2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고의 사업 및 공장 이전

1) 원고의 사업은 ●●부문과 도소매 무역 부문으로 구분되고, ●●부문은 산업용화약 및 ●●제품을 생산하는 ●●사업부(민수)와 방위산업 및 항공기산업 부품 등을 생산하는 기타사업부(방산, 항공)로 구분된다. 원고는 여수, 대전, 보은, 아산, 구미, 온산, 당진, 천안, 창원 등에 공장이 있고, 인천공장은 원고의 사업 중 '●●부문 내 ●●사업부(민수)'와 관련된다.

2) 원고는 2005년부터 2006년까지 수도권 과밀억제권역에 있는 인천공장을 수도권 밖인 울산 온산읍 및 충북 보은군으로 이전하였다(이하 '지방이전공장'이라 한다). 보은공장은 종래 '●●부문 내 방산사업부'에 속하여 군수 및 방산물품을 생산하였으나, 인천공장 이전에 따라 인천공장에서 생산하던 산업용 폭약류 등 민수공장을 추가

로 신설하여 생산하게 되었다.

나. 지방이전공장에 대한 세액감면 및 기타 사업장에 대한 투자세액공제

1) 원고는 2005 사업연도부터 2010 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 지방이전공장에 대하여 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같고, '조세특례제한법'이라 한다) 제63조의2 제2항 지방이전공장에 대한 세액감면 ○○,○○○,○○○,○○○원을 적용하였다.

2) 원고는 2006 사업연도부터 2010 사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 지방이전공장 외 나머지 사업장에 대하여는 같은 법 제26조에 근거하여 나머지 사업장과 관련된 임시투자세액공제(2006 내지 2010 사업연도), 연구설비투자세액공제(2008내지 2010 사업연도), 해외자원개발투자세액공제(2008 내지 2010 사업연도), 환경설비투자세액공제(2008 내지 2010 사업연도), 생산성향산투자세액공제(2008 내지 2010 사업연도), 제3자물류비용 세액공제(2008 내지 2010 사업연도) 등 합계 ○,○○○,○○○,○○○원의 투자세액공제를 받는 것으로 신고하였다.

다. 감사원의 감사결과

1) 감사원은 2011. 6. 1.부터 같은 해 9. 27.까지 피고에 대하여 조세법령 및 예규・통칙 운영실태 감사를 실시하였다.

2) 감사원은 감사결과 원고가 중복지원 배제에 관한 조세특례제한법 제127조 제4항을 위반하여 세액감면과 투자세액공제를 동시에 적용받음으로써 투자세액공제액만큼 과다공제를 받았다고 판단하였다. 감사원은 피고에게, 2007 사업연도부터 2010 사업연도까지 부족 징수된 법인세 ○,○○○,○○○,○○○원을 추가 징수하고, 농어촌특별세 ○○○,○○○,○○○원을 환급하라고 시정 요구하였다(2005 사업연도부터 2010 사업연도 전체 투자세액공제액 ○,○○○,○○○,○○○원에서 2005 사업연도 법인세 ○,○○○,○○○,○○○원은 부과 제척기간 만료로 제외하고, 2006 사업연도는 최저한세 적용으로 이월됨에 따라 2007 사업연도에 반영되었으며, 2009 사업연도와 2010 사업연도 법인세에 대한 가산세는 정당한 사유가 존재한다고 보아 추징하지 않았다).

3) 감사원은 기획재정부장관에게 조세특례제한법 제127조 제4항의 규정을 위반하여 내국인이 세액공제와 세액감면을 동시에 적용받을 수 있도록 해석한 질의회신(조세특례제도과-284, 2010. 3. 23., 이하 '이 사건 질의회신'이라 한다)을 변경하는 방안을 마련하고, 질의회신 업무를 소홀히 한 관련자에게 주의를 촉구하라고 주의요구를 하였다.

