가. 원고는 1999. 12. 3. 정보통신 장비(소프트웨어, 하드웨어, 시스템)의 개발 및 제조 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2005년 2기분, 2006년 2기분부터 2010년 1기분까지 부가가치세 과세기간 중 주식회사 B(이하 ‘B’이라 한다), 주식회사 C(이하 ‘C’이라 한다), 주식회사 D(이하 ‘D’라 한다)와 사이에 실물거래 없이 아래 [표1] 기재와 같이 매출매입세금계산서(이하 ‘쟁점 세금계산서 1’이라 한다)를 발행수취하였다고 보아, 그에 따른 매출세액을 부인하고, 매입세액을 불공제하여 2013. 12. 3. 원고에게 2005년 2기분 10,300,500원, 2008년 2기분 280,000원, 2009년 1기분 4,736,300원, 2009년 2기분 6,456,750원, 2010년 1기분 14,507,250원의 각 부가가치세(각 가산세 포함)를, 2013. 12. 2. 원고에 대하여 2005사업연도 13,265,840원의 법인세(가산세 포함)를 각 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 1 처분’이라 한다). [표1] (단위: 원) 거래업체 과세기간 가공매출 (공급가액) 가공매입 (공급가액) B 2005. 2기분 50,000,000 2007. 1기분 38,000,000 2007. 2기분 98,000,000 2008. 2기분 49,000,000 2009. 1기분 53,000,000 C 2006. 2기분 70,000,000 2007. 1기분 33,000,000 2007. 2기분 94,000,000 2008. 1기분 50,000,000 2008. 2기분 35,000,000 2009. 1기분 34,000,000 D 2007. 1기분 35,000,000 2007. 2기분 44,000,000 2009. 2기분 37,500,000 2010. 1기분 87,000,000

다. 원고는 이에 불복하여 2014. 3. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 4. 13. 기각되었다. 라.

피고는 2014. 12.경 원고에 대하여 발생한 과세자료의 검토결과, 원고가 2005년 2기부터 2006년 2기까지, 2007년 2기부터 2008년 2기까지 부가가치세 과세기간 중 E 주식회사(이하 ‘E’이라 한다), F 주식회사(이하 ‘F’이라 한다)와...