판결내용은 붙임과 같습니다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 7. 23. 원고에게 통지한 경정청구 기각 처분(2008년 2기 확정부터 2009년 1기 확정까지 부가가치세 합계 14,887,000원)을 취소한다.

가. 원고는 건설업, 부동산임대업 등을 영위하는 주식회사로, 2008년 제2기부터 2009년 제2기까지 학교법인 ◊◊◊◊◊◊대학(이하 '소외 대학'이라 한다)에 관리비 명목으로 2008년 제2기 41,000,000원, 2009년 제1기 124,000,000원, 2009년 제2기 117,000,000원 합계 282,000,000원(공급가액)의 세금계산서를 발행하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 원고는 소외 대학이 관리비를 지급하지 않자 소외 대학을 상대로 민사소송(서울남부지방법원 2009가합▽▽▽▽▽호)을 제기하였고, 2010. 4. 21. 소외 대학이 원고에게 관리비 280,000,000원(부가가치세 포함)을 지급하라는 내용으로 조정에 갈음하는 결정이 이루어져 그 무렵 확정되었다(이하 '이 사건 강제조정 결정'이라 한다). 이에 따라 원고는 2010년 제1기 부가가치세 확정신고 시 245,000,000원의 세금계산서를 발행하였다.

다. 원고는 2014. 6. 17. 피고에게 이 사건 강제조정 결정으로 인하여 2008년 제2기부터 2009년 제2기까지의 관리비가 이중으로 신고 되었다는 이유로 부가가치세 경청청구(이하 '이 사건 경정청구'라 한다)를 하였으나, 피고는 경정청구 기간이 경과하였다는 이유로 2014. 7. 23. 경정을 거부하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2014. 10. 24. 이의신청을 제기하였으나 기각되었고, 2014.11. 28. 국세청에 고충민원을 제기하였다. 피고는 2014. 12. 19. 납세자보호위원회의 심의를 거쳐 고충내용을 검토한 결과, 객관적으로 매출이 중복으로 신고된 사실이 분명하다는 이유로 부과제척기간이 경과하지 않은 2009년 제2기 부가가치세에 한하여 경정하는 결정을 하였다.

마. 원고는 2015. 2. 3. 조세심판원에 2008년 제2기, 2009년 제1기 부가가치세 부분도 경정하여 달라는 취지로 심판청구를 제기하였으나, 2015. 3. 19. 각하되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부

가. 피고의 본안전 항변

2008년 제2기 및 2009년 제1기 부가가치세의 법정신고기한은 각각 2009. 1. 25.과 2009. 7. 25.이므로 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9919호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항에 따라 법정신고기한이 지난 후 3년 이내인 2012. 1. 25.과 2012.7. 25.까지 경정청구를 할 수 있는데, 원고는 위 기간을 도과하였다. 또한 원고가 이 사건 강제조정 결정을 받은 날인 2010. 4. 21.부터 원고가 경정청구를 제기한 2014. 6. 17.까지 4년 이상 경과하였으므로, 구 국세기본법 제45조의2 제2항에 의하더라도 이미 경정청구 기간이 경과하였음이 분명하다. 따라서 원고의 경정청구는 부적법하다.

나. 판단

1) 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 따르면, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때(제1호) 등 각 호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청・심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

또한 같은 조 제2항 제1호에 따르면, 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 최초의 신고・결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때(제1호) 등 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

그리고 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항에 의하면, 사업자에 대한 부가가치세의 과세기간은 제1기의 경우 1월 1일부터 6월 30일까지, 제2기의 경우 7월 1일부터 12월 31일까지이고, 같은 법 제19조 제1항에 의하면, 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료 후 25일(외국법인의 경우에는 50일)이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

한편, 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 2015. 3. 12. 선고 2014두44830 판결 등 참조).

2) 살피건대, 원고의 이 사건 경정청구를 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 의한 통상의 경정청구로 볼 경우에 위 경정청구는 2008년도 제2기 부가가치세의 법정신고기한인 2009. 1. 25. 및 2009년 제1기 부가가치세의 법정신고기한인 2009. 7. 25.이 지난 후 3년이 모두 경과하였음이 분명한 2014. 6. 17. 이루어졌으므로 적법한 경정청구에 해한다고 볼 수 없다. 또한 이 사건 경정청구를 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 경정청구로 본다고 하더라도, 이 사건 강제조정 결정이 2010. 4. 21.경 무렵 확정되었고, 원고는 그로부터 4년 이상이 경과한 후인 2014. 6. 17.에야 이 사건경정청구를 제기한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2개월을 도과한 후에 제기되었음이 명백하여 역시 부적법하다.

결국 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 피고가 2014. 7. 23. 원고에게 한 경정청구를 거부하는 내용의 통보는 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 소는 부적법하여 이를 각하하기로 하여, 주문과 같이 판결

한다.