라. 피고의 과세처분

1) 피고는 감사원의 시정요구에 따라 2012. 5. 16. 원고에게 2007 사업연도 법인세 ○,○○○,○○○,○○○원(가산세 ○○○,○○○,○○○원 포함), 2008 사업연도 법인세○,○○○,○○○,○○○원(가산세 ○○○,○○○,○○○원 포함), 2009 사업연도 법인세 ○,○○○,○○○,○○○원, 2010 사업연도법인세 ○,○○○,○○○,○○○원 등 합계 ○,○○○,○○○,○○○원을 결정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다)

2) 원고는 불복하여 감사원장에게 심사청구를 하였고, 2013. 5. 16. 감사원장으로부터 이 사건 질의회신을 신뢰하여 정당한 사유가 있다는 이유로 2008 사업연도 법인세 부과처분 중 가산세 ○○○,○○○,○○○원을 취소하라는 일부 인용 결정을 받았다. 이에 따라 피고는 2008 사업연도 법인세 부과처분 중 가산세 ○○○,○○○,○○○원을 감액경정하였다(이 사건 처분 중 2008 사업연도 법인세는 가산세를 제외한 ○,○○○,○○○,○○○원만 남게 되었다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장 및 쟁점

원고는, 지방이전공장과 관련된 세액감면과 나머지 사업장에 관한 투자세액공제를 구분하여 경리하고 법인세 신고를 하여, 조세특례제한법 제127조 제4항에서 규정한 '중복지원'에 해당하지 않으므로 중복지원에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 이에 대하여 피고는, 조세특례제한법 제127조 제4항은 '내국인'을 기준으로 세액감과 세액공제의 중복지원을 배제하고 있으므로 내국인인 원고를 기준으로 하면 세액감면과 세액공제의 중복지원이어서 이 사건 처분은 적법하다고 다툰다.

원고와 같이, 지방이전공장에 대하여 세액감면을 받으면서, 그 외 사업장에 대하여는 그 사업장에 대한 투자세액공제를 받는 경우 중복지원에 해당하는지, 조세특례제한법 제127조 제4항이 적용되는지가 쟁점이다.

나. 관계 법령

별지. 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 조세특례제한법 제127조 제4항의 개정 경위

중복지원 배제에 관한 조세특례제한법 제127조 제4항은 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전에는 법인세가 감면되는 경우 세액공제를 적용하지 않는 것으로 규정하고 있었다. 그런데 2002. 12. 11. 개정되면서 '내국인이 동일한 과세연도에' 세액감면과 세공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다고 규정하여, 선택권을 부여하였다. 국세청의 개정세법해설(2003년)은 위 개정과 관련하여, '세액감면과 세액공제간 중복적용 배제가 각 과세연도별로 적용되는 것인지에 대한 규정은 없음, 동일 과세연도 내에서는 세액감면과 투자세액공제의 중복적용을 배제하되 각 과세연도를 달리해서는 감면제도 선택을 허용하기 위한 취지'라고 해설하고 있다.

2002. 12.

11. 개정 전

제6조, …법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제4항의 규정에 의하여

소득세 또는 법인세가 감면되는 경우에는 제5조 … 법률 제5584호 조세감면규제법개정 법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정은 이를 적용하지 아니한다.

2002. 12.

11. 개정 후

내국인이 동일한 과세연도에 제6조, … 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는경우와 제5조 … 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.

2002. 12. 11. 개정 이후 조세특례제한법 제127조 제4항은 세액감면 및 세액공제 관련 개별 조항의 일부 변경이 있었으나, 동일한 과세연도에 중복 적용은 배제되고, 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있다는 내용으로 계속 규정하고 있다.

2) 이 사건 질의회신(조세특례제도과-284, 2010. 3. 23.)

가) 원고의 경영기획실 차장 강CC는 2008. 8. 7. 국세청장에게 이전한 공장에서 발생한 소득에 대하여는 공장이전에 따른 임시특별세액감면을 적용받고, 기타 공장의 설비투자에 대하여는 임시투자세액공제를 적용받고 있는데 각각의 공장별로 세액감면과 세액공제를 선택하여 하나씩만 적용받고 있는 경우도 조세특례제한법 제127조 제4항에서 규정하고 있는 중복지원 배제대상인지 질의하였다.

