가. 원고는 부동산분양 및 매매업 등을 목적으로 하여 설립된 회사로서, 2007. 4.경부터 고양시 일산서구 B 등 부지에 아파트 905세대(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 신축분양하기 시작하여, 2007. 6.부터 2009. 12.까지 이 사건 아파트 중 857세대를 분양하였다.

나. 그런데 이 사건 아파트 수분양자들 중 일부가 2009. 2.경 원고를 상대로, 아파트 인근 군 사격장의 존재 등에 관한 고지의무의 불이행 내지 적극적 기망행위를 이유로 분양계약을 취소한다고 주장하며 기 납부 분양대금의 반환을 구하거나 손해배상을 구하는 민사소송을 제기하였고, 이어 2009. 11.경까지 같은 내용의 소송이 잇따라 제기되었다.

이에 원고는 분양계약이 취소될 것으로 예상되는 세대의 분양대금을 제외하고 분양률을 산정한 뒤, 분양수익(매출액)과 분양원가(매출원가)를 계산하여 2008, 2009 사업연도 법인세를 신고하였다

(분양률은 분양된 세대의 분양대금합계를 총 905세대 분양예정대금으로 나누어 산정하고, 분양수익은 총 905세대 분양예정대금에 분양률과 공사진행률을 곱하여 산정한다). 다.

피고는 2012. 5. 2. 원고에게, ‘실제 분양된 857세대의 분양대금을 기초로 분양률 및 분양수익을 산정하여야 하고, 분양계약 취소가 예측된다고 하여 그 세대에 대한 분양대금을 제외하고 분양률 및 분양수익을 계산할 수는 없다.’는 이유로, 분양수익과 분양원가를 재계산하여 2008 사업연도 법인세 281,143,240원(가산세 포함), 2009 사업연도 법인세 12,214,545,740원(가산세 포함)을 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 라.

이에 대하여 원고는 2012. 7. 31. 이의신청을 거쳐 2012. 11. 30. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 2015. 5. 21. 기각결정을...