매출세액에서 공제되지 아니하는 토지에 관한 매입세액은 토지의 취득원가를 구성하여 토지를 양도할 때에 취득원가에 산입하는 방법으로 회수되고, 매출세액에서 공제되는 매입세액의 경우에는 매입세액 공제의 방법으로 회수된다. 따라서 주택재개발정비사업을 시행하는 사업자가 재고자산인 토지와 지상의 종전 건축물을 취득하여 종전 건축물을 철거한 후 주택 등 건축물을 신축하기 위하여 지출한 비용이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니다. 그리고 그 비용이 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용에 대한 매입세액인지 아니면 토지와 무관하게 주택과 관련하여 지출한 과세사업 비용에 대한 매입세액인지는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

가. 구 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항 제1호 는 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있으나, 제17조 제2항 제4호 는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액’을 정하고 있다. 그리고 구 부가가치세법 제12조 제1항 제12호 에 의하면 토지의 공급에 대하여는 부가가치세가 면제된다.

나. 원심은, 제1심판결 이유를 인용하여, 재개발정비사업조합인 원고가 조합원들로부터 현물출자를 받은 토지 중 부가가치세 과세대상인 국민주택 규모를 초과하는 일반분양분 주택(이하 ‘일반분양분 주택’이라 한다)을 건축하는 토지 부분(이하 ‘일반분양분 토지’라 한다)은 그 목적 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 수행함에 따른 사업비용에 충당하기 위하여 조합원들로부터 취득한 원고의 소유로 보고, 그 전제 아래에서 원고가 일반분양분 토지에 건물을 신축하기 위하여 지출한 철거비용 등이 매입세액이 불공제되는 토지와 관련하여 지출한 비용에 해당하는지 여부를 판단하였다.

다. 주택재개발정비사업조합이 조합원들로부터 현물출자를 받은 토지 중 일반분양분 토지는 조합원들에게 환원될 것이 아니어서 조합원들의 실질적인 소유로 남아있다고 볼 수 없다.

이러한 사정과 아울러 앞에서 본 규정들에 비추어 원심판결 이유를 살펴보면 위와 같은 원심의 판단은 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유 주장과 같이 재개발정비사업에 의한 일반분양분 토지의 소유권 귀속 등에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.

2. 상고이유 제2점에 대하여

가. 과세대상인 주택과 면세대상인 토지를 함께 공급하는 사업을 하는 경우에, 주택과 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 과세사업에 관련된 매입세액으로서 구 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 에 따라 매출세액에서 공제될 수 있는 반면, 재고자산인 토지와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 면세사업에 관련된 매입세액으로서 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 전단에 따라 매출세액에서 공제될 수 없다 .

매출세액에서 공제되지 아니하는 토지에 관한 매입세액은 토지의 취득원가를 구성하여 해당 토지를 양도할 때에 그 취득원가에 산입하는 방법으로 회수되고, 매출세액에서 공제되는 매입세액의 경우에는 매입세액 공제의 방법으로 회수된다. 따라서 주택재개발정비사업을 시행하는 사업자가 재고자산인 토지와 그 지상의 종전 건축물을 취득하여 종전 건축물을 철거한 후 주택 등의 건축물을 신축하기 위하여 지출한 비용이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니다. 그리고 그 비용이 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용에 대한 매입세액인지 아니면 토지와 무관하게 주택과 관련하여 지출한 과세사업 비용에 대한 매입세액인지 여부는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 한다 .

나. 원심판결 이유에 의하면 아래와 같은 사실들을 알 수 있다.

(1) 원고가 이 사건 사업을 시행하면서 2008년 제2기에 감정평가수수료, 환경·교통영향평가비용, 정비기반시설 토목설계·설치비용, 측량비용, 소송비용(이하 ‘이 사건 비용’이라 한다)을 지출하였다.

