가. 청구법인은 OOO 소재 소유 건물의 증축공사와 관련하여 2007.6.20. 시공사인 OOO(이하 “OOO”이라고 한다)과 공사기간은 OOO., 공사대금은 OOO으로 하는 도급계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결한 뒤, OOO으로부터의 매입분으로 부가가치세 2007년 제2기분 OOO, 2008년 제1기분 OOO의 세금계산서를 신고한 후 부가가치세 매입세액을 공제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 OOO에 대하여 쟁점계약을 해지하고 지체상금 등 지급청구를 한 데 대해 OOO지방법원이 OOO 판결로 쟁점계약의 기성공사대금이 OOO이라고 사실인정함에 따라, 위 OOO이 2007년 제2기 부가가치세 신고시 매입가액인 OOO에 미달하므로 2008년 제1기 세금계산서(공급가액 OOO, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 기성을 초과하여 매입세액 공제를 받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 부인하여 OOO. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 거래 당시 이후의 법원 판결을 근거로 매입세액을 불공제하고 가산세를 부과하였으나 쟁점세금계산서는 교부 당시에는 적법한 것이었으므로 거래상대방은 쟁점세금계산서상의 부가가치세를 납부하여야 하고 청구법인은 매입세액을 공제받아야 하며, 설혹 법원의 판결에 의하여 청구법인의 매입가액이나 OOO의 매출가액이 감액되었다고 한다면 OOO이 수정세금계산서를 발행하여야 할 사항으로 본 건 과세처분은 부당하다.

청구법인이 쟁점세금계산서를 임의로 작성하여 제출한 것이 아니라OOO.자 OOO 지급에 대한 3자 합의서 제7항에 따라 OOO이 작성하여 교부한 것으로, 청구법인은 감리사가 OOO를 총공사금액에서 잔여공사를 공제하는 방식인 역산방법으로 계산한다는 통보를 받았고, 청구법인의 현장관리자이자 감리자인 OOO 및 OOO의 감리자인 OOO이 공사비정산표와 총 공사비 정산세금계산서(쟁점세금계산서)를 작성한 것이며,

검찰에서도 청구법인의 대표이사에 대한 사기혐의에 대한 조사결과 사기죄의 구성요건에 해당하지 아니한다고 하여 각하처분하였는바 이는 쟁점세금계산서가 적법하게 발행된 것임을 확인하여 준 것이다.

나. 처분청 의견

OOO이 쟁점계약과 관련하여 매출신고한 금액은 2007년 제2기 OOO으로 2008년 제1기 OOO은 신고·납부하지 아니하였고, OOO은 쟁점세금계산서와 관련하여 실제 건설공사를 진행한 사실이 없다고 소명하였으며, 2007년 12월 이후 공문으로 청구법인에게 공란 세금계산서 2부를 반환하여 줄 것을 수차례 요구하였고,

청구법인이 2008.2.21. OOO에 발송한 문서에 의하면 “OOO자 계약해지로 그 간 귀사와의 공사금 정산을 도급계약서에 근거하여 다음과 같이 통보합니다” 및 “별첨 2) 총 공사금 정산 세금계산서”라는 문구가 있는 점, 청구법인이 OOO자로 OOO에 보낸 문서에 의하면 감리사의 시공사평가방법(역산방법)에 따라 공사대금을 산정하였고 추후 잘못된 계산이 있는 증거물을 제시하면 정정 세금계산서를 발행하여 주겠다고 하면서 쟁점세금계산서를 작성하였으며, 이후인 OOO이 쟁점세금계산서에 대한 부의 세금계산서를 발송하였으나 청구법인은 이를 수취거절한 점 등으로 보아,

OOO이 쟁점세금계산서를 발행하지 아니하고 청구법인이 임의로 쟁점세금계산서를 작성하여 OOO에 통보 후 매입세액공제를 받은 것으로 판단되는바, 매입자가 임의로 작성한 세금계산서는 매입세액 공제 대상에 해당하지 아니하며(대법원 2009.3.2. 선고 2008두2205 판결), 수정세금계산서 교부대상에도 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법제16조【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성년월일

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

(2) 부가가치세법 시행령제59조【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우 : 재화가 환입된 날을 작성일자로 기재하고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

2. 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 : 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우 : 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우 : 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서장의 과세자료 처리보고서(2011년 10월)에 나타난 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 쟁점계약과 관련하여 OOO, OOO, OOO의 순으로 공사도급계약을 변경하여 체결하였고, OOO은 OOO 계약금액 OOO으로 공사도급계약을 체결하여 OOO 청구법인으로부터 총 OOO의 공사대금을 수취하였으며, 이후 공사 기성율과 관련하여 청구법인과 OOO 간 분쟁이 발생하여 청구법인은 공사대금지급을 거절하고 시공사인 OOO은 공사를 중단하였다.