나) 국세청장은 조세특례제한법 제63조의2에서 규정하는 수도권 밖 이전공장과 그 외 공장을 가동 중인 법인이 각 공장별로 구분경리하는 경우에는 같은 법 제127조 제4항의 규정에 관계없이 동일한 과세연도에 수도권 밖 이전공장에서 발생하는 소득에 대하여는 같은 법 제63조의2의 규정을 적용받고 다른 공장의 설비투자에 대하여는 같은 법 제26조의 규정을 적용받을 수 있다고 회신하였다(법인세과-2680, 2008. 8. 29.)

다) 국세청장은 2009. 8. 11. 사업장별로 구분경리를 하여 본점에서는 창업중소기업에 대한 감면을, 제2공장에서는 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면을 적용받는 법인이 2006 사업연도에 제2공장의 결손으로 외국인투자에 대한 감면대상소득이 발생하지 아니하여 해당 사업장에 대한 투자에 대하여 임시투자세액공제를 적용받는 경우 동일 과세연도에 세액감면과 투자세액공제를 중복하여 적용받을 수 있는지 기획재정부장관에게 질의하였다. 기획재정부장관은 2009. 10. 9. 사업장이 서로 명확하게 구분된 경우 각각의 사업장에 대한 세액감면과 세액공제를 적용하면 중복문제가 발생하지 않는다는 주장이 있을 수 있으나 사업장의 구분 여부는 구분경리가 된다는 의미로서 세액감면의 중복여부를 판단하는 기준일 뿐 세액공제의 중복까지 판단하기에는 타당하지 않으며 세액공제 투자금액은 일반적으로 거액에 해당하여 당해 과세연도에 모두 공제되지 않고 장기간 이월공제되는 특성을 감안할 때 특정 사업장에서 발생한 투자라 하여 당해 사업장으로 한정하여 세액공제 되지 않기 때문에 사실상 사업장이 구분된다 하더라도 중복문제가 발생하므로 세액공제와 세액감면을 동시에 적용받을 수 있는 경우 이중 하나만을 선택하여 적용하여야 한다고 회신(조세특례제도과-866, 2009. 10. 9.)하였다.

라) 국세청장은 2009. 11. 3. 원고에게 세액감면과 세액공제간 중복지원이 가능한 것으로 회신한 법인세과-2680(2008. 9. 29.)은 위 기획재정부(조세특례제도과-866, 2009. 10. 9.)의 해석에 따라 세액공제와 세액감면은 동시에 적용될 수 없고, 그 중 하나만을 선택하여 적용하여야 하는 것으로 내용이 변경되었다고 재회신하였다.

마) 이DD는 2009. 11. 4. 국세청장에게 같은 취지의 질의를 하였다. 국세청장은 2009. 11. 11. 기획재정부(조세특례제도과-866, 2009. 10. 9.)의 회신과 같은 취지의 답변을 하였다.

바) 이DD는 2009. 11. 11. 기획재정부장관에게 같은 취지의 질의를 하였고, 기획재정부장관은 2010. 3. 24. 내국인이 동일한 과세연도에 세액감면과 세액공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 조세특례제한법 제127조 제4항에 따라 그 중 하나만을 선택하여 적용하여야 하나, 조세특례제한법 제127조 제4항을 적용함에 있어 제조공정이 서로 무관한 2개의 공장을 영위하는 법인이 각각의 공장을 구분하여 경리함에 따라 산출세액 중 공장별로 귀속되는 세액을 합리적으로 구분할 수 있는 경우에는 1개의 공장에서 세액감면을 적용하고 있다 하더라도 다른 공장에 투자를 함에 따라 발생한 투자세액공제액은 제2공장에 귀속되는 세액을 한도로 공제할 수 있다고 회신하였다(조세특례제도과-284,2010. 3. 23.).

3) 조세특례제한법 제127조 제10항의 신설

조세특례제한법은 2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되면서, 제127조 제10항 '제3항과 제4항을 적용할 때 제143조에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 해당 세액감면과 공제는 중복지원에 해당하지 아니한다'는 규정이 신설되었다.

