나. 피고가 2015. 1. 9. 원고 ○○○○ 주식회사에 대하여 한 2013 사업연도1) 법인세부과처분을 각 취소한다.

2. 원고 주식회사 ○○○○ 당진공장의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 원고 주식회사 ○○○○ 당진공장과 피고 사이에 생긴 부분의 2/3는 원고 주식회사 ○○○○ 당진공장이, 나머지는 피고가 각 부담하고, 원고 ○○○○ 주식회사와 피고 사이에 생긴 부분은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1의 나항 및 피고가 2015. 1. 9. 원고 주식회사 ○○○○ 당진공장에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 55,327,490원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고들은 ○○제조 및 판매업을 영위하는 회사이고, △△△은 원고들의 대표 이 사이다.

나. 원고 주식회사 ○○○○ 당진공장(이하 '원고 당진공장'이라 한다)은 2012. 11. 10. △△△의 아들이자, 원고 당진공장의 대표이사인 □□□로부터 충남 당진군 대호지면 사성리 소재 공장용지 42,059㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 임대차기간 2012. 11. 10.부터 2013. 11. 9.까지, 임대차보증금 550,000,000원, 차임 월 21,200,000원에 임차하였다.

나. 원고 당진공장은 이 사건 토지 지상에 5동의 건물을 신축한 후(1동 4,744.58㎡, 2동 5,139㎡, 3동 734.8㎡, 4동 4,410㎡, 5동 2,569.5㎡, 합계 면적 17,597.88㎡, 이하 위 각 건물을 통틀어 '이 사건 건물'이라 한다), 2012. 8. 1. 원고 ○○○○ 주식회사(이하 '원고 ○○○○'라 한다)에 이 사건 토지와 건물을 임대차기간 2012. 8. 1.부터 2014. 7. 31.까지, 임대차보증금 250,000,000원, 차임 월 54,885,000원에 임대하였다.

다. 원고 당진공장은 2013 사업연도에 □□□에게 이 사건 토지에 대한 차임 합계 254,400,000원을 지급하였고, 원고 ○○○○는 2013 사업연도에 원고 당진공장에 이 사건 토지 및 이 사건 건물에 대한 차임 합계 664,620,000원을 지급하였다.

라. 피고는 2014. 1. 8.부터 2014. 1. 24.까지 원고 당진공장에 대하여, 2014. 2. 4. 부터 2014. 2. 13.까지 원고 ○○○○에 대하여 각 법인세 세무조사를 실시한 결과, '□□□가 원고 당진공장의 특수관계자, 원고 당진공장이 원고 ○○○○의 특수관계자이고, 이 사건 토지의 적정차임이 16,434,016원, 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 적정차임이 87,286,698원인데, 원고 당진공장이 □□□에게 지급한 차임과 원고 ○○○○가 원고 당진공장에 지급한 차임이 부당하게 과다하다'고 보아 법인세법 제52조 제1항에 의하여 원고 당진공장이 □□□에게 지급한 차임 중 적정차임을 초과한 237,965,984원(= 254,400,000원 - 16,434,016원), 원고 ○○○○가 원고 당진공장에 지급한 차임 중 적정차임을 초과한 577,333,302원(= 664,620,000원 - 87,286,698원)을 각 손금불산입한 후 2015. 1. 9. 원고 당진공장에 대하여 2013 사업연도 법인세 55,327,490원, 원고 ○○○○에 대하여 2013 사업연도 법인세 134,408,280원을 경정.고지하였다(이하 원고 당진공장에 대한 처분을 '이 사건 제1처분', 원고 ○○○○에 대한 처분을 '이 사건 제2처분'이라 한다).

마. 원고 당진공장은 이 사건 제1처분에, 원고 ○○○○는 이 사건 제2처분에 불복 하여 각 2015. 3. 10. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 위 청구는 2015. 6. 30. 기각되었다.

