가. 원고는 서울 종로구 B 대지(이하, ‘이 사건 제1토지’라 한다) 지상 목조 기와지붕 단층주택 42.96㎡(이하, ‘이 사건 제1주택’이라 한다)와 C 대지(이하, ‘이 사건 제2토지’라 한다) 지상 목조 기와지붕 단층주택 34.05㎡(이하, ‘이 사건 제2주택’이라 하고, 이 사건 제1주택과 합하여 ‘이 사건 각 주택’이라 한다)의 소유자이다.

나. 원고는 1999. 12. 6. 서울특별시 종로구 D동장에게 이 사건 각 주택을 ‘목조, 흙벽돌’에서 ‘벽돌조(적연와)’로 대수선한다고 신고한 후, ① 이 사건 제1토지 중 건물부지가 아닌 26.44㎡(세 면은 이 사건 제1주택으로, 나머지 한 면은 이 사건 제2주택으로 둘러싸여 있는 부분이다)와 이 사건 제2토지 중 건물부지가 아닌 22.15㎡(세 면이 이 사건 제2주택으로 둘러싸여 있는 부분이다)에 썬라이트 지붕을 설치하고 그 밑에 합판을 덧대어 증축하고, ② 이 사건 제1주택과 제2주택의 기둥과 벽, 기와 등을 교체하고 위 두 주택의 내부를 연결하는 공사(위 증축을 제외한 부분을 ‘이 사건 보수공사’라 한다)를 한 다음, 이 사건 각 주택을 위 증축 부분까지 포함하여 하나의 식당 건물로 사용하였다.

다. D동장은 2000년 6월경 원고가 대수선 신고 후 무단 증축을 하였다는 이유로 원고에게 제1토지의 26.44㎡와 이 사건 제2토지의 22.15㎡에 대하여 자진시정을 명하였고, 시정이 이루어지지 않자 2000. 6. 30. 합계 48.59㎡(26.44㎡ 22.15㎡)에 대한 이행강제금을 부과한 것을 시작으로, 2004년까지 매년 원고에게 위 무단 증축에 대한 이행강제금을 부과하였으며(그 중간에 처분청이 피고로 변경된 것으로 보인다), 원고는 이에 불복하지 않고 이행강제금을 납부하였다. 라.

피고는 2007년 자체 감사를...