가. 청구인은 2000.3.3. 취득한 OOOOO OOO OOO OOOOO 전 4,609㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2006.12.26. 서초구청에게 구립도서관 사업부지로 양도하고,쟁점토지의 양도가 「조세특례제한법」제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)의 적용대상에 해당하는 것으로 보아 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 산정하여 2007.2.22. 당시 청구인의 주소지 관할인 영동세무서장에게 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 대전지방국세청장은 2008년 8월영동세무서에 대한 감사에서 쟁점토지는 사업인정고시없이 양도되어 「조세특례제한법」제85조에서 규정하는특례요건에 부합하지 아니하므로실지거래가액을 기준으로 양도소득세를 과세하여야 하는 것으로 감사지적하였다.

다. 영동세무서장은 청구인의 주소지 관할세무서인 처분청에 위 감사지적내용을 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2009.2.6. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 1,387,115,600원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2009.5.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제4조에 의한 공익사업을 위하여 쟁점토지를 서초구청에게 양도하였고, 쟁점토지를 양도하기 전에 사업인정고시에 해당하는 서울특별시 및 서초구의 고시가 있었으며, 설령 사업인정고시가 없었다 하더라도 청구인에게 보상계획을 통지한 날을 사업인정고시일로 보아야 할 것이므로 쟁점토지에 대하여 「조세특례제한법」제85조에서 규정하는 과세특례의 적용을 배제하고 실지거래가액을 기준으로 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

서울특별시 및 서초구의 고시를 사업인정고시로 볼 수 없고, 쟁점토지의 양도는 청구인과 서초구청장이 대등한 당사자로서 매매계약을 체결한 것이므로쟁점토지에 대하여 「조세특례제한법」제85조에서 규정하는 과세특례의 적용을 배제하고 실지거래가액을 기준으로 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

사업인정고시가 없다 하여 기준시가 적용을 배제하고 실지거래가액을 기준으로 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제85조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) 거주자가 「소득세법」 제104조의2제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 「소득세법」 제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 「소득세법」 제104조의2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다.

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

(2) 조세특례제한법 시행령

제79조의2 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) ① 법 제85조 제5호에서 "그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날"이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

별표 7 (기준시가 과세기준일)

2.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제91조의 규정에 의하여 실시계획을 인가한 날

26. 제1호 내지 제25호 외의 법률에 의한 경우에는 제1호 내지 제25호의 법률에서 규정한 날과 유사한 경우로서 예정지역 지정, 실시계획 인가, 기본계획 수립 등을 한 날

(3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률

제88조 (실시계획의 작성 및 인가 등) ① 도시계획시설사업의 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 도시계획시설사업에 관한 실시계획(이하 "실시계획"이라 한다)을 작성하여야 한다.

제91조 (실시계획의 고시) 국토해양부장관, 시ㆍ도지사 또는 대도시 시장은 제88조에 따라 실시계획을 작성하거나 인가한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내용을 고시하여야 한다.

제96조 (「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 준용) ① 제95조에 따른 수용 및 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다.

② 제1항에 따라 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용할 때에 제91조에 따른 실시계획을 고시한 경우에는 같은 법 제20조 제1항과 제22조에 따른 사업인정 및 그 고시가 있었던 것으로 본다. (단서 생략)

(4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

7. "사업인정"이라 함은 공익사업을 토지 등을 수용 또는 사용할 사업으로 결정하는 것을 말한다.

제4조 (공익사업) 이 법에 의하여 토지 등을 취득 또는 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 1에 해당하는 사업이어야 한다.

4. 관계 법률에 의하여 허가·인가·승인·지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교·도서관·박물관 및 미술관의 건립에 관한 사업

제15조 (보상계획의 열람 등) ① 사업시행자는 제14조에 따라 토지조서 및 물건조서를 작성한 때에는 공익사업의 개요, 토지조서 및 물건조서의 내용과 보상의 시기·방법 및 절차 등을 기재한 보상계획을 전국을 보급지역으로 하는 일간신문에 공고하고, 토지소유자 및 관계인에게 각각 통지하여야 하며, 제2항 단서에 따라 열람을 의뢰하는 사업시행자를 제외하고는 특별자치도지사, 시장·군수 또는 구청장에게도 통지하여야 한다. 다만, 토지소유자 및 관계인이 20인 이하인 경우에는 공고를 생략할 수 있다.

제19조 (토지 등의 수용 또는 사용) ① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요한 때에는 이 법이 정하는 바에 따라 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있다.

제20조 (사업인정) ① 사업시행자는 제19조의 규정에 따라 토지 등을 수용 또는 사용하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 국토해양부장관의 사업인정을 받아야 한다.

