세관장은 환급신청을 받았을 때에는 환급신청서의 기재 사항과 이 법에 따른 확인 사항 등을 심사하여 환급금을 결정하되, 환급금의 정확 여부에 대하여는 대통령이 정하는 바에 따라 환급 후에 심사할 수 있음(환급특례법 §14②). 환급신청을 받은 세관장은, 환급신청서 기재사항과 첨부서류(수출확인서류, 소요량계산서, 납부세액확인서류, 환급금 계산내역표 등)가 기재·제출되어 있는 때에는 환급신청인이 산출한대로 환급금을 지급하고 환급금의 정확성은 환급후에 심사하는 것이 원칙임. 환급신청시 기존 심사결과를 반영하였는지 여부 또는 수출물품 생산에 사용된 원재료와 동일 원재료에 대하여 환급 신청하였는지 여부는 환급금 정확여부에 대한 심사사항에 해당하는 것임. 다만, 과다환급의 우려가 있어 환급한 후에 심사하는 것이 적합하지 아니하는 경우에는 “소요량 산정에 관련된 서류”를 제출받아(환급특례법 시행규칙 §13①4호) 환급전에 심사하고 환급금을 결정․지급하여야 합니다. 세관장은 환급금 결정을 위해 증빙자료 등을 요구하거나 현장을 방문하여 실지심사를 할 수 있음.