[인정근거] 갑 제1 내지 4, 7호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 제1, 2처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

법인세법 제52조 제4항, 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 의하면, 감정평가기관이 이 사건 토지 및 건물에 관한 차임을 감정평가한 가액이 있는 경우 이를 채용하지 못할 특별한 사정이 없는 한 그 감정평가액을 시가로 보아 이 사건 토지와 이 사건 건물의 적정차임을 산정하였어야 한다. 그런데 이 사건 토지와 이 사건 건물에 관한 차임감정평가결과가 존재하고, 그 감정평가결과를 신뢰하지 못할 특별한 사정이 없음에도, 피고는 이 사건 제1처분을 함에 있어 이 사건 토지의 개별공시지가를, 이 사건 제2처분을 함에 있어 이 사건 토지와 이 사건 건물의 취득가액을 각 그 시가로 인정한 후 위 각 금액에서 보증금을 공제한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 각 차임을 산정하였다. 이와 같이 제1, 2처분의 전제가 된 적정차임의 산정과정이 위법하므로, 이 사건 제1, 2처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고 당진공장은 2003년경부터 □□□로부터 이 사건 토지를 임차하여 왔고, 원고 ○○○○는 2004년경부터 원고 당진공장으로부터 이 사건 토지 및 건물을 임차하여 왔다. 원고 당진공장은 2006. 12. 24.경 남동공업단지, 시화공업단지 등 공업단지와 당진시에 위치한 부동산의 평당 임대차보증금과 차임(남동공업단지 임대차보증금 270,000원, 차임 27,000원, 시화공업단지 임대차보증금 230,000원, 차임 23,000원, 당진시 임대차보증금 100,000원, 차임 10,000원)을 고려하여 원고 ○○○○에 대한 이 사건 건물의 1평(3.3㎡)당 임대차보증금을 100,000원, 1평당 차임을 10,000원으로 정하였고, 이 사건 건물의 임대차보증금을 290,000,000원(= 100,000원 × 2,990평), 예상차임을 29,900,000원(= 10,000원 × 2,990평)으로 산정하였는데, 임대차보증금 중 45,000,000원을 감액하는 대신 이를 차임에 반영하기로 하여 결국 임대차보증금을 250,000,000원, 차임을 30,000,000원으로 정하였다.

2) 피고는 2014. 1.경 원고들에 대하여 세무조사를 실시하면서 당시 이 사건 토지 및 건물 인근의 임대사례를 조사하고 부동산중개사무소에 이 사건 토지 및 건물의 시가를 문의하였는데, 임대사례가 존재하지 않고, 이 사건 토지 및 건물에 대하여 거래가 이루어진 사실이 없었던 사실을 확인하였다.

3) 감정인 ◇◇◇의 차임감정결과에 의하면, 2011. 1. 1.부터 2011. 12. 31.까지 이 사건 토지의 기간차임은 193,864,563원2)이고, 2011. 9. 1.부터 2011. 12. 31.까지 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 기간차임은 210,738,000원이다.

[인정근거] 갑 제7호증, 을 제7호증의 각 기재, 감정인 ◇◇◇의 차임감정결과, 변론 전체의 취지)

라. 판단

"1) 법인세법 제52조의 부당행위계산의 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조).구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제7호는 법인세법 제52조 제1항의 '조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우'의 하나로 '금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우'를 들고 있고, 법인세법 제52조 제2항, 제4항, 구 법인세법 시행령 제89조 제1항은, 법인이 특수관계에 있는 자에게 시가보다 낮은 대가를 지급받고 용역을 제공한 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 용역의시가'는 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 의한다고 규정하고 있고, 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항에 의한 감정가액 등에 의할 수 있다고 규정하고 있다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 참조). 한편, 부당행위계산부인의 적용 기준이 되는시가'에 관한 입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에게 있다고 할 것이다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).",그리고 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과.고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이므로 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로 그 부분을 취소하여야 하고(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 등 참조), 과세처분 취소소송의 처분의 적법 여부는 과세액이 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 전부를 취소할 것이 아니다(대법원 1991. 4. 12. 선고 90누8459 판결, 대법원 2012. 7. 26. 선고 2012두 7196 판결 등 참조).

2) 이 사건을 위 법리에 비추어 보건대, 피고가 원고 당진공장에 대하여 한 2013 사업연도 법인세부과처분 중 16,895,048원을 초과하는 부분과 원고 ○○○○에 대하여 한 2013 사업연도 법인세부과처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 모두 취소되어야 한다.

