2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2012. 7. 9. 원고에게 한 양도소득세 OOOO원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 설시할 이유는, 피고가 이 법원에서 특히 강조하거나 되풀이하는 주장에 관한 판단을 아래에서 추가하는 외에는 제1심 판결서의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 피고의 주장에 관한 판단

피고는, 시행령 제40조 제1항은 소득이 발생한 경우 감면소득과 과세소득을 어떠한 기준으로 안분할 것인지를 정한 규정인 점, 법 제99조의3 제1항의 입법 취지는 구주택을 취득한 날부터 신축주택을 취득하기 전날까지 발생한 양도소득과 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과된 이후에 발생한 양도소득에 대하여 과세한다는 것인 점 등을 고려하면 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우에 감면되는 세액을 계산할 때에도 시행령 제40조 제1항을 준용하여야 한다고 주장한다.

법 제99조의3 제1항은 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 '세액을 감면하는 방식'에 의하여 산정하도록 규정하고 있는 반면, 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이후에 양도한 경우에는 '양도소득금액을 차감하는 방식'에 의하여 산정하도록 규정하고 있다. 그러므로 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이후에 양도한 경우에 적용되는 '양도소득금액을 차감하는 방식'으로 계산할 수 없다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두3725 판결 참조). 법 제99조의3 제4항은 제1항을 적용할 때 '신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액'의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 위 규정의 위임을 받은 시행령 제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문을 적용할 때 '당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액'은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 여기서 '당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액'이란 법 제99조의3 제1항의 후문, 즉 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감되는 양도소득금액을 의미하는 것이다. 따라서 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 감면되는 세액을 계산함에 있어서는 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용할 아무런 법령상 근거가 없는 것으로 보인다.

시행령 제40조 제1항의 계산식은 신축주택 취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우 취득일로부터 5년이 되는 날의 실제 양도가액이 존재하지 않기 때문에 소득세법 제95조 제1항에 의하여 산출한 양도소득금액(양도소득의 총수입금액 - 필요경비 - 장기보유 특별공제액)을 '취득일로부터 양도일까지의 기준시가 상승분' 중 '취득일로부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분'이 차지하는 비율로 안분하여 양도소득세 과세특례 대상인 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 것이다(대법원 2013. 1. 31. 선고 2012두8588 판결 참조). 위 계산식은 원래 구조조정대상 부동산에 대한 양도소득세 감면을 위한 규정으로서 구조조정대상 부동산은 취득 전의 양도소득세가 문제되지 않는다. 따라서 위 계산식은 주택재건축을 통하여 취득한 신축주택의 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어진 것이어서 위 계산식의 구성요소를 다르게 바꿔 적용하도록 하는 별도의 규정이 없는 이상 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 적용하기에 적합하지 않은 계산식이라 봄이 타당하다(만약 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 시행령 제40조 제1항의 계산식을 적용한다면, 분모와 분자에서 차감하는 '취득당시의 기준시가'는 동일한 개념임에도 분모의 '취득당시의 기준시가'에 '구주택 취득 당시의 기준시가'를, 분자의 '취득당시의 기준시가'에 '신축주택 취득 당시의 기준시가'를 각 대입해야 하는데, 이는 법령상의 근거 없이 계산식을 자의적으로 변경한 것이므로 허용될 수 없고, 피고와 같이 계산할 경우, 원고가 보유했던 이 사건 구주택과 재건축 후 취득한 신축주택이 마치 동일한 주택인 것처럼 취급하여 두 부동산의 기준시가를 단순비교하는 오류를 범하게 되어 부당하다).

그러므로 피고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 피고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각한다.