2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 인터넷프로그램 개발, 컨텐츠공급업 및 학원경영업 등을 목적으로 20005. 3. 설립된 비상장법인으로, 2007. 1. 10. 상호가 주식회사 CCC에서 주식회사 NNN으로 변경되었다가 2013. 3. 18. KKK으로 변경되었고, 2017. 11. 23. 현재의 상호로 변경되었다.

나. 원고는 2009. 4. 7. 직장인 직무교육사업을 영위하는 비상장법인인 주식회사 M(이하'M'이라한다)을흡수합병(이하'이사건합병'이라한다)하고, 2009. 4. 10. 합병등기를 마쳤다.

다. 원고와 M은 상속세 및 증여세법(2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 '상속세및증여세법'이라 한다) 제63조 및 상속세 및 증여세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 것, 이하 '상속세및증여세법 시행령'이라 한다) 제54조에 의한 보충적 평가방법에 따라 원고와 M 주식의 1주당 가치를 각 산정한 다음 이 사건 합병의 합병비율은 1:1로 결정하였고, 이에 따라 원고는 합병신주 000주를 발행하여 M의 주주에게 교부하였으며, 별도의 합병교부금은 지급하지 않았다.

라. 원고는 이 사건 합병 직후 기업인수・합병에 관한 회계처리준칙(이하 '결합회계준칙'이라 한다)에따라합병신주발행가액000원[= 000원(=000주 x 000원) 자기주식 000원]과 M의 순자산 공정가액 000원의 차액인 000원을 회계장부에 영업권(이하 '이 사건 영업권'이라 한다)으로 계상하였다.

마. 이후 원고는 합병신주의 가치가 당초 회계장부에 계상한 000원이 아니라 결합회계준칙에서 정한 방법에 따라 산정한 000원이 되어야 함을 이유로 그 차액 상당인 000원을 주식발행초과금과 상계하는 수정분개를 통해 이 사건 영업권을 회계장부에서 제거하였다.

바. 서울지방국세청장은 이 사건 영업권이 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제4항의 영업권에 해당한다고 보아 위 영업권 금액 000원을 합병평가차익으로 익금에 산입하여야 한다는 내용의 조사결과를 피고에게 통보하였고, 이에 따라 피고는 2015. 3. 25. 원고에게 2009 사업연도 법인세 xxx원(가산세 포함, 이하 같다)을, 2015. 4. 21. 2010 사업연도 법인세 xxx원을 각 결정・고지(이하 이를 합하여 '이 사건 처분'이라 한다)하였

다.

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 10. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 7. 26. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 12, 17호증, 을 제1, 2, 4, 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 영업권은 원고의 회계처리 과정에서 발생한 회계상 영업권에 불과할 뿐만 아니라, 원고는 이후 수정분개를 통하여 위 영업권을 장부에서 제거하였고, 이 사건 합병 당시 M이 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치를 보유하거나 원고가 M의 위와 같은 가치를 평가하여 대가를 지급한 사실이 없음에도, 피고가 이 사건 영업권이 세법상 영업권에 해당함을 전제로 하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2006년 출판업을 영위하는 주식회사 도서출판 aa 및 학원경영업을 영위하는 주식회사 nn을 흡수합병하고, 2007년 공인회계사, 세무사 전문학원인 주

식회사 U와의 전략적 제휴를 맺었으며, 2008년에는 의ㆍ치학 전문대학원 입시교육업체 K의 사업권을 인수하였고, 2009년 M과 이 사건 합병을 하였으며, 2010년에는 종합금융자격증(CFP, AFPK) 취득을 위한 관련 교육서비스를 제공하는 회사인 주식회사 J 및 회계, 세무, 경영 관련 교육서비스를 제공하는 주식회사 V를 흡수합병하였다.

