가. 원고는 1993. 12. 30. 화성시 B 임야 18,878㎡ 원고가 취득할 당시 B의 면적은 21,025㎡였으나, 2003. 6. 13.과 2004. 8. 21. 두 차례의 분할을 통해 일부 면적이 4필지(E, F, G, H)의 토지로 떨어져 나가 현재의 면적만 남게 되었다. ,

C 임야 3,966㎡, D 임야 215㎡, I 임야 66㎡, J 임야 196㎡ 등 합계 5필지 임야 23,321㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가 2010. 7. 6. 소외 한국토지주택공사(이하 ‘소외 공사’라 한다)에 양도한 후 2010. 8. 25. 피고에게 2010년 귀속 양도소득세 816,520,960원을 신고납부하였다.

나. 원고는 2014. 3. 28. 피고에게 ‘원고가 2010. 7. 5. 법인으로 보는 단체로 승인받은 후 2010. 7. 6. 위 토지를 양도한 것이므로 그 양도차익에 대하여는 법인세법이 적용되는데 이는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 고정자산을 처분하여 발생된 소득에 해당되어 과세소득에서 제외된다’는 취지로 경정청구를 하였고, 피고가 이를 받아들여 원고에게 양도소득세 796,436,350원을 환급해 주었다.

다. 이후 중부지방국세청이 피고에 대한 종합감사를 실시한 결과, ‘이 사건 토지의 잔금청산일은 2010. 6. 22.로 법인으로 보는 단체로의 승인일인 2010. 7. 5. 이전에 법인 아닌 단체인 상태에서 양도되었고 위 토지의 양도대금도 원고가 법인 아닌 단체일 때 모두 소진되어 법인으로 보는 단체로 이전된 사실이 없다’는 이유로 피고에게 원고의 경정청구에 의한 양도소득세 환급결정이 잘못되었다고 통보하자, 피고가 2015. 12. 8. 원고에게 환급해 주었던 위 양도소득세 796,436,350원을 다시 납부하라고 고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

원고는 이에 불복하여 2016. 3. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나...

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