제22조 (사업인정의 고시) ① 국토해양부장관은 제20조의 규정에 의한 사업인정을 한 때에는 지체없이 그 뜻을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인, 관계 시·도지사에게 통지하고 사업시행자의 성명 또는 명칭·사업의 종류·사업지역 및 수용 또는 사용할 토지의 세목을 관보에 고시하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 2000.3.3. 취득한 쟁점토지를 2006.12.26. 서초구청장에게 구립도서관 사업부지로 양도하고,쟁점토지의 양도가 「조세특례제한법」제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)의 적용대상에 해당하는 것으로 보아 2007.2.22. 영동세무서장에게 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 산정하여 양도소득세를 신고·납부한 사실이 양도소득세 과세표준신고서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 대전지방국세청의감사지적에 따라 쟁점토지는 사업인정고시 없이 양도되어 「조세특례제한법」제85조에서 규정하는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도한 경우에 해당하지 아니하여 기준시가가 아닌 실지거래가액을 기준으로 2009.2.6. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 1,387,115,600원을 경정·고지한 사실이 양도소득세 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 양도하기 전 사업인정고시에 해당하는 서울특별시 및 서초구의 고시가 있었고, 설령 사업인정고시가 없었다하더라도 청구인에게 보상계획을 통지한 날을 사업인정고시일로 보아야 할 것이므로 쟁점토지에 대하여 「조세특례제한법」제85조에서 규정하는 과세특례의 적용을 배제하고 실지거래가액을 기준으로 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」제85조는 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 이전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도하는 경우에는 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다고 규정하고 있다.

(나)「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제2조는 사업인정이라 함은 공익사업을 토지 등을 수용 또는 사용할 사업으로 결정하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제19조 제1항은 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요한 때에는 이 법이 정하는 바에 따라 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 제20조 제1항은 사업시행자는 제19조의 규정에 따라 토지 등을 수용 또는 사용하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 건설교통부장관의 사업인정을 받아야 한다고 규정하고 있으나, 사업시행자인 서초구청장이 구립도서관 건립사업을 위해 건설교통부장관의 사업인정을 받은 사실은 확인되지 아니한다.

(다)「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제88조 제1항은 도시계획시설사업의 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 도시계획시설사업에 관한 실시계획을 작성하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제91조는 건설교통부장관, 시ㆍ도지사 또는 대도시 시장은 제88조에 따라 실시계획을 작성하거나 인가한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내용을 고시하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제96조 제2항은「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용할 때에 제91조에 따른 실시계획을 고시한 경우에는 같은 법 제20조 제1항과 제22조에 따른 사업인정 및 그 고시가 있었던 것으로 본다고 규정하고 있으나, 사업시행자인 서초구청이 구립도서관 건립사업을 위한 실시계획을 작성하여 건설교통부장관의 실시계획인가를 받은 사실은 확인되지 아니한다.

(라)서울특별시장은 2005.10.20. 서울특별시고시 제348호(1996.12.31.)에 의하여 세부시설조성계획 결정된 서리풀근린공원에 대하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제30조」, 동법시행령 제25조 및 도시공원법 제4조의 규정에 의하여 도시계획시설을 변경결정하는 것으로 고시(제2005-314호)하고 있고, 서초구청장은 2005.11.3. 서울특별시고시 제348호(1996.12.31.)에 의하여 세부시설조성계획 결정된 서리풀근린공원에 대하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제30조, 동법시행령 제25조 및 「도시공원법」제4조의 규정에 의거 서울특별시고시 제2005-315호(2005.10.20.)로 도시계획시설로 변경결정 고시되었기에 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제32조, 동법시행령 제27조 및 서울특별시사무위임조례 제5조의 규정에 의하여 지형도면을 작성하는 것으로 이를 고시(제2005-91호)한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(마) 청구인은 쟁점토지를 양도하기 전 서울특별시 고시(2005.10.20.) 및 서초구의 고시(2005.11.3.)가 사업인정고시에 해당한다고 주장하고 있으나, 2008.11.27. 서초구청장은 쟁점토지의 소유자였던 청구인과 협의보상매수를 협의한 결과 매매에 동의하여 공익사업을 추진할 수 있었기에「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제91조 규정에 의한 실시계획고시를 거치지 아니하고, 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결한 후 서초구로 소유권을 이전등기하였다는 내용으로 대전지방국세청장에게 회신한 사실이 심리자료에 나타난다.

(바) 청구인은 서초구청장이 쟁점토지를 취득한 방식은「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에서 규정하고 있는 협의매수 방식과 동일하여 청구인에게 보상계획을 통지한 날을 사업인정고시일로 보아야 한다는 의견이나,서초구청장이 구립도서관의 건립을 위해 보상·취득한 토지가 청구인의 토지가 유일하고, 청구인의 토지 이외 다른 토지가 존재한다는 사실이 확인되지 아니하므로 청구인에게보상계획을 통지한 날을 사업인정고시일로 보기는 어렵다.

(사) 위 관련법령과 사실관계를 종합하면, 청구인이 쟁점토지를 양도하기 이전에 서초구청장이「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 사업인정을 받거나「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한실시계획인가를 받은 사실이 확인되지 아니하므로 쟁점토지의 양도는「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도하는 경우에 해당하지 아니하여 「조세특례제한법」제85조에서 규정하는 감면요건에 부합한다고 할 수 없다.

(4) 따라서, 처분청이 쟁점토지에 대하여 「조세특례제한법」제85조에서 규정하는 과세특례의 적용을 배제하고 실지거래가액을 기준으로청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

3. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.