2) M은 직무교육인터넷통신훈련, 우편원격훈련, 집합교육 등 직무능력 향상을 위한 인적자원개발 서비스를 제공하는 회사로, 원고는 M과 이 사건 합병을 하기 위해 2009. 1. 16. 합병을 위한 이사회결의를 하고, 같은 날 합병계약을 체결하였으며, 2009. 3. 2. 합병승인에 관한 주주총회 특별결의를 거쳤는데, 위 이사회 의사록에는 이 사건 합병의 목적이 '원고가 영위하는 성인수험시장과 M이 영위하는 직무교육시장의 통합으로 장기적인 시너지를 창출하여 기업가치를 극대화하여 주주가치를 높이고자 함'이라고 되어 있다.

3) 원고는 이 사건 합병을 위한 주식가치의 산정을 위해 회계법인 △△에 2008. 10. 31.을 기준일로 한 원고와 M의 주식가치 평가를 의뢰하였는데, 위 회계법인은 상속세및증여세법 제63조 제1항 및 상속세및증여세법 시행령 제54조의 보충적 평가방법에 따라 원고와 M의 1주당 주식가치는 아래와 같이 산정하였다.

4) 이 사건 합병 전 M의 매출액과 영업이익률 등은 아래 [표 1] 기재와 같고, M과 동종 영업을 영위하는 주식회사 KK(이하 'KK'라 한다)의 같은 기간 매출액과 영업이익률 등은 아래 [표 2] 기재와 같다.

5) 이 사건 합병 전ㆍ후 원고의 매출액, 당기순이익 등은 아래 표 기재와 같다.

6) 이 사건 합병 이후 원고의 사업부문 등은 아래 [표 1] 기재와 같고, 사업부문별 매출액과 당기순이익 등은 아래 [표 2] 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7, 18호증, 을 제4 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법리(대법원 2018. 5. 11. 선고 2015두41463 판결, 대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두43173 판결, 대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두54791 판결 등 참조)

가) 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세한다(제17조 제1항 제3호 단서, 법인세법 시행령 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호). 그리고 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 '상호 등'이라 한다)으로 사업상의 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 감가상각자산으로 한다(법인세법 시행령 제24조 제4항).

나) 이러한 관계 법령 규정에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다. 그 상세한 이유는 다음과 같다.

① 합병법인의 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 논리적으로 먼저 합병법인의 자산으로 인정되어야 한다. 법인이 내부의 사업 활동으로 무형의 가치가 있는 영업권을 창출하였다고 하더라도 세법상 자산으로 인식되는 것은 아니며, 합병으로 피합병법인의 영업권을 취득하는 때에는 위 법인세법 시행령에서 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 세법상 합병법인의 자산으로 인정된다.

세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 달라 법인세법령에서 별도로 규정을 두는 경우가 있는데, 합병 시 영업권의 인식 요건도 그러한 경우에 속한다. 시행령에서 정한 '영업권에 관한 사업상 가치 평가 요건'은 1998. 12. 31. 법인세법 시행령 개정 시에 세법상 영업권을 제한적으로 인정하기 위해 도입된 것으로서, 합병 과세의 틀이 정비된 2010. 6. 8. 개정 법인세법 시행령에서도 제80조의3 제2항으로 옮겨 현재까지 유지되고 있다.

② 합병의 경우 영업권을 세법상 자산으로 인정하기 위한 요건 문제는, 구체적 평가방법의 적절성을 판단할 때 영업권 가액을 합병대가 중 순자산가액을 초과한 차액으로 계산하는 것이 적절한지라는 문제와는 논의 단계를 달리한다. 따라서 상호 등에 대한 사업상 가치 평가를 요구하는 것은 차액설에 따른 영업권 평가의 적절성을 수긍한 판례와 모순되는 것이 아니다.

③ 합병평가차익 과세는 피합병법인이 합병 전까지 보유하던 유ㆍ무형의 자산에서 발생한 이득을 합병을 계기로 일정한 요건에 따라 과세하는 것으로서, 법인세법 시행령 제15조 제2항이 그 계산법으로 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호를 인용하고 있을 뿐, 개념상 자본준비금(법인세법 제16조 제1항 제2호 가목) 등과는 아무런 관련이 없다. 합병법인이 피합병법인으로부터 인계받은 순자산가액과 합병신주 액면가액 사이의 단순 차액인 합병차익은 합병평가차익 과세의 요건이 될 수 없다.

