수원지방법원 2009.4.8.선고 2008구합10707 판결

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취득세등부과처분취소

사건

2008구합10707 취득세등부과처분취소

원고

□□□□주식회사

서울

대표이사 000

소송대리인 법무법인 □□□

담당변호사 000 , 000 , 000

피고

1 . □□시장

소송대리인 변호사 000

2 . □□시장

소송대리인 법무법인 □□

담당변호사 000

변론종결

2009 . 3 . 9 .

판결선고

2009 . 4 . 8 .

주문

1 . 원고에 대하여 ,

가 . 피고 □□시장이 2008 . 0 . 00 . 한 처분 중 취득세 1 , 963 , 421 , 090원 , 농어촌특별 세 196 , 342 , 100원 부분을 ,

나 . 피고 □□시장이 2008 . 0 , 00 . 한 처분 중 취득세 1 , 921 , 385 , 190원 , 농어촌특별 세 192 , 138 , 510원 부분을

각 취소한다 .

2 . 소송비용은 피고들이 부담한다 .

청구취지

주문과 같다 .

이유

1 . 처분의 경위

가 . 원고는 2008 . 0 . 00 . □□□□□□ 주식회사 ( 이하 ' □□□□ ' 라 한다 ) 의 총주식 9 , 897 , 352주 중 8 , 392 , 622주 ( 약 84 . 8 % ) 를 보유하게 됨으로써 □□□□의 과점주주가 되 었다 .

나 . 당시 □□□□는 □□시에 토지 92 , 789 , 420원 , 건물 114 , 023 , 992 , 200원 , 구축물 1 , 748 , 347 , 027원 , 차량운반구 501 , 549 , 086원 합계 116 , 366 , 677 , 733원의 자산 ( 이하 ' □□ 터미널 ' 이라 한다 ) 을 보유하고 있었고 , □□시에 건물 112 , 097 , 225 , 021원 , 구축물 1 , 196 , 484 , 095원 , 차량운반구 273 , 053 , 151원 합계 113 , 566 , 762 , 267원의 자산 ( 이하 ' □□ 터미널 ' 이라 한다 ) 을 보유하고 있었다 ( 이하 위 각 터미널을 통칭할 때는 ' 이 사건 부동 산 ' 이라 한다 ) .

다 . 한편 , □□터미널 및 □□터미널은 사회기반시설에 대한 민간투자법 ( 이하 ' 민간투 자법 ' 이라 한다 ) 제4조 제3호의 사업방식에 따라 □□물류가 30년간 운영한 후 국가에 무상귀속되는 조건으로 취득한 부동산으로서 지방세법 제106조 제2항에 의한 취득세 비과세 대상이었다 .

라 . 원고는 피고들에게 □□터미널 및 □□터미널에 관하여 □□물류에 대하여 취득 세가 비과세되는 것과 마찬가지로 □□물류의 과점주주가 된 원고에 대하여도 취득세 가 비과세되는 것인지 여부에 관하여 질의하였으나 , 피고들은 2008 . 0 . 00 . 원고에 대 하여는 취득세 비과세 대상이 아니라는 취지의 회신을 하였다 .

마 . 이에 원고는 2008 . 9 . 16 . □□터미널에 대한 과세표준을 98 , 675 , 033 , 444원 ( = 116 , 366 , 677 , 733원 X 원고의 지분비율 ) 으로 계산하여 피고 □□시장의 확인을 받은 후 취득세 1 , 973 , 500 , 660원 ( 과세표준 × 2 % ) , 농어촌특별세 197 , 350 , 060원 ( 취득세액 × 10 % ) 합계 2 , 170 , 850 , 720원을 피고 □□시장에게 , □□터미널에 대한 과세표준을 96 , 300 , 799 , 191원 ( = 113 , 566 , 762 , 267원 × 원고의 지분비율 ) 으로 계산하여 피고 □□시 장의 확인을 받은 후 취득세 1 , 926 , 015 , 980원 ( 과세표준 × 2 % ) , 농어촌특별세 192 , 601 , 590원 ( 취득세액 × 10 % ) 합계 2 , 118 , 617 , 570원을 피고 □□시장에게 각 신고 납부하였다 ( 이하 순차로 ' 이 사건 1 , 2처분 ' 이라 하고 , 이 사건 1 , 2처분을 통칭할 때에 는 ' 이 사건 각 처분 ' 이라 한다 ) .