국세청의 개정세법해설(2013)에 따르면, 위 규정은, 사업장을 구분하여 세액감면과 세액공제를 각각 적용하는 경우 중복지원에 해당하지 않음을 명확화하기 위하여, 이 사건 질의회신을 법령에 반영한 것이다.

4) 원고의 구분경리

가) 원고는 수도권과밀억제권역인 인천에 화약부분 인천공장을 두었다가 보은 및 온산공장으로 이전하였고, 온산 및 보은공장에서 생산되는 품목 중 인천공장에서 생산되던 품목에 한하여 공장이전에 따른 세액감면 대상으로 구분경리하였다.

원고는 각 사업부문(화약/지원/무역)으로 계정별 금액을 기재하고, 화약부문에서도 각 사업부별 직접귀속부서와 간접귀속부서로 코드화한 다음 감면사업과 비감면사업으로 구분경리하였다. 원고는 비용을 부서별로 집계하여 감면사업과 비감면사업으로 구분하였고, 공통 손・익금 항목은 법인세법에서 정한 안분방식에 따라 안분계산하였다.

원고는 2005년부터 2010년 과세연도 법인세의 세액감면과 세액공제와 관련하여 소득구분계산서를 첨부하여 신고하였다.

나) 원고는 2005년, 2007 사업연도와 관련하여 2010. 2. 22.부터 2010. 5. 11.까지 서울지방국세청에서 실시한 법인제세 통합조사를 받았다. 원고는 조사 결과 '인천공장의 지방이전 관련 차입금 등에 대한 지급이자 상당액을 화약사업부의 공통감면으로 구분하였어야 하는데, 그 지급이자 상당액을 화약부문과 무역부문 공통손금으로 계산함으로써 감면소득을 과다 계상하여 감면받았다'는 지적을 받고, 감면소득을 재계산하였다.

라. 판단

살피건대, 위 인정사실 및 법령의 해석을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면, 원고와 같이 지방이전공장 세액감면을 받으면서, 그 외 사업장에 관한 투자세액공제를 받는 것은 중복지원이 아니고, 조세특례제한법 제127조 제4항이 적용되지 않는다. 중복지원임을 전제로 세액공제를 배제한 이 사건 처분은 위법하다.

1) 조세특례제한법 제127조는 '중복지원의 배제'에 관하여 규정하고 있는데, 조세특례제한법 제127조 제2항은 동일한 과세연도 투자자산에 대한 세액공제가 동시에 적용되는 경우 그 중 하나만을 선택하도록 하고, 제3항은 내국인에 대하여 동일한 과세연도에 세액공제를 적용할 때 외국인투자에 대한 세액감면을 받는 경우 공제세액에 해당 기업의 총 주식 또는 총지분에 대한 내국인투자자의 소유주식 또는 지분의 비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한다고 제한하고 있다. 제5항은 내국인이 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 세액감면 규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우 그 중 하나만 선택하고, 제6항은 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 최득세 및 재산세의감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에 그 중 하나만 선택하여 적용받을 수 있으며, 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용하는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용하되, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다고 규정하고 있다.

이와 같이 조세특례제한법 제127조 각 규정은 조세혜택의 중복지원인지 여부에 관하여, 내국인이나 거주자 단위로 중복지원 여부를 판단하는 것이 아니라, 투자자산, 외국인투자지분, 사업장, 사업장 내 부동산, 감면대상 부동산 등을 기준으로 조세혜택의 중복 여부를 판단하고 있다. 즉 하나의 투자행위 내지 부동산 취득행위가 수 개의 조세혜택의 요건을 동시에 충족하는 경우 하나의 혜택만 지원받을 수 있음을 규정하고 있는 것이지 수 개의 투자행위가 각각 별도로 세액감면과 세액공제 요건을 충족하는 경우에도 하나의 혜택만 지원하는 것으로 규정하고 있는 것으로 볼 수 없다.

