타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다.

한편, 내국법인이 거래처로부터 지급받은 판매장려금을 회계처리하는 방법으로 ① 판매장려금을 영업외수익으로 인식하는 방법과, ② 판매장려금을 매입할인과 마찬가지로 인식하여 손익계산서상 당기매입액에서 판매장려금 상당액을 차감하는 방법이 있는데, 이 중 어느 것을 채택하여도 당기순이익에 미치는 영향은 없으므로 법인세 산정의 기초가 되는 각 사업연도 소득금액은 동일하다. 그러나 실사를 거쳐 확정된 기말재고액에서 매입할인으로 계상된 판매장려금 상당액을 차감하는 것은 기업회계기준상 인정되지 않는다.

2) 인정사실

가) 2007 사업연도에 관하여

(1) 2007년 재고자산명세서와 2007. 12. 31.을 기준으로 작성된 표준대차대조표, 2007 사업연도 재고자산 및 유가증권 평가조정명세서, 결산 마감 후 합계잔액시산표(을 제2호증의 3)에는 원고의 2007년 기말재고자산(상품)이 917,479,085원으로 기재되어 있다(결산 마감 후 합계잔액시산표상 상품 계정 차변은 26,166,622,199원, 상품계정 대변은 25,249,143,114원으로 기재되어 있다). 2007 사업연도의 표준손익계산서에는 기말재고액(상품)이 917,904,085원으로 기재되어 있다.

(2) 결산 마감 전 합계잔액시산표(을 제2호증의 1)에는 원고의 2007년 기말재고자산이 1,742,699,260원으로 기재되어 있다(상품 계정 차변은 26,166,622,199원, 상품 계정 대변은 24,423,922,939원, 매입할인 계정 대변은 825,220,175원으로 기재되어 있다).

나) 2010 사업연도에 관하여

(1) 2010년 재고자산명세서와 2010. 12. 31.을 기준으로 작성된 표준대차대조표, 2010 사업연도의 표준손익계산서, 2010 사업연도 재고자산 및 유가증권 평가조정명세서, 결산 마감 후 합계잔액시산표(을 제3호증의 3)에는 원고의 2010년 기말재고자산(상품)이 497,268,026원으로 기재되어 있다(결산 마감 후 합계잔액시산표상 상품 계정 차변은 25,969,554,948원, 상품 계정 대변은 25,472,286,922원으로 기재되어 있다).

(2) 결산 마감 전 합계잔액시산표(을 제3호증의 1)에는 원고의 2010년 기말재고자산이 1,435,826,904원으로 기재되어 있다(상품 계정 차변은 25,970,154,948원, 상품 계정 대변은 24,534,328,044원, 매입할인 계정 차변은 -600,000원, 매입할인 계정 대변은 937,958,878원으로 기재되어 있다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6 내지 9, 11, 12, 16, 17호증, 을 제2, 3, 4호증(해당 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 이CC, 정DD의 각 증언, 변론 전체의 취지

3) 판단

가) 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면, 원고의 2007 사업연도 기말재고액(상품)은 917,479,085원, 2010 사업연도 기말재고액(상품)은 497,268,026원이라고 할 것이고, 을 제2호증의1, 을 제3호증의 1, 을 제9 내지 12, 14호증의 각 기재와 피고가 주장하는 사정들만으로는 위 인정을 방해하지 아니하며 달리 반증이 없다.

(1) 결산 마감 전 합계잔액시산표를 제외한 대부분의 회계장부에 상품 기말재고액이 2007 사업연도의 경우 917,479,085원, 2010 사업연도의 경우 497,268,026원이라고 되어 있다.

(2) 2007 사업연도 재고자산명세서와 2010 사업연도 재고자산명세서의 각 기재가 앞서 본 회계장부와 부합하고, 각 재고자산명세서의 신빙성을 의심할 만한 자료가 발견되지 않는다.

(3) 원고는 2007 사업연도부터 2010 사업연도까지 동일한 방식으로 회계처리를 하였는데, 아래에서 살펴보는 바와 같이 원고가 2007 사업연도부터 2010 사업연도까지 실시한 회계처리에 문제가 없는 것으로 보인다. 다만 원고가 회계장부를 작성하기 위하여 사용한 더존 회계프로그램의 특성상 대차대조표(재무상태표) 및 손익계산서에는 상품의 기말재고액이 2007 및 2010 사업연도 재고자산명세서에 기재된 것과 동일하게 표시되는 반면, 2007 사업연도 상품 계정별원장과 결산 마감 전 합계잔액시산표에는 상품의 잔액이 1,742,699,260원으로(2007 사업연도 매입할인 계정별원장에는 매입할인 잔액이 825,220,175원으로 기재되어 있다), 2010 사업연도 상품 계정별원장과 결산 마감 전 합계잔액시산표에는 상품의 잔액이 1,435,826,904원으로(2010 사업연도 매입할인 계정별원장에는 매입할인 잔액이 938,558,878원으로 기재되어 있다) 기재된 것으로 보인다.