바 . 원고는 이 사건에서 건물 및 구축물에 대한 취득세 등만 비과세라고 다투고 있 다 . 즉 , □□시에 신고 납부한 취득세 중 건물과 구축물의 합계 115 , 772 , 339 , 227원에 원고의 주식보유비율 ( 8 , 392 , 622주 / 9 , 897 , 352주 ) 과 취득세율 2 % 를 각 곱한 금액인 1 , 963 , 421 , 090원 부분에 관하여 , □□시에 신고 납부한 취득세 중 건물과 구축물의 합 계 113 , 293 , 709 , 116원에 원고의 주식보유비율과 취득세율을 각 곱한 금액인 1 , 921 , 385 , 190원 부분에 관하여 각 취소를 구하고 있으며 , 농어촌특별세는 다투는 취득 세의 10 % 부분에 관하여만 그 취소를 구하고 있다 .

【 인정근거 】 다툼없는 사실 , 갑 제1 내지 4호증의 각 기재 , 변론 전체의 취지

2 . 이 사건 각 처분의 적법 여부

가 . 원고의 주장

( 1 ) 지방세법 제106조 제2항은 기부채납을 조건으로 취득하는 " 부동산에 대하여 는 " 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로 , 기부채납을 하기로 한 법인 ( 이 하 ' 기부채납 법인 ' 이라 한다 ) 의 주식을 취득하여 그 과점주주가 되는 경우 그 과점주 주도 기부채납 조건이 있는 부동산을 취득하는 것이므로 비과세하여야 한다 .

( 2 ) 만약 , 지방세법 제105조 제6항 및 제106조 제2항을 기부채납을 하기로 한 법 인의 과점주주에 대하여는 취득세를 부과하는 것으로 해석한다면 , 동일한 재산에 대하 여 당해 재산을 직접 취득한 법인은 취득세를 비과세 받음에도 불구하고 이를 간주취 득하는 과점주주에게만 취득세를 부담시킨다는 점에서 헌법상 평등원칙 , 재산권 보장 원칙 , 비례의 원칙에 반하는 위헌적인 규정이다 .

나 . 피고들의 주장

( 1 ) 법인의 부동산 등 당해 재산 자체의 취득행위와 지방세법 제105조 제6항에 의 한 과점주주의 취득간주행위는 서로 개념을 달리하는 독립적인 취득행위로서 별도의 과세객체에 해당하고 , 취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세 력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종이므로 , 과점주주가 기부채납 자산을 간주취득 한 이상 이에 대한 취득세 부과는 적법하다 .

( 2 ) 조세법률주의의 원칙상 과세요건뿐만 아니라 비과세요건도 특별한 사정이 없 는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바 , 과점주주에 대한 취득세 감면 및 비과세에 관하여 별도의 규정 이 없는 이상 과점주주의 간주취득에 대하여는 취득세를 부과함이 타당하다 .

( 3 ) 기부채납 계약은 기부자가 자신의 소유인 재산을 국가 등에 증여하는 의사표 시를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 의사를 표시함으로써 성립하는 증여계약의 일종인 데 , 이러한 증여계약의 당사자는 □□물류이지 원고가 아니므로 , 원고는 기부채납을 조 건으로 이 사건 부동산을 취득한 자에 해당하지 아니한다 .

( 4 ) 대법원 2001 . 1 . 30 . 선고 99두6897 판결도 당해법인이 부동산 등을 취득하면 서 취득세를 면제 받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니라고 판시하고 있다 .

( 5 ) 지방세법 제105조 제6항은 입법 목적의 정당성 , 방법의 적절성 , 법익의 균형성 도 만족하고 있으므로 재산권을 침해하지 않는다 .

다 . 관계법령

별지 기재와 같다 .