2) 구체적 판단

가) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고가 회계장부에 영업권으로 계상한 이 사건 영업권은 결합회계준칙에 따른 것으로 보일 뿐이고, 원고가 M의 상호ㆍ거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 보기 어려우며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 이 사건 영업권이 세법상 영업권의 자산 인정 요건을 갖추었다고 할 수 없다.

① 이 사건 합병에 있어 교부된 합병신주의 발행가액이 M의 순자산 가치를 초과한다거나 원고가 결합회계준칙에 따라 그 차액을 회계장부에 이 사건 영업권으로 계상하였다는 것만으로는 세법상으로 유의미한 영업권의 존재 내지 그에 대한 실질적 평가가 있었다고 할 수 없음은 위에서 본 바와 같고, 오히려 원고는 이 사건 합병 직후에 회계장부에 이 사건 영업권을 계상하였다가 이후 회계처리 오류를 이유로 수정분개를 통해 회계장부에서 위 영업권을 제거하였고, 그 결과 위 영업권을 감가상각 대상 무형자산으로 삼지도 않았다.

② 원고가 2008. 10. 31.을 기준일로 하여 상속세및증여세법 제63조 제1항 및 상속세및증여세법 시행령 제54조의 보충적 평가방법에 따라 원고와 M의 주식가치를 산정한 것은 비상장법인인 원고와 M 사이의 이 사건 합병에 있어 각 주식의 상대적인 가치 비교를 통하여 공정한 합병비율을 산정하기 위한 것으로 보일 뿐, 영업권 평가와는 직접적 관련이 있다고 보기 어렵고, 위와 같이 산정한 M 주식의 순손익가치가 원고 주식의 순손익가치보다 높게 평가되었다거나 상속세및증여세법에서 비상장주식의 가치를 보충적으로 평가함에 있어 영업권 평가액을 순자산가치에 가산하도록 하고 있다는 것만으로 M에 초과수익력을 가진 영업권이 실제로 존재한다거나 원고가 이를 고려하여 그 주식가치를 산정한 것이라고 할 수도 없다.

③ 피고는, 상속세및증여세법상의 보충적 평가방법에 따른 원고와 M의 1주당 주식가치가 000원과 000원으로 서로 다르게 평가되었음에도 최종 합병비율 산정에 있어 양 법인의 주식가치가 모두 000원으로 동일하게 결정되었음을 이유로 원고와 M이 별도의 합의를 통해 영업권의 가치를 반영한 주식가치를 정한 것이라고 주장한다. 그러나, 비상장법인 사이의 합병을 위한 주식가치의 산정 및 합병비율의 결정에 관하여 명문의 규정이 없는 상태에서 원고가 보충적 평가방법에 의해 산정된 원고와 M의 주식가치를 조정하여 합병비율을 1:1로 결정하였다는 것만으로 M의 영업권을 반영한 것이라거나 그에 관한 별도의 합의가 존재한다고 할 수 없을 뿐만 아니라, 원고와 M의 주식가치 중 오히려 원고의 주식가치를 상향조정한 점에 비추어 보더라도 피고의 위와 같은 주장은 받아들이기 어렵다.

