갑제1호증, 갑제13호증, 갑제14호증의 1 내지 3, 을제1호증의 1 내지 12, 을제2, 3호증, 을제4호증의 1 내지 5, 을제5호증의 각 기재와 증인 강ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 합쳐보면, 소외 정리회사 ㅇㅇ 조선공업주식회사(이하, 정리회사라고 한다)는 ㅇㅇ시로부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 974의 15. 공장용지 40,460평방미터, 같은동 410의 145. 공장용지 5,084평방미터 및 같은동 976의 1. 공장용지 1,189평방미터 합계 46,733평방미터(이하, 제1공구라고 한다)를 임차하여 그곳에서 선박건조, 제조 및 연안항로 운수사업을 영위하는 법인으로서, 1978. 7. 1. 제1공구와 맞닿은 ㅇㅇ시 ㅁㅁ동 660. 공장용지 305,911평방미터 및 같은동 661. 공장용지 10,701평방미터(이하, 제2공구라고 한다)를 ㅇㅇ시로부터 매수하였다가 1989. 4. 30. 위 ㅇㅇ시 ㅁㅁ동 660. 공장용지에서 분할된 같은동 660의 10. 공장용지 250,360.2평방미터중 155,320평방미터(이하, 이 사건 토지라고 한다)를 소외 안ㅇㅇ등에게 양도한 후 1990.3. 법인세 특별부가세의 면제신청을 한데 대하여, 피고는 위 토지는 비업무용 토지임이 확인된다면서 법인세 제59조의2 제3항, 동법시행령 제124조의2(1989. 12. 30. 대통령령 제12878호로 개정되기 전의 것)에 의거 별지 세액산출표 당초결정란 기재와 같이 특별부가세액을 산출하여 같은해. 5. 16.자로 1990년도 수시분 특별부가세 금 4,610,109,760원의 부과처분을 한 사실을 인정할 수 있고 반증이 없다.

2. 부과처분의 적법여부 판단

원고는, (1) 이 사건 토지는 지방세 부과시에 한번도 비업무용토지로 취급받지 않았고 1982년도 자산재평가시에 업무용토지로 보아 재평가대상으로 되었음에도 이 사건 양도시에 비업무용 토지로 취급하여 특별부가세가 부과되는 것은 신의칙에 반하고, (2) ① 정리회사는 이 사건 토지를 양도일까지 2년이상 계속하여 업무용으로 직접 사용하였고, 양도시의 법인세법 제59조의3 제2항 제2호(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 삭제되기 전의 것, 이하 같다), 동법시행령 제124조의6(같은날. 대통령령 제12878호로 삭제되기 전의 것, 이하 같다) 제1항 제4호 및 구공업배치법 제6조에 의하여 특별부가세 면제대상이되는 공장용 건축물의 부속토지면적을 계산하면 299,918.60평방미터(제1, 2공구 토지상의 잔존 공장용건축물의 연면적 74,979.65평방미터×기준면적율 25×100)이고 비업무용토지는 단지 36,792.60평방미터(제1, 2공구 토지중 공장용지 336,711.20평방미터-특별부가세 면제대상 공장용 건축물의 부속토지 299, 918.60평방미터)에 불과하여 제1, 2공구 토지중 공장용지에서 업무용 토지가 차지하는 비율이 0.890730{1-비업무용 토지비율 0.109270(비업무용토지 36,792.60평방미터÷제1, 2공구 토지중 공장용지 366,711.20평방미터)}이 되고, 또 ② 이 사건 토지의 양도대금 19,964,604,330원에서 이 사건 특별부가세금을 공제한 나머지 금15,354,494,561원중 금10,202,585,667원을 이 사건 토지 양도일로부터 3년이내에 토지, 건물 및 기계장치를 취득하는데 사용하고 이를 업무용으로 직접사용하였으니, ③ 앞서 본 특별부가세 면제대상인 공장용 건축물의 부속토지 299,918.60평방미터의 일부인 이 사건 토지의 양도대금에 업무용 고정자산 취득비율인 0.664469(양도일로부터 3년이내에 투자사용한 업무용 고정자산의 총취득금액 금10,202,585,667원÷위 금15,354,494,561원)을 곱한 금액에 대하여는 특별부가세가 면제되어야 하고, 그렇지 않더라도 이 사건 토지 양도대금에 업무용 토지비율(0.890730) 및 업무용 고정자산 취득비율(0.664469)을 곱한 금액에 대하여는 특별부가세가 면제되어야 한다고 주장한다.