라 . 판단

( 1 ) 간주취득세 제도

지방세법 제105조 제6항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등 자산을 취득한 것으로 보고 있는데 , 당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 납부한 것과는 별도로 과점주주에게도 당해 법인의 부동산 등의 장부가액을 취득지분의 비율로 취득한 것으로 보아 취득세를 부담하도록 하는 제도가 간주취득세 제도인바 , 이는 주식 또는 지분의 독과점을 억제 하고 이를 분산하도록 세제면에서 규제하는데 그 목적이 있는 것으로서 과점주주가 되 면 당해법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로 바로 이 점에서 담 세력이 나타난다고 보아 과세하는 것이다 ( 대법원 1980 . 7 . 22 . 선고 79두136 판결 , 대 법원 1994 . 5 . 24 . 선고 92누11138 판결 참조 ) .

( 2 ) 간주취득제도 자체의 위헌여부 및 조세법률주의

지방세법 제105조 제6항은 법인의 과점주주가 된 경우 당해 법인의 자산에 대 한 관리 처분권을 취득하게 되어 실질적으로 당해 법인의 자산을 취득한 것이나 다름 없게 되므로 공평과세 및 실질과세원칙상 취득세를 과세하는 것으로서 입법 목적의 정 당성이 인정되고 , 재산의 이전에 의하여 실질적으로 담세력이 발생한 곳에 과세하는 것으로 공평과세를 기할 수 있으므로 그 방법의 적절성이 인정된다 . 또한 법인의 과점 주주에 대한 간주취득세 부과는 일반적인 취득세 부과와 달리 법인의 과점주주의 간주 취득세에만 특별히 무거운 세율을 적용하지 않으며 , 법인의 모든 과점주주에게 취득세 를 부과하는 것이 아니라 법인 설립 시의 과점주주는 취득세 부과 대상에서 제외하고 있고 사실적 지배력을 가진 과점주주에게만 취득세를 부과토록 하여 취득세 부과 대상 이 되는 과점주주의 범위를 필요한 정도 내로 제한하고 있는 등 지방세법 제105조 제 6항이 추구하는 공평과세 부과라는 입법목적 달성을 위해 필요 이상의 과잉된 수단이 사용되었다고 볼 수 없고 법익의 균형성도 만족하고 있으므로 재산권을 침해하지 않는 다 ( 헌법재판소 2006 . 6 . 29 . 선고 2005헌바45 결정 , 헌법재판소 2008 . 4 . 24 . 선고 2006헌바107 결정 ) .

이와같이 과점주주에 대하여 간주취득세를 부과할 수 있도록 취득을 간주하는 규정인 지방세법 제105조 제6항 자체는 과점주주의 재산권을 침해하지 않는다고 할 것이나 , 간주취득제도가 원래의 취득개념에는 포섭되지 아니하는 것을 취득으로 간주 하여 과세하는 예외적인 규정일 뿐만 아니라 , 실제 과점주주가 취득하는 주식의 가치 는 당해 법인의 순자산가치 ( 자산 - 부채 ) 를 반영한 것임에도 불구하고 과점주주가 취 득한 것으로 간주되는 것은 부채가 전혀 반영되지 아니한 자산가치 전체이어서 과다하 게 취득세를 부과하는 면이 있는 만큼 그 해석을 엄격하게 해야 할 필요성이 있고 , 그 렇게 해석하는 것이 조세법률주의 원칙에 부합한다 .

피고들은 간주취득세 제도가 당연하다는 전제하에 그 비과세 · 감면규정의 적용을 조세법률주의에 의하여 엄격하게 해석해야 한다고 주장하나 , 이는 간주취득세 제도의 목적과 취지를 오해한 데서 비롯된 것으로 보인다 .

( 3 ) 대법원 2001 . 1 . 30 . 선고 99두6897 판결의 해석

위 사건에서 원고는 , 법인이 도세감면조례에 의하여 취득세 및 등록세를 면제받 은 이상 그 후에 그 법인의 과점주주가 된 자에 대하여도 당해 법인의 부동산 등을 취 득한 것으로 보지 아니하여야 한다는 취지로 다투었으나 , 위 판결은 당해 법인이 부동 산 등을 취득하면서 취득세 등을 면제 받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니라고 판시함으로써 , 과점주주가 된 때 과점주주를 기준 으로 지방세 감면 여부를 다시 심사하여야 한다는 취지로 판시하였다 . 실제로 위 사건 에서 도세감면조례는 농공단지 안에서 토지 등을 " 최초로 분양받은 자 " 만을 취득세 면 제대상자로 하는 인적 비과세였으므로 , 면제대상자는 법인에 한정될 뿐 그 이후에 과 점주주가 됨으로써 법인 소유의 부동산을 다시 취득한 것으로 간주된 자는 최초로 분 양받은 자에 해당하지 아니하므로 면제대상자에 해당하지 아니한다고 판단한 것이다 .