(나) 청구법인은 OOO자로 준공지연 등을 이유로 OOO에 쟁점계약의 해지통보를 하였고, OOO자 공급가액 OOO의 세금계산서(쟁점세금계산서)를 임의로 발행하여 OOO에 통보하였으며, 2008년 제1기 부가가치세 신고시 상기금액을 매입세액 공제받았고,쟁점세금계산서 공급가액 계산 근거를 보면, 계약상 공사금에 대한 세금계산서 미발행액은 OOO, OOO의 추가공사비 청구액은 OOO, 합계(부가가치세 별도) OOO인 것으로 나타난다.

(2) OOO지방법원 OOO 판결에서 인정한 사실은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 OOO에게 공사대금 명목으로 OOO,OOO, OOO, OOO, OOO까지 OOO 합계OOO을 지급하였다.

(나) 약정 준공기일이 경과하였음에도 불구하고 쟁점공사가 완료되지 않자 청구법인은 OOO에게, OOO이 OOO경 이 사건 공사를 완료하겠다’라는 각서를 제출한 채 쟁점공사를 진행하지 않는다면 쟁점계약은 OOO 해지된다는 취지로 통보하였고, OOO은 그 무렵 쟁점공사를 중단하였다.

(다) 청구법인은 OOO과 쟁점공사 중 나머지 부분에 관하여 계약금액 OOO으로 정하여 공사도급계약을 다시 체결하였고, OOO은 2008년 10월경 공사를 완료하였다.

(라) 쟁점계약은 청구법인의 해지의 의사표시에 따라 OOO 해지되었고, OOO의 기성공사대금은 OOO이다.

(3) 청구법인이 OOO에게 발송한 공문의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) OOO자 공문에 의하면, OOO이 ‘OOO.까지 이 사건 공사를 완료하겠다’는 내용의 각서를 OOO까지 제출하고 OOO부터 본격적으로 현장공사가 추진됨이 확인되지 아니하면 OOO자로 계약이 해지됨을 통보한다고 되어 있다.

(나) OOO자 공문에 의하면, 쟁점계약이 OOO의 계약위반으로 인하여 해지되었음을 유감으로 생각하고, OOO자 계약해지로 그간 OOO과 공사금 정산을 도급계약서에 근거하여 다음과 같이 통보하오니 정산내용 중 착오가 있는 경우 알려주시면 정정하겠으며, 또한 미공사분 해당금액 등에 대하여는 법원 판결 등 상호 합의되는 금액이 확정되면 정정하고 차액정산하여 드리겠고, 정산결과 OOO이 청구법인에 지급할 금액OOO을 OOO까지 지급하여 주기 바란다고 되어 있다.

(다) OOO자 공문에 의하면, OOO과 OOO자 계약해지 후 공사금 정산 통보는 OOO자로 발송한 바와 같은바, 그 후 OOO감리사가 통보한 바에 의거 귀사(OOO)의 OOO 청구는 문제점을 내포하고 있어 OOO를 총공사금액에서 잔여공사를 공제하는 방법, 즉 역산방법으로 계산하였다고 통보받았으며, 청구법인은 감리사가 적시한 바와 같이 OOO의 OOO 청구는 무근거하고 자료가 부족하여 파악이 불가능하여 감리사의 미공사 평가방법(역산방법)에 따라함이 불가피하므로, 총 계약금액에 추가공사라고 청구한 금액을 포함하여 세금계산서를 “청구”로 하였고, 동 금액에서 공제대상금액(공제금액에 해당하는 부가가치세 포함)을 공제하였으며, 추후 잘못된 계산이 있는 증거물(법원판결 포함)을 제시하면 정정 세금계산서를 발행하여 드리겠다고 되어 있다.

