1. 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라고 한다) 제69조 제1항 본문은 ‘농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다’고 규정하고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 시행령(2009. 6. 26. 대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라고 한다) 제66조 제4항 은 제1호 본문에서 ‘8년 이상 자기가 경작한 농지’가 ‘양도일 현재 특별시·광역시 또는 시에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라고 한다)에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지’에 해당하는 경우에는 이를 양도소득세 감면대상에서 제외하도록 규정하는 한편, 제1호 단서, 같은 호 (나)목 에서 이와 같이 ‘주거지역 등에 편입된 후 3년이 지난 농지이더라도’ ‘사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토계획법에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우’에는 이를 다시 양도소득세 감면대상에서 제외하지 아니하도록 규정하고 있다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 1993. 5. 4. 취득한 이 사건 토지가 2005. 6. 27. 국토계획법에 의하여 제1종 일반주거지역으로 편입되었고, 원고는 그로부터 3년이 지난 2009. 3. 6. 이 사건 토지를 양도한 사실, 한편 건설교통부장관은 2006. 7. 21. 사업시행자를 한국토지공사로 하여 이 사건 토지가 속한 성남시 수정구 (주소 생략) 일대를 택지개발예정지구로 지정·고시한 사실 등을 인정한 다음, 이 사건 토지는 개발사업이 시행되기 전에 이미 주거지역에 편입된 후 그로부터 3년이 지나 양도되었을 뿐, 개발사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지에 해당하지 아니하므로, 구 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 에서 규정한 양도소득세 감면대상에서 제외되는 농지로 보아야 한다는 이유로, 구 조특법 제69조 제1항 본문의 양도소득세 감면을 적용하지 아니한 이 사건 양도소득세 부과처분이 적법하다고 판단하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 구 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 의 해석을 그르치거나 조세형평의 원칙에 관한 법리를 오해하여 판단을 누락하는 등의 잘못이 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.