이에 비해 이 사건은 , 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 를 과세하지 아니한다는 지방세법 제106조 제2항의 해석과 관련하여 , 원고가 과점주주 가 될 때인 2008 . 0 . 00 . 을 기준으로 " 원고가 " 기부채납을 조건으로 해당 부동산을 취 득한 것으로 볼 수 있는지를 판단하면 되는 것이므로 , 위 판례의 존재만으로 피고들의 이 사건 처분이 적법하다고 단정할 수는 없다 .

( 4 ) 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산과 과점주주의 비과세 여부

기부채납 계약은 기부자가 자신의 소유인 재산을 국가 등에 증여하는 의사표시 를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 의사를 표시함으로써 성립하는 증여계약의 일종인 데 , 이러한 기부채납 계약은 □□물류와 □□시 및 □□시와 사이에 이루어진 것이기 는 하나 , 갑 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 , □□물류의 대표이사 는 국토□□부 □□에게 □□물류의 출자자가 변경되었음을 보고하고 그 출자자변경의 승인을 요청하였고 , 국토□□부 □□은 출자자변경에 대하여 승인하면서 향후 출자자 변경이 있을 경우에는 ' □□ 복합물류터미널 확장 민간투자사업 실시협약 제9조 ' 및 '민간투자사업 일반지침 ' 의 규정에 따라 반드시 국토□□부 □□의 사전승인 등 필요한 절차를 이행하도록 하고 , 위 절차를 이행하지 아니할 경우에는 위 실시협약 제58조의 규정에 따라 협약을 해지할 수 있다는 취지의 회신을 보낸 사실을 인정할 수 있는바 , ① □□물류의 과점주주가 된 원고는 아무런 제약이 없는 새로운 부동산을 취득하는 것이 아니라 □□물류의 장부상의 자산 , 즉 , 국가 등에의 귀속 또는 기부채납 조건이 있는 부동산을 취득하는 것인 점 , ② □□물류의 과점주주가 바뀌었다고 하여 국가 등 에 대한 무상귀속 또는 기부채납 의무가 소멸되지는 않을 뿐만 아니라 , 화물복합터미 널 등 사회기반시설에 관한 민간투자사업의 경우에는 원고가 과점주주가 되더라도 해 당시설을 임의처분할 수 없는 것이어서 , 원고가 □□물류의 재산을 사실상 임의처분하 거나 관리운영할 수 있는 지위도 향후 기부채납의무를 이행해야 한다는 의미에서 일정 부분 제약이 있는 점 , ③ 간주취득세 제도는 과점주주가 되면 당해법인의 재산을 사실 상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로 바로 이 점에서 담세력이 나타난다고 보아 과세 하는 것임을 고려할 때 , 기부채납 법인의 과점주주가 된 자에게 기부채납의 대상이 된 부동산에 관하여까지 취득세를 과세하여야 할 정당한 입법 목적을 찾을 수 없는 점 , ④ 지방세법 제106조 제2항은 " 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 " 에 대하여는 취 득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로 , 그 취득 당시 장차 국가 등에 무상귀 속 또는 기부채납될 것이 예정되어 있는 부동산에 대하여는 누가 그 부동산을 취득하 든 취득세가 비과세 되는 것으로 해석하여야 하는 점 등에 비추어 보면 , 기부채납법인 의 과점주주에 대하여도 그 기부채납의 대상이 된 부동산에 관하여는 지방세법 제106 조 제2항에 따라 비과세하여야 한다 .

( 5 ) 소결

결국 이 사건 각 처분은 비과세 대상에 대하여 과세한 것으로서 위법하다 .

3 . 결론

그렇다면 , 원고의 청구는 이유있으므로 , 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판 결한다 .

판사

재판장 판사 정태학 .

판사 박진숙

판사 안재천

별지

관계법령

지방세법

제22조 ( 출자자의 제2차납세의무 )