소득세법 제27조 (필요경비의 계산)

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 2003.4.14.부터 2005.6.15.까지 ○○시 ○○구 ○○동 144에서 '○○천하'라는 상호로 유흥주점을 운영해 온 원고는 주식회사 ○○실업(이하 '○○실업'이라고 한다)으로부터 2003년 2기에 주류를 매입하고 공급가액 합계 69,085,000원의 매입세금계산서(이하 이 사건 세금계산서라고 한다)를 교부받아 매출세액에서 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하고, 위 세금계산서의 공급가액을 필요경비에 산입하여 2003년 종합소득세를 신고하였다.

나. 서울지방국세청은 2004.8.17.부터 같은 해 10.14.까지 ○○실업에 대한 주류유통과정 조사 결과 이 사건 세금계산서가 위장가공거래로 확인되었다는 이유로 이에 관한 과세자료를 피고에게 통보하였고, 피고는 이 사건 세금계산서의 부가가치세액과 공급가액을 매입세액 불공제 및 필요경비 불산입하여 2007.8.8. 원고에게 2003년 2기 부가가치세 10,951,355원, 2003년 귀속 종합소득세 34,580,816원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2007.10.10. 이의신청을 거쳐서 같은 해 12.28. 심사청구를 제기하였으나, 2008.3.31. 기각결정을 받고 2008.4.21. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

원고가 ○○실업으로부터 수취한 이 사건 세금계산서는 실제 거래에 근거하여 진실하게 발행된 것이므로, 이 사건 세금계산서가 위장가공거래에 의한 허위의 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하고, 설령 원고가 ○○실업이 아닌 중간거래자로부터 주류를 공급받은 것으로 밝혀진다고 하더라도 이 사건 세금계산서와 관련된 주류 거래 자체는 있었으므로, 위 세금계산서를 가공임을 전제로 종합소득세까지 부과한 것은 부당하다.

나. 관계법령

부가가치세법 제17조 (납부세액)

소득세법 제27조 (필요경비의 계산)

다. 판단

1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부당함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2006.4.14. 선고 2005두16406 판결 참조)

2) 피고의 주장사실에 부합하는 증거는 을2 내지 8호증이 있으나 위 증거들은 조사담당세무공무원이 ○○실업과 주식회사 ○○주류(○○실업의 대표이사 김○열의 부친인 김○영이 대표이사로 제직하는 법인으로서 ○○실업과 같은 사업장에서 주류판매업을 영위하는 회사이다. 이하 금도주류라고 한다)에 대한 세무조사 과정에서 금도주류 측의 컴퓨터 하드디스크에 2004.7. 무렵부터 같은 해 8.까지의 주류판매내역만 저장되어 있고 그 이전의 거래내역은 삭제되었던 것을 복원하여 이를 기초로 금도주류 등의 거래 내역을 추적하여 정리한 다음 금도주류 등의 경리직원에게 일괄적으로 확인 시키는 방법으로 세금계산서 과다발행, 과소발행 내역을 정리한 자료를 근거한 것인데, ① 을2호증의2, 을3호증의1, 2, 을 8호증은 금도주류 대표이사 김○영, ○○실업 대표이사 김○열의 진술서 및 확인서로서 거래처별 세금계산서 과다발행 내역을 전체적으로 확인받은 데 그쳤을 뿐 거래처와의 거래 내역을 일일이 대조하여 조사하지는 않았던 점, ② 을7호증의1 내지 5는 지입차주 한○우, 조○식, 권○재, 고○권의 진술로서, 위 지입차주들은 원고의 영업장소와는 무관한 종로, 한남동, 은평구, 동대문구 소재 주점에 주류를 공급하였다고 진술하고 있는 점, ③ 을2호증의1, 4호증의1, 2은 경리직원 박○덕, ○○실업 관리이사 조○호의 진술로서 금도주류 등의 무면허 중간도매상 등과의 일반적인 주류 유통과정에 대한 진술에 불과한 점, ④ 을5호증의 1, 2은 조사담당 공무원의 조사보고서로서 피고의 주장을 반복하는 내용인 점, ⑤ 피고는 원고 이외의 다른 사업자의 경우에는 실제로 주류를 공급한 무면허 중간도매상 또는 지입차주가 누구인지 신원을 밝혀내고 조사를 하였던 반면, 원고의 경우에는 실제 주류공급자가 누구인지 밝히지 못한 채 막연히 무면허 중간도매상과 거래하였다고 주장하고 있는 점. ⑥피고는 원고의 주류구매 전용통장에 주류대금이 입금된 장소가 원고의 영업장소와 전혀 무관한 서울 ○○구 ○○동으로 되어 있다는 이유로 이른바 지입차주 또는 중간도 매상이 원고의 주류구매 전용카드를 소지하고 주류대금을 입금하였음을 알 수 있다고 주장하나, 이 사건 세금계산서의 공급대가 중 상당액은 원고 명의의 다른 계좌에서 원고의 주류구매전용통장으로 계좌이체 된 사실이 확인되는 점(갑 3호증), ⑦ 원고는 ○○실업의 영업사원이던 강○철로부터 주류를 실제 공급받았다고 주장하고 있는데 위 강○철이 세무관청의 조사결과 중간도매상 또는 지입차주로 밝혀진 사실이 없을 뿐만 아니라, 위 강○철이 원고와의 거래는 정상적인 거래였다는 취지의 확인서를 제출하고 있는 (갑 5호증), ⑧ 세무관청의 조사결과에 의하더라도 ○○실업의 주류거래 중 일부는 정상거래로 밝혀진 점 등을 감안하면, 피고의 위 증거만으로는 이 사건 세금계산서가 위장가공거래에 의한 허위의 세금계산서임을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.