즉, 원고가 매입할인계정에 캐논코리아로부터 지급받은 2007 사업연도 판매장려금 합계액인 825,220,175원과 2010 사업연도 판매장려금 합계액인 938,558,878원을 설정하여 2007 및 2010 사업연도 기말에 각 기초재고액(①)와 당기상품매입액(②)의 합계액에서 위 각 판매장려금 합계액(③)을 차감한 다음, 여기서 실제 기말재고액(④)을 빼는 방법으로 판매된 상품의 매출원가를 구한 것이 2007 사업연도의 경우 24,423,922,939원(= ① 896,477,759원 + ② 25,270,144,440원 - ③825,220,175원 - ④ 917,479,085원), 2010 사업연도의 경우 24,534,328,044원(= ①752,568,165원 + ② 25,217,586,783원 - ③ 938,558,878원 - ④ 497,268,026원)인데, 더존 회계프로그램의 작동 과정에서 2007 사업연도의 기초재고액(①)과 당기상품매입액(②)의 합계액인 26,166,622,199원 및 2010 사업연도의 기초재고액(①)과 당기상품매입액(②)의 합계액인 25,970,154,948원에서 위 각 매출원가 상당액인 24,423,922,939원(2007년) 및 24,534,328,044원(2010년)을 각각 뺀 금액(2007 사업연도는 1,742,699,260원, 2010 사업연도는 1,435,826,904원)을 상품 계정별원장상 상품의 잔액으로 표시한 것으로 보인다.

나) 앞에서 인정한 사실과 사정 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고가 BBBB로부터 지급받은 판매장려금을 영업외수익으로 계상하지 않고 매입할인과 마찬가지 방식으로 회계처리를 하였다고 하더라도 2007 및 2010 사업연도 소득금액에는 변동이 없는 것으로 보인다.

(1) 원고는 2007 및 2010 사업연도에 위 <표1, 2>의 ②와 같은 방식으로 매입할인 계정에 올라간 판매장려금으로 그에 대응하는 외상매입금을 줄이는 방식으로 원고가 2007 및 2010 사업연도에 BBBB로부터 지급받은 판매장려금 합계액만큼을 기초재고액 및 당기상품매입액의 합계액에서 차감하는 회계처리를 함으로써 매출원가를 그만큼 줄이고, 위 <표1, 2>의 ③과 같은 방식으로 상품 계정을 매출원가 계정으로 대체하는 분개를 하였다. 원고는 이후 2007 및 2010 사업연도에 위 <표1, 2>의 ④와 같은 방식으로 결산조정분개를 하였는데, 이는 상품의 기말재고액에서 판매장려금 상당액을 중복 차감한 것이 아니라 매입할인 계정의 잔액을 0원으로 만들기 위하여 매입할인 계정의 잔액을 차변에, 그에 대응하는 액수만큼을 상품 계정의 대변에 기재한 것에 불과하다.

(2) 매입할인계정을 별도로 설정하지 않고 캐논코리아로부터 판매장려금을 지급받을 때마다 상품 계정에서 차감하는 회계처리를 하는 것['(차변) 판매장려금 또는 판매장려금 상당의 외상매입금/ (대변) 판매장려금 상당의 상품'으로 분개하는 것이다]과 매입할인 계정을 설정하여 판매장려금 상당액을 누적해 두었다가 기말에 상품 계정에서 한 번에 차감하는 기장을 하는 것은 결과적으로 동일하다. 또한 원고가 2007 및 2010 사업연도에 위 <표1, 2>의 ④의 분개를 먼저 하고, ③의 분개를 나중에 하더라도 결과는 동일하다. 원고가 매입할인 계정을 설정하여 판매장려금 상당액을 누적해 두었다가 기말에 상품 계정에서 한 번에 차감하는 방식으로 회계처리를 하면서 상품 계정을 매출원가 계정으로 대체하는 ③의 분개를 먼저 하고, 판매장려금 합계액을 상품 계정에서 차감하는 ④의 분개를 나중에 함으로써 언뜻 기말재고액에서 판매장려금 상당액을 중복 차감하는 것처럼 보이나, 원고와 같이 회계처리를 하더라도 앞서 본 두 가지 회계처리 방식과 마찬가지로 매출원가를 판매장려금 상당액만큼 줄이는 효과만 있을 뿐이다.

다) 따라서 2007 사업연도와 2010 사업연도의 실제 상품 기말재고액을 결산 마감 전 합계잔액시산표에 기재된 상품 잔액으로 보고 원고가 임의로 기말재고액에서 판매장려금 상당액을 차감하였다는 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

4) 2010 사업연도 법인세의 정당한 세액

가) 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이고, 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로, 그 부분을 취소하여야 한다(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 참조).

나) 앞서 본 바와 같이 2010 사업연도 법인세 부과처분 중 BBBB로부터 지급받은 판매장려금 상당액인 938,558,878원의 재고자산 누락분을 익금에 산입한 부분은 부인되어야 한다. 또한 피고는 2009 사업연도에도 2007 및 2010 사업연도와 마찬가지로 원고가 BBBB로부터 지급받은 판매장려금 상당액인 459,775,603원의 재고자산 누락분을 익금에 산입하고 유보처분하였는데, 피고의 이러한 처분은 이 사건 각 처분과 마찬가지 이유로 위법하므로, 이로써 2010 사업연도의 기초재고가 459,775,603원 증가함에 따라 매출원가가 그만큼 증가함으로써 2010 사업연도 법인세 부과처분시 손금 산입된 459,775,603원 부분도 부인되어야 한다.

이러한 점을 고려하여 산출한 2010 사업연도 법인세의 정당세액은 별지 정당세액 계산표 기재와 같이 1,287,486원이므로, 2010 사업연도 법인세 부과처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다(2012. 12. 14.자 2010 사업연도 법인세부과처분 중 앞에서 본 바와 같이 감액되고 남은 130,028,930원에서 취소되는 금액은 128,741,444원인데 원고는 128,773,162원의 취소를 구하고 있다).

3. 결론

그러므로 원고의 2007 사업연도 법인세에 관한 청구 및 원고의 2010 사업연도 법인세에 관한 청구 중 위 정당세액을 초과한 부분은 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.