가. 원고의 기부금 영수증 제출과 소득공제 원고는 2009년도 및 2010년도 각 과세기간 근로소득세액의 연말정산을 하면서, 원고가 2009년도 1,500,000원, 2010년도 1,900,000원을 각 기부한 것으로 되어 있는 B종교단체 C가 발급한 기부금 영수증을 제출하고 이에 대하여 소득공제를 받았다.

나. C에 대한 세무조사 1) C는 주지 D가 창건한 사찰로 1993. 11. 25. 피고의 승인을 얻어 지정기부금 종교단체로 등록되었고, 2004. 4. 27. B종교단체에 등록되었다. 2) 피고는 C에 대하여, 2011. 9. 28.부터 2011. 10. 5.까지 및 2011. 10. 31.부터 2011. 11. 4.까지 C가 2009년도부터 2010년도까지 발급한 기부금 영수증 등의 진위여부를 확인하기 위해 표본조사를 실시하고, 2011. 11. 21.부터 일반 세무조사로 전환하였으며, 2011. 11. 24. 조세범칙조사로 전환하여 세무조사를 진행하였다

(이하 ‘이 사건 조사’라 한다). 3) 피고는 이 사건 조사 결과 확인된 신도축원문카드, 기도비 노트, D의 통장 등을 종합하여 C가 2009년도에 발급한 기부금 영수증 금액 1,295,085,000원 중 1,171,067,000원, 2010년도에 발급한 1,521,919,000원 중 1,368,814,000원은 실제로 기부금을 받지 않고 허위로 기부금 영수증을 발급한 것이라고 판단하였다. 피고는 C가 해당기간 원고에게 발급한 기부금 영수증과 관련하여, 그 중 원고가 C에 실제 기부한 금액은 2009년 200,000원, 2010년 350,000원이라고 인정하였다. 다. 원고에 대한 과세처분 1) 북대구세무서장은 2011. 11.경 피고로부터 이 사건 조사 결과를 통보받고, 원고의 근로소득세액에 대한 원천징수의무자인 국민은행 동성로지점장에게 관련 연말정산 신고내용을 수정하라는 안내를 하였으나, 이에 응하지 않자 피고에게 이를 통보하였다.

2 피고는 원고가 2009년 귀속 1...