그러므로 먼저 (1) 주장을 살피건대, 지방세법과 법인세법은 그 과세근거와 목적을 달리하므로 지방세법상 업무용 토지로 취급되었다 하여 법인세법에서도 반드시 업무용 토지로 취급되어야 하는 것은 아니고 1982년에는 이 사건 토지가 매립도중이어서 앞으로 업무용 토지로 사용될 것이 예상되어서 재평가대상으로 삼았던 것이므로 그후 위 토지가 업무용으로 사용되지 아니하여 특별부가세를 부과한 것을 두고 신의칙에 반한다고 볼 수 없어 위 (1)주장은 이유없고, 다음 (2)주장을 살피건대, 법인세법 제59조의3 제2항, 제3항, 동법시행령 제124조의6 제1항 제4호, 구공업배치법 제6조의 규정취지를 모두어 보면, 양도일까지 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용으로 직접사용한 토지로서 구공업배치법 제6조의 규정에 의한 기준면적을 초과하는 공장용건축물의 부속토지를 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일로부터 3년 이내에 토지, 건물 또는 기계장치를 취득하고 이를 당해법인의 업무용으로 직접사용한 경우에 한하여 특별부가세를 면제한다는 것이므로, 특별부가세가 면제되려면 우선 양도된 토지가 업무용으로 직접사용한 것이어야 할 것인 바, 갑제2호증의 2, 같은호증의 4, 갑제50호증, 을제2, 3호증, 을제4호증의 1 내지 5, 을제6호증, 을제7호증의 1 내지 3의 각 기재와 증인 강ㅇㅇ, 조ㅇㅇ의 각 증언 및 변론의 전취지에 의하면, 이 사건 토지를 포함하여 분할전 ㅇㅇ시 ㅁㅁ동 660. 공장용지는 당초 늪지로 방치되어 있다가 ㅇㅇ시의 요청에 의하여 1982. 10.말경까지 오물로 매립된 토지인 사실, 정리회사는 1981, 2년까지는 기존 ㅇㅇ동공장에서 선박을 매년 12,000톤남짓을 생산을 하다가 1983년도에 15,871톤을 생산하면서 위 ㅁㅁ동 660 공장용지 일부를 추가하여 사용하기 시작하였으나 그후부터 생산량이 기존 ㅇㅇ동공장만으로도 충분히 감당할 수 있는 매년 3,000내지 6,000톤으로 급격히 감소되면서 위 ㅁㅁ동 660.에서 분할된 같은동 660의 10. 공장용지중 이 사건 토지를 제외한 나머지 토지에만 공장을 지어 사용하고 이 사건 토지는 일부는 늪지상태로, 일부는 오물투성이와 잡초가 우거진 상태로서 그대로 방치하고 있었던 사실이 인정되는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 토지는 양도시까지 정리회사가 직접 업무용으로 사용하지 않았다고 할 것이므로 이 사건 토지를 양도시까지 업무용으로 직접사용하였음을 전제로 한 위 (2) 주장은 더 나아가 살필 필요없이 이유없다.

다만, 당초 피고가 결정한 이 사건 특별부가세액에 있어서는 양도소득특별공제의 계산에 잘못이 있어 이를 바로잡아 다시 계산하면, 별지 세액산출표의 정당결정란 기재와 같이 금4,605,529,320원이 되므로, 피고의 이 사건 처분중 위 금원을 넘는 부분은 위법하다 할 것이다.

3. 그렇다면 이 사건 특별부가세중 금4,605,529,320원을 넘는 부분은 위법하고, 나머지 부분은 정당하므로 이 사건 처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위내에서 이유있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1992. 10. 16.