가) 원고 당진공장이 □□□로부터 이 사건 토지를, 원고 ○○○○가 원고 당진공장으로부터 이 사건 토지 및 건물을 부당하게 낮은 차임에 임차한 것인지 여부는, 이 사건 토지 및 건물을 임차하는 유사한 상황에서 원고들이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 알 수 있는 자료가 없는 이상, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호 에 따라 이 사건 토지 및 건물에 대한 차임감정결과를 기준으로 판단하여야 한다. 그런데 감정인 ◇◇◇의 이 사건 토지 및 건물에 대한 차임감정결과는 이 사건 토지와 이 사건 건물의 기초가격과 기대이율의 산정 등에 있어 합리적인 근거를 따르고 있는 것으로 보이므로, 이에 따라 판단한다.

감정인 ◇◇◇의 차임감정결과에 의하면, 2011. 9. 1.부터 2011. 12. 31. 까지 이 사건 토지의 기간차임은 64,621,521원, 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 같은 기간 동안의 기간차임은 210,738,000원인 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 현황이 그 이후 변동되었음을 인정할 자료가 없어, 이는 2013년에도 이와 같을 것으로 추인되므로, 위 감정가액을 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 적정차임으로 인정함이 상당하다. 따라서 2013. 1. 1.부터 2013. 12. 31.까지의 이 사건 토지의 적정차임은 193,864,563원(= 64,621,521원/4 × 12개월), 이 사건 토지와 이 사건 건물의 2013 사업연도의 적정차임은 632,214,000원(= 210,738,000원/4 × 12개월)이 된다.

나) 원고 당진공장이 2013 사업연도에 □□□에게 지급한 이 사건 토지에 대한 차임은 254,400,000원으로, 앞서 본 이 사건 토지에 대한 1년간 적정차임 193,864,563원을 30% 이상 초과하는 것으로서, 이 사건 토지의 적정차임을 현저히 초과한다. 그런데 원고 당진공장이 □□□로부터 이 사건 토지를 임차할 당시 이 사건 토지 인근의 거래사례나 거래관행을 참작하여 차임을 정하였음을 인정할 자료가 없고, 이와 같은 현격한 차임의 차이를 합리적으로 설명할 다른 자료도 존재하지 않는다. 따라서 원고 당진공장이 □□□로부터 이 사건 토지를 임차한 행위는 자산을 시가보다 높은 차임으로 임차하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 행위에 해당하고, 피고가 2016. 11. 22. 제출한 참고자료의 기재에 의하면, 이 사건 토지에 대한 2013 사업연도 의 적정차임을 193,864,563원을 기준으로 이를 초과하는 부분만 손금불산입하여 계산한, 원고 당진공장에 대한 정당한 법인세액은 16,895,048원임을 알 수 있다.

다) 원고 ○○○○가 2013 사업연도에 원고 당진공장에 지급한 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 차임 664,620,000원은 적정차임 632,214,000원보다 32,406,000원(= 664,620,000원 - 632,214,000원)이 많다. 그런데 구 법인세법 시행령 제89조 제3항은 '제88조 제1항 제7호는 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다'고 규정하고 있는데, 위 32,406,000원은 적정차임의 100분의 5인 31,610,700원을 근소하게 초과한다. 그런데 ① 원고 ○○○○가 다른 공장단지와 당진시 지역에 소재한 부동산의 임대차보증금과 차임을 고려하여 이 사건 건물에 대하여 예상되는 임대차보증금과 차임(30,000,000원)을 정하였고, 원고 ○○○○와 원고 당진공장 사이에 체결된 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 차임 54,885,000원은 이 사건 건물의 예상차임 30,000,000원과 원고 ○○○○가 □□□로부터 이 사건 토지를 임차한 차임21,200,000원을 다소 초과하는 금액인 점, ② 차임에 대한 감정평가결과는 감정평가업자의 전문적이고 주관적인 견해에 따라 다소 차이가 있을 수 있어, 다른 감정평가업자가 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 차임을 감정하였을 경우 이 사건에서의 적정차임과 실제 지급된 차임의 차액 32,406,000원이 적정차임의 100분의 5를 넘지 않을 가능성을 배제할 수 없는 점 등을 고려하면, 원고 ○○○○가 원고 당진공장으로부터 이 사건 토지 및 이 사건 건물을 임차한 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 행위로서 조세부담을 부당하게 회피하였거나 경감시켰다고 볼 수 없다. 따라서 피고가 이와 다른 전제에서 원고 ○○○○에 대하여 한 2013 사업연도 법인세부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고 당진공장의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인 용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 원고 ○○○○의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.