(2) 원고는 이 사건 비용이 일반분양분 주택과 그 밖의 조합원 분양분 주택 및 국민주택 규모 이하 주택 등을 위하여 공통으로 지출된 것으로 보아 그중에서 일반분양분 주택에 관련된 비용에 대하여 매입세액의 환급을 구하였으나, 피고는 이를 매입세액이 불공제되는 토지와 관련하여 지출한 비용에 대한 것이라고 보아 2009. 2. 25. 원고에게 그 환급을 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

(3) 그런데 ① 감정평가수수료는 관리처분계획 수립을 위하여 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액과 종전의 토지 또는 건축물의 가격을 평가함에 소요된 비용이고, ② 환경·교통영향평가비용은 이 사건 사업에 관한 사업계획을 수립하면서 실시하여야 할 환경·교통영향평가를 위하여 소요된 비용이며, ③ 정비기반시설 토목설계·설치비용은 원고의 사업시행구역 내에 정비기반시설을 설치하기 위하여 소요된 비용이고, ④ 측량비용은 원고의 사업시행구역 내 지적현황과 건물 및 도로현황에 대한 측량에 소요된 비용이며, ⑤ 소송비용은 원고와 조합원들 간의 소송들(주거이전비지급 채무부존재확인의 소, 주택재개발정비사업시행인가 일부취소의 소, 관리처분계획취소의 소, 조합원지위확인의 소, 분양거부처분취소의 소, 분양대상자지위확인의 소, 건물인도의 소)과 관련하여 소송대리인인 변호사에게 수임료로 지출한 비용이다.

다. 위와 같은 사실관계를 앞에서 본 법리에 비추어 보면 다음과 같이 판단된다.

(1) 먼저 감정평가수수료 중 분양예정인 대지와 건축물의 추산액을 산정하는 데에 소요된 용역대가는 종전의 토지 또는 건축물의 가격을 평가함에 소요된 용역대가와 달리 토지의 취득과 관련이 없으며, 토지의 취득원가를 구성한다고 볼 수 없을 것이다.

(2) 환경·교통영향평가비용은 구 환경·교통·재해 등에 관한 영향평가법(2008. 3. 28. 법률 제9037호로 전부 개정되기 전의 것)에 근거하여 이 사건 사업으로 인한 소음, 진동, 인구밀집, 수질, 토양 및 교통 등이 주변 환경에 미치는 영향을 평가하기 위하여 지출한 것으로서 그 평가항목에 따라서는 토지의 취득과 관련이 없는 비용이 있을 수 있다.

(3) 정비기반시설 조성을 위한 토목설계·설치비용은 해당 구축물의 취득비용에 해당하는 것으로서, 원칙적으로 토지와 관련하여 지출한 비용이나 토지의 취득원가에 해당하지 아니한다( 대법원 2004. 3. 25. 선고 2004두39 판결 참조).

(4) 측량비용은 종전 건축물의 철거의 편의를 위한 것이라면 토지의 취득을 위하여 지출한 비용으로 볼 수 있을 것이나, 그 측량의 목적과 용역대가의 내역 등에 비추어 조합원 분담금 산정 등을 위한 것이라면 달리 볼 여지가 있다.

(5) 소송비용은 그 소송내용에 비추어 볼 때 조합원들과의 법률적 분쟁을 해결함으로써 이 사건 사업의 원활한 진행을 위하여 지출한 것이라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 비용이라거나 토지의 취득원가라고 할 수 없다.

(6) 결국 원심이 이 사건 비용에 대하여 매입세액이 불공제되는 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용에 대한 매입세액에 해당하는지 여부를 판단하기 위해서는, 원고가 수행한 사업의 내용, 이 사건 비용에 관한 지출의 목적과 경위 등을 구체적으로 밝혀 이 사건 비용이 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용인지 아니면 토지와 무관하게 이 사건 주택과 관련하여 지출한 과세사업 비용인지를 확정하여야 한다.

라. 그럼에도 이와 달리 원심은 위와 같은 사정들을 구체적으로 살피지 아니하고, 이 사건 비용이 궁극적으로 일반분양분 토지와 관련하여 지출한 비용이라고 단정하여 매입세액 불공제대상에 해당한다고 보아 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 따라서 이러한 원심의 판단에는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에서 매입세액 불공제대상으로 정한 면세사업에 관련된 매입세액에 해당하는 토지와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 결론

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.