(라)OOO자 공문에 의하면, 청구법인·OOO·감리사OOO 3자가 의견일치를 보아 1차 OOO(2007년 제2기 공급가액 관련이다)를 확정하여 지급하고 수령한다고 되어 있고, 제7항에 의하면 “세금계산서를 제출하고 기성금을 수령한다.”고 되어 있는바, 청구법인은 위 제7항에 따라 OOO이 쟁점세금계산서를 작성하여 교부하였다고 주장하고 있다.

(4) 한편, 청구법인이 OOO자로 OOO에게 발송한 공문에 의하면, OOO이 OOO자로 발송한 세금계산서는 청구법인과 무관하므로 반송한다고 기재되어 있고, 위 공문에는 부의 세금계산서 1매가 첨부되어 있는바, 기재되어 있는 내용을 살펴보면, 공급자는 OOO, 공급받는 자는 청구법인, 작성일자는 OOO., 공급가액은OOO으로 되어 있다.

(5) OOO지방검찰청 OOO 불기소결정서에 의하면, 피의자는 청구법인의 대표이사 OOO, 죄명은 사기, 주문은 각하로 되어 있고, 불기소이유에 대하여 살펴보면, “청구법인의 대표이사 OOO은 OOO 고소인에게 ‘공란의 세금계산서를 주면 OOO을 송금하겠다’라고 거짓말하여 이에 속은 고소인으로부터 공란의 세금계산서를 받아 OOO을 기재하여 관할세무서로부터 OOO을 환급받는 등 위 금원 상당의 재산상 이익을 취득하였음”이라는 범죄사실에 대하여 수사한 결과, 위 범죄사실만 보더라도 구성요건에 해당되지 않고 본 건 각하의견이라고 되어 있다.

(6) 위와 같은 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서가 교부 당시에는 적법한 것이었으므로 청구법인은 매입세액을 공제받아야 하고, 법원의 판결에 의하여 매입가액이 감액되었다면 OOO이 수정세금계산서를 발행하여야 할 사항이므로 이 건 과세처분은 부당하다고 주장하나,

OOO은 쟁점세금계산서상 공급가액인 OOO에 대하여 신고·납부하지 아니하였고 실제 공사를 진행하지 아니하였다고 소명하고 있는 점, 2011년 청구법인과 OOO 간의 분쟁으로 인한 법원의 판결에서도쟁점계약 공사대금은 OOO인 것으로 확정되어 OOO이 2007년 제2기 매출로 신고한 OOO에 미달하는 점, 청구법인의 공문 및 법원의 판결에 의하여 2008년 2월 초경 OOO은 쟁점공사를 중단하였음이 확인되는 점 등을 종합하여 볼 때 2008년 제1기에 쟁점세금계산서에 기재된 공급가액에 상당하는 공사는 진행되지 않은 것으로 확인되어 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서인 것으로 보인다.

그리고 청구법인은 쟁점세금계산서를 임의로 작성하여 제출한 것이 아니라 OOO자 OOO 지급에 대한 3자 합의서 제7항에 따라 OOO이 작성하여 교부한 것이라고 주장하나, 위 OOO자 공문의 제7항에는 “세금계산서를 제출하고 기성금을 수령한다.”라고만 기재되어 있어, 위 조항을 OOO이 쟁점세금계산서를 작성하였다는 점을 뒷받침하는 근거로 보기는 어려운 것으로 보이며,

청구법인이 OOO자로 OOO에게 발송한 공문에 첨부된 부의 세금계산서는 공급자는 OOO, 공급받는 자는 청구법인, 작성일자는 OOO., 공급가액은OOO으로 되어 있어 쟁점세금계산서에 대한 수정세금계산서인 것으로 보이는바, 청구법인은 위 부의 수정세금계산서가청구법인과 무관하다고 하며 OOO에게 반송한 점,처분청 의견에 의하면 OOO은 2007년 12월 이후 공문으로 청구법인에게 공란 세금계산서 2부를 반환하여 줄 것을 수차례 요구하였다고 하는 점 등 쟁점세금계산서를 OOO이 작성하여 청구법인에 교부하였다고 인정할 증빙이 부족한 것으로 판단된다.

나아가 OOO지방검찰청의 불기소결정서에 나타난 불기소이유는 청구주장과 같이, 쟁점세금계산서가 적법하게 발행된 것임을 확인하여 준 것이 아니라 위 범죄사실 자체가 형법상 사기죄의 구성요건에 해당하지 않는다는 것에 불과한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.