원고는 2016. 11. 15.부터 2017. 1. 9.까지 덴마크 소재 B(이하 ‘수출자’라 한다)로부터 아래 표 순번 1번 내지 6번 기재 'Automatic Wrapping Machinery'를 수입하면서, 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률(이하 ‘FTA 특례법’이라 한다) 제8조 제1항에 따라 협정관세 사전적용신청을 함과 동시에 대한민국과 유럽연합 및 그 회원국 간의 자유무역협정(이하 ‘한-EU FTA’라 한다) 협정관세율 0%를 적용하여 수입신고하였고, 피고는 이를 수리하였다.

C D E F G H 서울세관장은 2017. 3. 21. 자유무역협정에 따른 원산지조사 운영에 관한 훈령 제51조에 따라 원고에게 위 각 물품의 협정관세 적용의 적정 여부에 대한 자율점검을 하고 FTA 협정관세를 잘못 적용한 경우 2017. 4. 14.까지 보정신고 또는 수정신고를 하라는 내용의 안내서를 통지하였다.

원고는 2017. 4. 15. 수입신고 관련 서류를 확인한 결과 수출자가 위 각 물품을 수출하면서 상업송장(Commercial Invoice)에 수출자의 ‘인증수출자번호’인 ‘I’가 아니라 ‘EORI 번호 EORI(Economic Operator Registration and Identification) : 유럽연합(EU) 각국 세관이 수출입업자에게 부여하는 세관등록번호 ’인 ‘J’을 기재하여 원산지 신고서에 오류가 있다는 사실을 확인하였다.

이에 원고는 2017. 4. 15. 위 각 물품에 관하여 기본세율 8%를 적용하여 보정신고를 하고, 협정관세를 적용한 관세 등과의 차액인 관세, 부가가치세, 보정이자 합계 502,040,400원을 추가로 납부하였다.

원고는 위 각 물품의 수출자로부터 수출자의 인증수출자번호를 기재한 원산지 신고서를 다시 발급받아 오류를 보완한 다음, 2017. 12. 15. 피고에게 협정관세 사후신청기간이 경과한 1건(C)을 제외한 아래 표 순번 1번 내지 5번 기재...

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