[2] 회사가 지방자치단체 소유의 토지를 대부받아 골프장으로 조성한 후 일정기간 사용하되 그 골프장은 기부채납하기로 공유재산대부계약을 체결한 사안에서, 회사가 골프장을 조성하면서 지출한 토목공사와 토사매입 등의 토지 조성비용과 관련된 매입세액은 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 , 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 에서 정한 매입세액 불공제대상인 ‘토지관련 매입세액’에 해당하지 않는다고 한 사례

[2] 회사가 지방자치단체 소유의 토지를 대부받아 골프장으로 조성한 후 일정기간 사용하되, 그 골프장은 기부채납하기로 공유재산대부계약을 체결한 사안에서, 회사가 골프장을 조성하면서 지출한 토목공사와 토사매입 등의 토지 조성비용과 관련된 매입세액은 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제4호 , 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 에서 정한 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다고 한 사례.

구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조 제1항 은 ‘사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 또는 수입에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제2항 제4호 는 위 제1항 의 규정에도 불구하고 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 규정하고 있다. 그리고 같은 법 시행령(이하 ‘시행령’이라 한다) 제60조 제6항 은 ‘ 법 제17조 제2항 제4호 에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서, 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액( 제1호 ), 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액( 제2호 ), 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액( 제3호 )에 해당하는 것을 말한다’고 규정하고 있다.

위 각 규정의 내용과 입법 연혁, 토지관련 매입세액을 불공제하는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화이어서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하다는 데 있고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수되는 점 등에 비추어 보면, 시행령 제60조 제6항 소정의 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’은 토지 소유자인 사업자가 당해 토지의 조성 등을 위하여 한 자본적 지출을 의미한다고 봄이 타당하므로, 당해 토지의 소유자 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 법 제17조 제2항 제4호 , 시행령 제60조 제6항 소정의 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다고 할 것이다.

원심은 그 채용 증거를 종합하여 원고가 2003. 7. 18.경 전주시 소유의 이 사건 토지를 연간 대부료 3,000,001,000원에 대부받아 골프장으로 조성한 후 2005. 4. 1.부터 2025. 3. 31.까지 20년간 사용하되, 원고가 조성한 골프장은 전주시에 기부채납한다는 내용의 공유재산대부계약을 체결한 사실, 그 후 원고가 이 사건 토지에 골프장을 조성하면서 토목공사와 토사매입 등의 토지 조성공사 비용으로 2003년 제2기부터 2004년 제1기까지 합계 1,743,856,000원(이하 ‘이 사건 토지 조성비용’이라 한다)을 지출한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 토지의 조성은 원고의 전주시에 대한 용역의 공급에 해당하지 않는다는 이유로 피고가 그에 관련된 매입세액의 공제를 부인하여 한 이 사건 부가가치세 부과처분이 적법하다고 판단하였다.

앞서 본 법리와 관련 규정 및 원심이 인정한 사실관계에 비추어 살펴보면, 토지 소유자 아닌 원고가 지출한 이 사건 토지 조성비용과 관련된 매입세액은 법 제17조 제2항 제4호 , 시행령 제60조 제6항 소정의 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않으므로, 원심으로서는 이 사건 토지의 조성에 관련된 매입세액이 원고의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액에 해당하는지 여부를 살펴 매출세액에서 공제될 수 있는지를 판단하였어야 함에도 불구하고, 이와 달리 이 사건 토지의 조성이 원고의 전주시에 대한 용역의 공급에 해당하지 않는다는 이유만으로 그에 관련된 매입세액이 매출세액에서 공제될 수 없다고 단정하고 말았으니, 이러한 원심 판단에는 법 제17조 제2항 제4호 , 시행령 제60조 제6항 소정의 토지관련 매입세액에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.