원심판결 이유에 의하면, 원심은 양도소득세를 산출함에 있어서는 그 양도가액과 취득가액은 다같이 실지거래가액에 의하든지, 또는 다같이 시가표준액에 의하든지 하여야 하고 그 어느 하나의 실지거래가액이 불분명한 경우에는 더 나아가 실지거래가액을 조사하여 이를 확정하지 않는 한 그 양도가액 및 취득가액은 다같이 시가표준액에 의하여야 한다고 전제한 후 피고는 이 사건 부과처분에 있어, 취득가액은 실지거래가액에 의하여 결정하고 양도가액은 실지거래가액이 불분명하다하여 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하고 이를 기준으로 양도세액을 산출하였음은 위법하다는 이유로 이 사건 부과처분 전부를 취소하고 있다.

그러나 양도소득세 산출의 기초에 위법이 있다하여 그 부과된 세액의 다과를 다투고 있는 이 사건에 있어서 과세처분이 위법한 것인지의 여부는 그 세액이 정당한 새액을 초과하는 가의 여부에 의하여 이를 판단하여야 할 것이므로 가사 이 사건 양도소득과세표준의 계산과정에 원심설시와 같은 잘못이 있어 과세처분의 인정세액이 정당한 세액을 초과하게 되었다 하더라도 그 초과부분만을 위법한 것으로 보아야 할 것이고 과세처분 전부를 위법한 것으로 볼 것은 아니다. 따라서 원고에게 양도소득이 발생한 사실을 인정하고 있는 원심으로서는 이에 대한 정당한 양도소득세액이 얼마인가를 심리하여 그것을 초과하는 부분만을 취소하여야 할 것임에도 불구하고 앞서본 바와 같이 과세표준의 계산방법이 잘못되었다는 이유만으로 이 사건 과세처분을 전부 취소한 원심의 조치에는 심리미진 내지 이유불비의 위법이 있다 할 것이고 논지는 이유있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리케 하고자 원심법원에 환송하기로 관여법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.