2) 조세특례제한법 제127조 제4항이 2002. 12. 11. 개정되면서 '내국인'이 동일한 과세연도에 세액감면과 세액공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우 그 중 하나만을 선택하도록 개정되었는데, 위 개정은 납세의무자가 세액감면과 세액공제 중 동일한 과세연도의 경우 중복지원을 배제하고 선택권을 부여하는 것이어서 개정취지에 비춰 '내국인'을 준으로 세액감면과 세액공제를 판단하라는 취지는 아니다. 2002. 12. 11. 법률 개정 시 '내국인'이 추가된 경위와 관련하여 다른 항의 내국인이라는 문구를 통일적으로 사용하기 위한 것으로 개정할만한 상당한 이유가 있었던 것도 아니다(이 법원의 기획재정부에 대한 사실조회 결과).

3) 조세특례제한법 제63조의2 제2항 1호의 세액감면은 납세의무자의 전체 소득을 기준으로 하는 것이 아니라 '지방이전공장에서 발생하는 소득'을 대상으로 그 소득에 한하여 세액감면을 받는다. 여기서 조세특례제한법 제63조의2 제2항 1호의 세액감면의 중복지원 여부도 내국인의 전체 소득이 아니라 1호에서 정한 그 공장에서 발생한 소득을 기준으로 판단하여야 한다. 비록 영리법인에 있어 사업장이 과세단위가 될 수는 없으나, 위 규정에서는 '지방이전공장에서 발생한 소득'이라고 규정함으로써 지방이전공장에서 발생한 소득이 구분경리될 수 있음을 전제로 세액감면을 규정하고 있고, 세액공제를 받을 수 는 투자는 투자액의 일정비율로 산정되어 법인세에서 공제받게 되므로 이중 계산될 여

지는 없다.

즉 세액감면 대상인 공장에서 발생한 소득에 대하여 세액감면을 받은 후 당해 공장에 대한 투자세액 중 일정액을 법인세에서 공제받으면 세액감면 대상인 공장에서 발생한 소득에 대한 중복지원이 된다. 그러나 감면대상 공장에서 발생한 소득에 대하여 세액감면을 받고, 그 소득을 제외한 나머지 소득에 대해 법인세를 과세하면서 감면대상 공장이 아닌 다른 공장에 대한 투자액 중 일정 금액을 공제받는 것은 이중 지원이라고 볼 수 없다.

4) 조세특례제한법 제132조는 감면 및 공제를 받은 후 산출세액이 감면 및 공제를 하지 아니한 법인의 최저한세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 않도록 조세지원의 제한을 두고 있다. 피고는 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 세액공제액이 이월하여 공제되므로 결국 중복지원이 된다고 주장한다.

이월공제가 된다 하더라도 감면받은 소득에 대한 공제도 아니고, 투자액의 일정 비율로 세액공제가 되므로 감면소득에 대한 공제라고 할 수도 없어 중복지원이 아니다. 최저한세와 관련한 이월공제로 인하여 동일한 소득에 대한 중복세제지원 판단 여부가 달라지는 것도 아니다. 2013. 1. 1. 조세특례제한법 제127조 제10항의 신설 이후에도 최저한세와 관련한 이월공제는 동일하게 발생할 수 있고, 이로 인한 문제는 다른 제도를 통해 해결할 수 있다.

5) 2013. 1. 1. 신설된 조세특례제한법 제127조 제10항도 사업장 구분경리 시 중복지원에 해당하지 않음을 명확하기 위하여 신설되었다. 위 조항의 입법취지, 유권해석 내용, 구분경리에 관한 조세특례제한법 제143조는 세액감면과 관련하여 계속 존재하였던 점 등을 고려하면, 위 규정을 창설적 규정이라고 할 수 없고, 기존에 있던 해석 내용을 그대로 확인한 것에 불과하다.

6) 원고는 지방이전공장 세액감면과 그 외 사업장의 세액공제와 관련하여 구분하여 회계처리를 하고, 법인세 신고 시 소득구분계산서를 첨부하여 신고하였으며, 세무조사과정에서도 구분경리를 전제로 감면소득이 과다 계상되었다는 지적을 받기도 하여, 조세특례제한법 제143조 제1항에 따라 구분경리가 이루어졌다. 또한 세무조사 당시 감면소득 과다 계상과 관련된 지적만 있었을 뿐이어서 구분경리가 가능하다는 점에 관해서는 문제가 없었던 것으로 볼 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문