1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 증거들을 종합하여 원고는 자동차를 생산하는 국내법인이고 소외 현대모터 아메리카(이하 현지법인이라 약칭한다) 는 원고 회사에서 생산한 자동차를 미국에 수출하기 위해 원고의 자회사로 미국에 설립한 현지법인이며 소외 필립스석유주식회사 (이하 필립스라 약칭한다)는 폴리프로필렌이라는 물질에 대한 특허권을 가진 미국법인으로서 대한민국에 사업장을 갖고 있지 아니한 사실, 원고와 현지법인 사이에, 1986.1.1. 현지법인은 원고가 생산하여 수출하는 자동차를 미국 내에서 전량 판매하되 그 판매한 자동차가 미국 내 타인의 특허권을 침해 또는 사용하므로써 현지법인이 부담하게 되는 일체의 비용은 원고가 보상하기로 약정한 사실, 한편 현지법인은 위 필립스사와의 사이에 1989.2.15. 필립스사의 특허물질인 폴리프로필렌이 부품에 포함된 위 자동차의 수입 및 판매를 허용하되 현지법인은 필립스사에게 그 특허권의 사용료로서 자동차 1대당 미화 57센트씩 지급하기로 약정한 사실, 이에 따라 원고는 현지법인이 필립스사에게 지급한 특허권 사용료 상당 금액으로서 1989.5.16. 금 66,390,000원, 같은 해 6.9. 금 191,473,158원 합계 금 257,863,158원을 현지법인 (원심판시의 필립스사는 현지법인의 오기임이 분명하다)에게 지급한 사실 및 피고는 원고가 위 현지법인에게 지급한 금원은 원고가 국내에서 사용한 특허권의 대가로 외국법인인 필립스사에게 지급한 금원으로서 외국법인의 국내원천소득이므로 이를 지급하는 원고로서는 그 법인세를 원천징수하여 납부할 의무가 있다는 이유로 법인세법 제59조 제1항 , 제41조 제2항 , 대한민국과미합중국간의소득에관한조세의이중과세회피방지와탈세방지및국제무역과투자의증진을위한협약(1979.10.20.시행, 이하 한미조세협약이라 약칭한다) 제14조 제1항의 규정 등을 적용하여 1990.3.16. 원고에게 이 사건 법인세 등의 부과처분을 한사실을 인정한 다음 위 특허권의 침해 내지 사용은 현지법인의 미국 내로의 자동차의 수입 및 판매과정에서 문제가 되는 것이지만 그 실질에 있어서는 원고가 국내에서 자동차를 생산하는 과정에서 이를 사용하였다 할 것이고 한편 위 특허권이 미국에 등록된 것이어서 미국에서만 유효한 권리라 할지라도 위와 같이 대한민국에서 생산되는 자동차에 사용되어 그 자동차가 미국에 수입, 판매되는 경우에는 미국 내에서의 사용과 마찬가지로 그 효력이 미친다 할 것이며, 나아가 원고가 특허권자인 위 필립스사와 직접 특허권 사용계약을 체결하거나 사용료를 지급하지 않고 원고는 현지법인과만 특허권 사용료 보상계약을 체결하여 그 사용료 상당금액을 지급하고 현지법인이 필립스사와 계약을 체결하여 그 사용료를 지급하는 방식으로 거래가 이루어졌다 하더라도 위 거래 관계는 그 실질에 있어서 생산업체인 원고가 판매업체인 현지법인을 통하여 또는 그를 대리인으로 하여 국내에서 필립스사의 특허권을 사용하고 그 대가를 지급한 것이라 할 것이고 따라서 필립스사는 그 사용료의 수령을 통해 국내원천소득이 발생한 것으로 보아야 할 것이므로 이 사건 과세처분이 적법하다고 판단하였다.

2. 법인세법 제1조 제3항 은 「외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인이 제55조의 규정에 의한 국내원천소득이 있을 때에는 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다」고 규정하고 있고, 같은 법 제55조 제1항 에서는 「국내원천소득이라 함은 다음 각호에 게기하는 소득을 말한다」고 규정하면서 제9호에서 「다음 각목의 1에 해당하는 자산. 정보 또는 권리를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우에 당해 대가로 인한 소득」을 규정하고 있으며 그 가목에서는 「학술 또는 예술상의 저작물의 저작권, 특허권, 상표권, 의장, 모형, 도면이나 비밀의 공식 또는 공정, 라디오, 텔레비젼 방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리」를 규정하고 있고, 한편 같은 법 제59조 제1항 은 국내에 사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인에 대하여 제55조 제1항 제9호 에 게기하는 국내원천소득의 금액을 지급하는 자의 원천징수의무 및 납부절차에 관하여 규정하고 있다.

그리고 한미조세협약 제6조는 제14조 제4항에 규정된 사용료 (특허권, 저작권 등에 대한 사용료를 말함)는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다고 규정하고 있다.

3. 그런데 특허권은 국가에 의한 특허처분에 의하여 특허출원인에게 부여되는 권리로서 각국의 특허법과 그 법에 따라 특허를 부여할 권리는 각국에 있어서 독립적으로 존재하여 지역적 제한을 지니게 되므로 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 설정 등록된 국가의 영역내에서만 그 효력이 미치는 것이라고 할 것이고 따라서 외국법인의 특허권이 등록되어 있지 않은 대한민국에서 당해 특허제품이 생산되어 특허권이 등록된 외국으로 수출, 판매되는 경우에 있어서, 당해 특허권의 사용 혹은 침해문제는 특허권을 가진 외국법인이 그 특허권의 효력이 미치는 외국 내에서 위 특허제품의 수입, 판매에 대하여 가지는 특허실시권의 사용, 침해에 관한 문제일 뿐 대한민국 내에서의 특허제품 사용 자체에 관한 문제와는 관계가 없는 것이다 .

결국 법인세법 제55조 제1항 제9호 가목 에서 외국법인의 국내원천소득의 하나로 규정하고 있는 「특허권 등을 국내에서 사용하는 경우에 당해 대가로 인한 소득」이나 한미조세협약 제6조, 제14조 제4항에서의 「특허권 등에 대한 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는경우에만 동 체약국내에 원천을 둔 소득으로 취급된다」는 규정의 의미는 어느것이나 외국법인 혹은 미국법인이 대한민국에 특허권을 등록하여 대한민국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득을 의미한다고 해석하여야 할 것이다.

4. 따라서 원심이 인정에 사실대로라면 현지법인이 필립스사에 지급한 이 사건 특허사용료는 원고가 생산한 자동차가 미국에 수입, 판매되어 필립스사가 미국 내에서 가지는 특허실시권을 침해 또는 사용한데 따른 대가로 지급된 것이지 필립스사의 특허물질을 대한민국에서 사용한 데 따른 대가로 지급된 것이 아님이 분명하므로 이는 필립스사의 미국 내의 소득이 될지언정 대한민국에 원천을 둔 소득이라고는 볼 수 없다 할 것이다.

5. 그런데도 원심이 그 판시와 같은 이유로 이 사건 과세처분이 적법하다고 판단한 것은 각 관계법령 및 조약에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미쳤다고 하지 않을 수 없다.

이점을 지적하는 주장은 이유있다.

그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.