2. 항소비용은 원고의 부담으로 한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 이유 중 제2쪽 아래에서 네 번째줄의 '2004년 제2기 1,002,235,579원'을 '2004년 제2기 매출세액을 1,002,235,579원'으로 고치고, 아래에서 첫 번째 줄의 '피고는 2007.10.2.이의 신청을 기각하였고,'를 '피고는 2007.10.4.이의 신청을 기각하였고,'로 고치며, 제2항에서 원고의 주장에 대한 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2.추가판단 부분

가. 원고는, 피고가 매매총이익률을 적용함에 있어 소매업을 기준으로 한 9.33%를 적용하였으나 도매업이익률 2%정도를 기준으로 적용하여야 한다고 주장한다. 그러므로 살피건대, 부가가치세법 제21조 제2항 단서에서 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙으로 가세표준을 결정할 수 없는 경우 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제69조 제1항 제5호 라.항은 국세청장이 정한 매매총이익률을 기준으로 계산하여 추계할 수 있다고 규정하고 있으며, 한편 을 제3호증의 기재에 의하면 국세청장은 담배 소매업의 전체 매입평균이 5억 원 이상인 경우 매매총이익률을 9.33%로 정하고 있는 사실을 인정할 수 있는 바, 담배 소매업자인 원고가 2004년 부가가치세 과세기간 동안 소외 법인인 ◇◇◇◇◇ ○○○코리아 주식회사로부터 총 1,071,795,000원(2004년 제1기 163,068,000원 + 2004년 제2기 908,727,000원)의 담배를 매입하였음은 위에서 본 바와 같으므로, 담배 소매업 전체 매입평균이 5억 원 이상인 경우의 매매총이익률 9.33%를 적용한 것은 정당하다 할 것이어서, 이에 반하는 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

나. 원고는, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의 2 본문에서 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우 이를 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 인정하지 아니한다고 규정하고 있지만, 단서에서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 한편 같은 법 시행령 제60조 제2항 제3호는 위와 같이 세금계산서에 필요적 기재사항이 다르게 기재되었지만 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 인정하는 경우로서 "재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우"를 규정하고 있는데, 이 사건 각 세금계산서상의 공급가액은 매입세액으로 공제되어야 한다고 주장한다. 그러므로 살피건대, 위 시행령 제60조 제2항 제3호의 규정은, 원래 사업자는 부가가치세법 제9조 및 제16조에 따라 거래시기에 세금계산서를 교부하여야 하며 만일 거래시기에 세금계산서를 교부하지 아니하고 그 이후에 세금계산서를 교부하면 거래상대방은 매입세액으로 공제받지 못하는 것이 원칙이지만, 위와 같은 경우라도 실지 거래사실이 확인되고 세금계산서의 작성일자가 실지 거래시기와 동일한 과세기간에 속하는 경우에는 예외적으로 공제할 수 있는 매입세액으로 인정한다는 취지이므로, 이 사건 각 세금계산서와 같이 필요적 기재 사항 중 '작성년월일'이 아니라 '공급받는 자의 등록번호'를 사실과 다르게 기재한 경우에는 이에 해당하지 않는다 할 것이어서, 원고의 위 주장 또한 받아들이지 않는다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.