④ 또한 피고는, 이 사건 합병 무렵 M이 00억 원 가량의 이익잉여금을 보유하고 있었던 점, 이 사건 합병 이전에 M의 매출액이 상승하고 있었고, 당기순이익이 발생하였으며, 비교적 높은 수준의 영업이익률을 보이고 있었던 점, M과의 합병을 통해 원고에게 00억 원 가량의 콘텐츠 매출이 발생한 점 등을 이유로 M이 세법상 영업권에 해당하는 무형적 자산을 보유하고 있었다고 주장한다. 그러나, 세법상 영업권으로 인정되기 위해서는 실제로 피합병법인이 장기간 경상이익을 실현하고, 동종사업을 영위하고 있는 기업들에 비하여 초과수익을 올리는 등 피합병법인에게 초과수익력이 있다고 인정될 만한 사정이 있어야 할 것인데, 이 사건 합병 이전 M의 이익잉여금 보유액과 매출액, 당기순이익 및 영업이익률 등의 지표만으로는 당시 M의 재무상태가 비교적 양호하였다는 사실을 넘어 M이 동종의 사업을 영위하는 다른 기업이 올리는 수익보다 큰 수익을 올릴 수 있는 차별되는 자산가치를 보유하고 있었다고 보기는 어렵고, M과의 이 사건 합병을 통해 원고에게 00억 원 가량의 콘텐츠 매출이 발생한 2009 사업연도에 원고의 직무교육사업분야에서는 손실이 발생하였는바, 피고가 주장하는 위와 같은 사정만으로 이 사건 합병 당시 M이 세법상 영업권에 해당하는 무형적 자산을 보유하고 있었다고 단정하기 어려우며, 이 사건 합병 결의가 이루어진 원고의 이사회 회의록에 기재된 합병의 목적등만으로 이와 달리 볼 수 없다.

⑤ 이 사건 합병 직전인 2007, 2008년에 M이 동종의 사업을 영위하는 KK보다 영업이익률이 높기는 하나, 특별히 높은 수준이라고 보기는 어렵고, M의 매출액 규모는 KK에 비해 현저히 적은 수준에 불과하며, 2004년부터 2006년까지의 영업이익률 및 2004년부터 2008년까지의 평균 영업이익률은 오히려 KK가 M보다 높다. 또한 피고는, 국세청 전산자료(을 제11호증)에 나타나는 동종의 사업을 영위하는 다른 기업들의 영업이익률과 비교하여 보더라도 M은 이 사건 합병 이전까지 매년 업종 평균을 훨씬 상회하는 영업이익률을 달성하고 있었고, 특히 2004년부터 2007년까지는 업종 평균보다 3 ~ 6배나 높은 영업이익률을 달성하였다고주장하나, 피고가 들고 있는 위 자료는 M과 동일한 업종코드(정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업)의 영업이익률에 관한 것인데, 단순히 동일한 업종코드 전체의 영업이익률만을 기준으로 M이 동종업종에 비해 특별한 초과수익력이 있는 영업권을 가진다고 보기는 어렵다.

⑥ 원고에게 2007년 00억 원, 2008년 00억 원의 당기순손실이 발생하였다가 이 사건 합병 이후인 2009년부터 당기순이익이 발생하기 시작하여 2010년부터 영업이익이 증가하고 있다. 그러나, 원고에게 2007년 이전에 당기순이익이 발생하였고, 2007년 및 2008년의 당기순손실은 사업다각화를 위한 합병 등으로 인한 것으로 보이는 점, 2009년 이후 원고의 전체 매출 및 영업이익이 증가한 것은 수험사업부문과 자격증사업부문의 영업이익이 증가하였기 때문으로 보이고, 오히려 M과 관련한 직무교육사업부문의 경우 이 사건 합병 이후 지속적으로 손실이 발생하여 2009년부터 2013년까지의 누적 영업손실이 00억 원에 달하는 점, 직무교육사업부문의 교육내용 및 수강층이 원고의 다른 사업부문과 구별되는 것으로 보여 원고의 전체 매출 및 영업이익의 증가가 이 사건 합병 내지 직무교육사업부문과 어떠한 관련이 있다고 보기도 어려운 점 등을 고려할 때, 2009년 이후 원고의 매출 및 영업이익 증가가 M과의 이 사건 합병으로 인한 것이라고 단정하기 어렵다.

나) 따라서 이 사건 영업권이 세법상 영업권임을 전제로 하여 위 영업권의 가액을 합병평가차익으로 익금에 산입한 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 위 주장은 이유있다.

3.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례