2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1989. 5.경 인천 CC군 CC읍 BB리 465-1 전 2,681㎡, 465-2 답 1,478㎡, 465-3 답 922㎡ 및 465-4 전 186㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)를 취득한 후 2004. 8. 23. 소외 정AA에게 양도하였다.

나. 원고는 2004. 10. 31. 피고에게 이 사건 토지에 관한 양도소득과세표준 예정신고를 하면서 구 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 일부개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항 제6호에 의하여 위 토지의 실지거래가액(양도가액 144,000,000원 및 취득가액 132,000,000원)에 따라 산정된 양도소득세 477,900원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 피고는 이 사건 토지의 실지거래가액을 조사한 결과 그 양도가액이 509,000,000원임을 확인한 후 2007. 10. 2. 원고에게 위 양도가액으로 양도소득세 과세표준과세액을 경정할 것이라는 내용의 세무조사결과를 통지하였다.

라. 이에 원고는 2007. 10. 31. 소득세법 제96조 제1항 본문에 의하여 이 사건 토지의 기준시가(양도가액 143,944,000원, 취득가액 30,902,048원)에 따라 산정된 양도소득 세 21,139,037원을 수정신고ㆍ납부(이하 '이 사건 수정신고'라고 한다)하였다.

마. 이에 대하여 피고는 2007. 11. 9. 위 수정신고가 부적법하다고 보고 소득세법 제114조 제4항 단서에 의하여 세무조사결과 확인된 실지거래가액(양도가액 509,000,000원, 취득가액 132,000,000원)에 따라 산정된 2004년도 귀속 양도소득세 90,400,190원(기납부한 위 각 양도소득세액을 공제한 금액)을 결정ㆍ고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 4호증, 갑 7호증의 1 내지 4, 을 1, 2호증, 을 3호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

원고가 2007. 10. 31. 국세기본법 제45조 제1항 제1호, 소득세법 제96조 제1항 본문 규정에 의하여 기준시가(양도가액 143,944,000원, 취득가액 30,902,048원)에 따라 산정된 양도소득세 21,139,037원을 적법하게 수정신고ㆍ납부하였음에도 불구하고 피고가 별다른 이유 없이 위 수정신고를 무시하고 실지거래가액에 따라 산정된 양도소득세를 경정부과한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

원고가 조세부담을 줄일 목적으로 실지거래과액을 과소신고한 후 당초 예정신고한 세액보다 많은 양도소득세가 부과될 것을 알게 되어 양도차익의 계산방법을 기준시가로 변경하는 내용으로 수정신고한 이 사건의 경우에도 수정신고를 적법한 것으로 본다면 예외적으로 양도소득세를 실지거래가액으로 결정할 수 있도록 정한 소득세법 96조 제1항 제6호 규정이 사문화될 뿐만 아니라 법적 안정성을 해할 우려가 있다. 따라서 이 사건 수정신고는 부적법하여 받아들일 수 없으므로 소득세법 제114조 제4항 단서에 따른 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

국세기본법 제45조 제1항 제1호, 제48조 제2항 제1호에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 관할세무서장이 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있고, 한편 법정신고기한 경과 후 6개월 이내에 제45조의 규정에 따라 수정신고를 한 경우 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 감면하도록 하되, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우를 제외하도록 하고 있다.

한편, 소득세법 제96조 제1항, 제97조 제1항 제1호 가목에 의하면, 토지의 경우 양도가액 또는 취득가액은 당해 토지의 양도 또는 취득 당시의 기준시가에 의하되, 다만 당해 토지가 같은 법 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의하도록 정하고, 그 중 제6호에서는 실지거래가액에 의할 수 있는 예외적인 경우의 하나로서 '양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우'를 들고 있는바, 위 각 규정의 취지를 종합하여 보면, 토지를 양도한 경우에 그 양도차익 산정에 관하여 기준시가에 의한 과세를 원칙으로 하되 그 예외로서 납세의무자가 양도차익의 산정에 관하여 기준시가로 할 것인지 실지거래가액으로 할 것인지에 관하여 선택할 수 있도록 함으로써 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하기 위한 것으로 해석된다.

먼저 이 사건 수정신고가 적법한지에 관하여 살피건대, ① 이 사건 수정신고는 피고가 과세표준 및 세액을 경정하여 통지를 하기 이전에 이루어졌음은 앞서 본 바와 같고, ② 국세기본법 제45조 제1항 제1호는 예정 또는 확정신고ㆍ납부한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 경우를 수정신고의 요건으로 정하고 있을 뿐 과세표준 및 세액산정에 관한 계산방법을 변경하는 내용의 수정신고를 배제하지 아니한 점, ③ 국세기본법 제48조 제2항 제1호의 규정 취지에 비추어 보면, 이 사건의 경우와 같이 납세의무자가 과세표준과 세액에 관하여 과세관청의 경정이 있을 것을 미리 알고 있는 경우에도 수정신고가 가능하다는 전제에서 가산세 감면의 혜택을 박탈하는 불이익을 줄 뿐이고, 달리 관련법령에서 위와 같은 상황하에서의 수정신고를 받아들일 수 없다는 어떠한 규정도 찾아볼 수 없는 점, ④ 피고는, 납세의무자가 조세부담을 줄일 목적으로 실지거래과액을 과소신고한 후 당초 예정신고한 세액보다 많은 양도소득세가 부과될 것을 알게 되어 양도차익의 계산방법을 기준시가로 변경하는 내용으로 수정신고한 경우에도 그 신고를 적법한 것으로 본다면 예외적으로 양도소득세를 실지거래가액으로 결정할 수 있도록 정한 소득세법 96조 제1항 제6호 규정이 사문화된다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 소득세법 제96조 제1항은 납세의무자가 양도차익의 산정에 관하여 기준시가로 할 것인지 실지거래가액으로 할 것인지에 관하여 선택할 수 있도록 함으로써 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 말미암아 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 아니하도록 보완하기 위한 규정이고, 한편 소득세법 제114조 제2항, 제4항 단서에서는 납세의무자가 양도자산의 가액을 실지거래가액으로 예정신고한 경우를 전제로 하여 당해 신고가액과 다른 실지거래가액이 확인된 때에는 그 확인된 가액으로 양도소득세액을 경정한다고 정하고 있을 뿐, 납세의무자가 양도자산의 가액을 기준시가로 수정신고한 경우에도 당초 실지거래가액으로 예정신고가 이루어졌다는 사정만으로 확인된 실지거래가액으로 양도소득세액을 경정하도록 하는 취지의 규정으로 해석되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 결국 이 사건 수정신고는 국세기본법 제45조 제1항 제1호에 의한 적법한 것이다.

따라서 이 사건 수정신고가 부적법함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문