청구법인이 강원도 철원군 갈말읍 OO리 OOOOO에 조명기구공장(이하 “쟁점건물” 이라 한다)을 신축하고 도급계약을 체결한 주식회사 OO건설(이하 “청구외법인”이라 한다)에 공사대금을 지급하고 세금계산서를 교부받아 ’91년 2기 확정분 부가가치세 신고시 매입세액 36,000,000원을 공제받았으나, 처분청은 청구외법인이 건설업면허대여자이므로 청구법인이 수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 매입세액을 공제받을 수 없다하여 93.12.15 청구인에게 ’91년 제2기분 부가가치세 39,600,000원을 경정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.2.8 심사청구를 거쳐 94.4.7 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인은 조명기구공장을 신축하면서 공사수급자인 청구외법인과 도급계약을 체결하여(공사도급계약기간 : 90.7.1～91.8.31) 공사대금 360,000,000원을 지급하고 세금계산서를 수취하여 매입세액 36,000,000원을 ’91년 2기 부가가치세 확정신고시 공제받았으나, 청구외법인이 건설업면허대여자이므로 위 청구외법인으로부터 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고 따라서 매입세액을 공제받을 수 없다고 하나 청구법인이 청구외법인에게 공사대금을 직접 지급하였고, 면허대여자란 사실도 몰랐으므로 부당하다고 주장한다.

나. 국세청장은 청구외법인은 건설업 면허대여자로서 공사계약만 하였을 뿐 건설공사를 직접 시공하지 아니한 전문적인 건설업면허 대여자로 확정된 법인으로서 청구법인이 공장신축을 하고 동 공사금액을 지급하였다고 해도 실지공사는 청구외법인이 한 것이 아니므로 이로부터 수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 매입세액을 불공제하여 과세처분한 것은 정당하다고 의견을 제시한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 건설업면허 대여자로부터 교부받은 매입세금계산서의 매입세액을 공제할 수 있는지의 여부에 그 쟁점이 있다.

나. 관계법령

부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 규정에 의하면 “ 동법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 동법 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하고 있다.

다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외하도록 되어 있는 바, 동법시행령 제60조 제2항에 의하면 교부하였거나 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 동법 제17조 제2항 제1호 및 법 제22조 제2항 제1호에 규정하는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니한다라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

① 먼저 건물신축관계를 살펴보면 청구법인 (계약시 법인명 : 주식회사 OOO인터내소날) 과 청구외법인은 90.7.1 공사계약을 체결(공사계약기간 : 90.7.1～91.8.31, 공사금액 360,000,000원, 신축건물(공장) 소재지 : 강원도 철원군 갈말읍 OO리 OOOOO 소재, 대지 7,316㎡ 및 건평 1,547㎡) 하였음이 청구법인이 제시한 공사도급계약서등 관계서류에 의거 확인된다.

청구법인이 제시한 준공검사필증에 의하면 공사시공자는 청구외법인으로 되어 있고, 건축물신축허가일(설계변경일 : 90.9.27)은 90.6.18로 되어있으며, 준공일은 92.4.23임이 확인된다.

청구법인의 주장에 의하면 공사계약체결일은 90.7.1로 되어 있으나 실제공사착공은 91.6월경으로, 늦어진 사유는 당초 OO협동조합 철원군지부로부터 공장시설자금을 90.6월경 대여받기로 되어 있었으나 시설자금대여가 1년후로 늦어지는 바람에 늦게 착공을 하였고, 또한 실제공사는 91.10월경에 준공하였으나 공사하자 등으로 준공검사가 92.4.23로 늦어졌다는 주장인 바, 이에 대해서는 공사에 관한 관련서류가 없어 확인이 되지 않는다.

② 세금계산서 수수사항을 검토한 바 91.11.2 자 100,000,000원, 91.12.14자 60,000,000원, 91.12.24 자 200,000,000원 합계 360,000,000원(부가가치세 별도)을 교부받아’91년 2기 부가가치세 확정신고시 매입세액을 공제받았으며, 세금계산서 발행자인 청구외법인이 그 신고기한내에 부가가치세를 신고납부하였음이 94.7.12 처분청의 당심의 심리자료제출 요구에 대한 회신에서 확인된다.

③ 공사대금지급사항을 검토한 바, 91.11.25 지급액 220,000,000원(부가가치세 포함) 및 91.12.30 지급액 37,000,000원(부가가치세 포함) 합계 257,000,000원은 OO철원군지부에서 시설자금으로 직접 청구외 법인의 계좌에 입금되었음이 관계증빙에 의거 확인되나 잔여금액 139,000,000원은 청구법인이 현금 및 어음등으로 지급하였다고 주장만하고 실제 수령자가 청구외법인인지의 여부는 영수증등 금융자료가 없기 때문에 확인이 되지 않는다.

④ 또한 청구법인은 쟁점건물을 청구외법인이 부도가 난 91.5.16 이후인 91년10월경에 준공하였고, 공사대금도 91.11.25 및 91.12.30일에 지급하였다함은 논리적으로나 상관행상 인정하기 어렵다고 판단된다.

그리고 청구외법인은 건설업면허대여자로 판명되어 92.1.31 건설부로부터 건설업면허가 취소되었음이 확인되고, 건설업면허대여자료금액은 141건에 금액으로는 13,985,142,157원임이 처분청이 제출한 심리자료에 의거 확인된다.

⑤ 위 사실과 관계법령을 종합해 보면 청구외 법인을 건설업면허대여자로서 실제공사는 하지 않고 세금계산서를 발행해주고 알선 수수료만을 챙기는 건설업면허대여법인이라고 판단되므로 청구법인이 수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로서 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 추가 경정 고지한 처분청의 처분은 잘못이 없다고 본다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.