가. 원고는 서울시 용산구 B 대 437㎡ 및 그 지상 건물(이하 토지와 주택을 합하여 이 사건 부동산이라고 한다)을 소유하던 중 2009. 5. 이 사건 부동산을 32억원에 양도하고, 피고에게 이 사건 부동산의 취득가액 20억원, 필요경비(공사비) 7억 7,000만원을 공제한 나머지 양도차익에 대하여 2009년 귀속 양도소득세 110,631,500원을 신고, 납부하였다.

나. 피고는 2011. 8. 9. 원고가 신고한 필요경비 7억 7,000만원 부분을 필요경비로 인정할 수 없다며 원고에게 2009년 귀속 양도소득세 328,502,460원을 경정, 고지하였다

(이하 이 사건 제1차 부과처분이라고 한다). 이에 대해 원고가 이의신청을 거쳐 2012. 3. 15. 심사청구를 하였고, 2012. 6. 12.「이 사건 부동산에 대한 리모델링 공사비가 7억 7,000만원이 맞는지 여부를 원고가 불복청구시 제시한 공사계약서 등 관련 증빙에 의하여 필요경비에 해당하는지를 재조사하여 확인한 후 그에 따라 이 사건 양도소득세를 경정한다」는 심사결정을 받았다.

다. 위와 같은 심사결정에 따라 피고는 원고가 제출한 공사도급계약서, 계좌내역, 공사업자의 영수증, 확인서 등을 조사한 후 이를 토대로 2012. 7. 19. 원고에게「원고의 리모델링 공사의 시공이 확인되어 리모델링 비용에 대해 필요경비 7억 7천만원을 전액 공제하여 조사 종결한다」는 내용의 세무조사 결과 통지(이하 제1차 세무조사라고 한다)를 하여 위 양도소득세 부과처분을 취소하였다. 라.

그런데 피고는 원고의 누나인 C가 원고, D(원고의 누나), E(D의 남편)을 상대로 제기한 서울중앙지방법원 2007가합60047호 소유권이전등기 등 사건의 판결문(이하 이 사건 관련 민사판결이라고 한다)에 이 사건 부동산 중 주택에 관하여 지출한 수선비가 33,300...