가. 김OOO, 김OOO, 정OOO(이하 “청구인들”이라 한다)는 2009.8.13.비상장법인인 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식845,800주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 이OOO 외 1인(이하 “양수인”이라 한다)에게 OOO에 양도하고 2009.11.27. 처분청(김OOO OOO세무서장 / 김OOO·정OOO OOO세무서장)에 양도소득세 OOO원을 아래와 같이 신고·납부하였다.

<청구인들의 쟁점주식 양도 및 양도소득세 납부 현황 >

나. 그 후 청구인들은 쟁점주식을 양도하기 전인 2009.8.10. 양수인과체결한 특별약정에 따라 주식회사 OOO의 자산·부채를 평가한 결과 당초 평가한 자산가액보다 OOO원이 감소한 것으로 확인되어서,2010.12.6. 양수인과 쟁점주식의 거래가액을 당초 O,OOO,OOO,OOOO(OOOO,OOOO)에서 OOO으로 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 감액하기로 합의하였으므로 청구인들이 쟁점금액에 대하여 이미 납부한 양도소득세 OOO원은 환급되어야 한다는 취지로 2013.5.8. 처분청(OOO세무서장, OOO세무서장)에 경정청구를 하였으나, 처분청은 특별약정서에 따른 쟁점주식의 잔금 변경은쟁점주식의 거래 이후 발생한 채권·채무의 정산이라고 보아 2013.7.1. (OOO세무서장)과 2013.7.17.(OOO세무서장) 각각 청구인들에게 “경정청구를 거부한다”는 뜻을 통지하였다.

<표 1> 청구인들의 양도소득세 납부 및 환급청구액 현황

다. 청구인들은 이에 불복하여 2013.9.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주식 거래는 주식회사 OOO의 자산과 부채를 평가하여 그 후 거래가액을 정산하기로 한 사후정산 조건부 거래로서 청구인과양수인은 2009.8.13. 쟁점주식을 양수도하기로 하는 계약서를 체결하기앞서 2009.8.10 양수도 대금 결정에 방법에 대한 특별약정을 체결하였고, 그 특별약정에 따라 2012.12.6. 쟁점주식의 거래대금을 당초O,OOO,OOO,OOO원에서 OOO으로 감액하여 확정하였으므로확정된 금액을 초과하는 쟁점금액에 대한 양도소득세는 환급되어야 함에도 처분청이 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) OOO세무서장

이 건의 경우 2009.8.13 청구인과 양수인 간에 체결한 “주식 양수도 계약서”에는 양도금액을 사후에 정산한다는 특별약정내용이 없고 계약서 내용에 따라 계약체결일에 계약금 및 중도금을 지급받은 즉시 주식을 양도하였기 때문에 이 때 쟁점주식의 거래에 대한 권리의무(양도금액)가 확정되었다고 할 것이므로 특별약정서에 의거 잔금을 변경하는 것은 쟁점거래 이후 발생한 채권채무의 정산으로 청구인 김OOO의 환급청구를 거부한 당초 처분은 적법하다.

(2) OOO세무서장

청구인들과 쟁점주식의 양수인간 2009.8.10. 체결된 특별약정서는 주식회사 OOO의 주된 사업부문에 대한 양도금액을 사후정산조건부로 합의하면서 쟁점주식의 양도가액 중 잔금을 감액하기로 한 것으로, 이는 권리의무가 확정된 후의 사인간의 채무면제로 보아야 할 것으로 청구인의 권리관계가 변경될 수는 없는 것이므로 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

대주주인 청구인들의 주식을 양도OOO하면서계약금 및중도금을 수령하고 그 양도가액대로 신고한 후, 잔금의일부 감액한경우 변경된 가액을 기준으로 양도소득세를 과세하여야 하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들을 비롯한 주식회사 OOO의 종전주주들과 쟁점주식 양수인간의 주식 양수도 현황은 아래와 같다.

<표 2> 주식회사 OOO 주식 양수도 현황

(2) 청구인들(주식회사 OOO의 종전 대표이사인 정OOO과 OOO를 포함한다)과 양수인이 2009.8.4.와 2009.8.13. 체결한 주식 양수도계약서에 의하면, 주주 별 양도가액과 지급일시는 아래와 같다.

<표 3> 주주별 양도가액 및 거래대금 지급일시

주식회사 OOO의 대주주인 정OOO은 2009.8.4. 주식회사 OOO의 발행주식 2,455,783주를 OOO원에 이OOO에게 양도하면서 계약금 및 중도금 OOO원은 계약체결일에, 잔금 OOO원은 2010.7.30.까지 받기로 하고 계약체결일에 주식명의개서를 하였고, 청구인들은 2009.8.13. 쟁점주식 845,800주를 이OOO 외1인에게 OOO원에 양도하면서 계약금 및 중도금은 계약체결일에, 잔금 OOO원은 2010.7.30.까지 받기로 약정하였다.

(3) 정OOO을 대표로 하는 주식회사 OOO의 종전주주들과 주식회사 OOO를 양수하는 이OOO는 2009.8.10.주식회사 OOO의자회사인 주식회사OOOO을제외한주된 사업부문(1공장과 2공장)을OOO원으로 평가하되회계법인의평가금액이 OOO원 상하 5%를초과할경우 당사자간 합의하여 그 가액을 회계법인의 평가금액으로 변경한다고 합의하였다.

(4) 주식회사 OOO를 양수한 이OOO는 2010.12.6. 주식회사OOO의 주된 사업부문인 제1공장과 제2공장을 OOOO OOOOOO OOO-OO 소재의 주식회사 OOO에게 총 OOO에 양도하기로 약정하였고 주식회사 OOO의 자산을 평가한 회계법인 새시대는 1공장과 2공장의 매각대금 OOO원은 적정하다고 평가하였다.

한편 청구인들(정OOO 포함)과 이OOO는 쟁점주식을 양도하기 전체결한 특별약정서(2009.8.10. 작성)에 따라 2010.12.6. 주식회사 OOO 주식매각 대금 중 잔금 OOO원을 주식회사 OOO에게제1공장과 제2공장을 매도한 가액과 동일한 OOO원으로 변경하기로합의한 후 변경된 잔금과의 차액을 각 양도인의 지분비율 상당액만큼감액하기로 합의하였다(<표 1> 참조).

(5) 「소득세법」제96조 제1항에서 주식 또는 출자지분의 양도가액은당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액으로규정하고 있고, 같은 법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항은 재산의 양도시기를 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부· 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다.

(6) 살피건대실지양도가액이라 함은 자산의 양도대가로서 양도자가 계약에 의하여 받았거나 받기로 한 금액의 합계로서 양도하기로 한 금액 중 실제로 받지 못한 금액이 있다하여 이를 양도가액에서 공제할 수는 없는바(조심 2010서410, 2010.10.6. 참조), 쟁점주식의 양도·양수 계약서의 약정내용대로 청구인들은 계약체결일에 계약금 및 중도금을 지급받고주식을 양도(명의개서)하였으므로 잔금을 지급받지않았다고 하더라도이 때 이미 쟁점주식의 거래에 대한 권리의무가확정된 것으로 보아야하는 점, 주식회사 OOO의 주된 사업부문에대한양도금액을 사후정산조건부로 합의하면서그 양도금액의 변경과 연계하여 쟁점주식의 잔금을 변경하기로 한 특별약정서는 쟁점주식에 대한변경계약이라기 보다는 자산의 양도에 따른 권리의무가 확정된 후의 채권채무에 대한 조정으로 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.