2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 화공약품 판매업 등을 영위하는 회사인 원고는 2006년 1월경부터 2007년 12월경 까지 아래 세금계산서 수수 내역 기재와 같이 주식회사 DD상사(이하 'DD상사'라고 한다)로부터 공급가액 합계 000원 상당의 매입세금계산서를 교부받고，EE화학 주식회사(이하 'EE화학'이라 한다)와 FFF코리아 주식회사(이하 'FFF코리아' 라고 한다)에게 000원 상당의 매출세금계산서를 발행・교부한 다음(이하 위 매입 및 매출세금계산서를 합쳐서 '이 사건 세금계산서'라고 한다)，이 사건 세금계산서에 따른 매출 및 매입세액을 매출・매입처별 세금계산서합계표에 기재하여 피고에게 관련 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다.

나. 그런데 피고는 2009. 7. 6. 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 수수된 가공의 세금계산서에 해당한다는 이유로， 구 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 일 부개정되기 전의 것，이하 같다) 제22조 소정의 세금계산서합계표 불성실가산세를 적용하여 원고에게 2006년 1기분 부가가치세 000원，2006년 2기분 부가가치세 000원， 2007년 1기분 부가가치세 000원，2007년 2기분 부가가치세 000원을 각 경정・고지하는 한편，원고가 신고한 당기순이익과 구 법인세법 제66 조(2010.12.30.법률 제10423호로 일부개정되기 전의 것，이하 같다)에 따라 추계로 산정한 과세표준과의 차액을 익금산입하여 2006 사업연도 법인세 0000원，2007 사업연도 법인세 000원을 각 경정・고지하였다(이하 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하였 으나 2011. 6. 17. 위 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1， 2호증(가지번호 포함)， 을 제1호증의 1 내지 6， 을 제2호증의 1의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 실제로 이 사건 세금계산서에 기재된 내용과 같이 DD상사로부터 화공약품 등을 매입하여 이를 EE화학 및 FFF코리아에 공급하였다. 그럼에도 피고가 이와 달리 위 세금계산서를 실물거래 없이 수수된 가공의 세금계산서로 보아 원고에 대하여 이 사건 각 처분을 한 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바，'세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다'는 의미는， 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재 화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고，그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 그리고 부가가치세법에 의하여 공급하는 사업자로부터 세금계산서를 교부받고，공급받는 사업자에게 세금계산서를 교부하며，나아가 부가가치세를 납부하여야 하는자는，공급하는 사업자 또는 공급받는 사업자와 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 자가 아니라，공급하는 사업자로부터 실제로 재화 또는 용역을 공급받거나，공급 받는 자에게 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 거래행위를 한 자라고 보아야 한다(대 법 원 2008. 7. 24. 선고 2008도1715 판결 등 참조).

(2) 위 법리에 기초하여 이 사건에서 보건대，갑 제3호증，을 제2호증의 2 내지 5，을 제3호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들，즉 ① DD상사(대표이사 송GG)는 화공약품 생산자들의 총판 대리점이고，CC화학은 위 송GG과 동업관계에 있는 이재균이 대표이사로 재직 중인 DD상사의 자 회사이며， FFF코리아는 DD상사에서 관공서 납품을 위하여 2003년경 설립하여 송GG의 처 유경해를 형식상 대표이사로 내세운 후 송GG이 실제 운영하고 있는 회사인바，원래 DD상사에서 직접 동부한농 및 애경유화에 고정적으로 화공약품을 납품하다가，위 회사들의 분산 납품 요청을 받아들여 DD상사는 일부 화공약품을 EE화학 에게 공급하고，EE화학으로 하여금 위 최종소비자들에게 납품하게 해 왔는데，특수관 계에 있는 EE화학과 거래를 하면 세금신고와 관련하여 불이익을 받을 수 있기 때문 에 중간 유통업체를 통한 우회거래의 필요성이 있었던 점，② DD상사， EE화학 및 FFF코리아는 사실상 거의 동일한 회사로서 이마 장기간 거래가 있어 새삼 중간 유 통업체인 원고를 통하여 거래할 필요가 없었지만， 앞서 본 바와 같은 우회거래의 필요성 때문에 2006년부터 DD상사가 EE화학에 공급한 화공약품에 대하여 실질적인 거래관계 없이 형식적으로 원고를 중간에 개입시켜 허위의 세금계산서를 수수하게 된 것 으로 보이는 점，③ 원고의 대표이사인 김HH은 2005년에 설립된 신생 유통업체인 원고가 금융기관으로부터 대출을 받기 위하여 매출을 부풀릴 필요성이 있었고， 실제로도 이 사건 세금계산서의 발행 금액을 그대로 이용하여 신용보증기금으로부터 신용보증서를 발급받아 금융기관으로부터 자금을 차용한 점，④ 2006년부터 2007년까지 DD상사가 공급자로서 원고에게 발행한 세금계산서의 총 합계액은 000원이고，같은 기간 원고가 공급자로서 EE화학 및 FFF코리아에 발행한 세금계산서의 총 합계액은 000원으로 공급받은 금액과 공급한 금액에 거의 차이가 없는 점，⑤ 이 사건 세금계산서에 관하여 원고와 DD상사， EE화학， FFF코리아 사이에 실제로 대금수수가 있었음을 인정할 자료가 없고， 다만 실물거래가 있는 것처럼 위장할 목적으로 2006년 중반 이후 원고 명의의 어음이 결제되었을 뿐인 점，⑥ 원고와 김HH은 이 사건 세금계산서의 수수와 관련하여，DD상사로부터 화공약품을 매입하거나 EE화학 또는 FFF코리아에 화공약품을 공급한 적이 없음에도 영리의 목적으로 허위의 세금 계산서를 수수하였다는 공소사실로 특정범죄 가중처벌 등에관한 법률위반(허위세금계산서 교부등)죄 등으로 기소되어，제1심(수원지방법원 안산지원 2009고합309호) 및 항소심 (서울고등법원 2010노919호)에서 모두 유죄판결을 선고받았고，이에 불복하여 대법원에 상고하였으나 2011. 1. 13. 상고가 기각됨에 따라 위 유죄판결이 확정된 점 등을 종합하면， 원고가 매출실적을 늘려 은행으로부터 대출 등을 받을 목적으로 DD상사와 EE화학 등의 우회 거래에 가담하여 실물거래 없이 허위로 이 사건 세금계산서를 수수한 사실을 충분히 인정할 수 있고， 갑 제4 내지 14호증(가지번호 포함)의 각 기재만 으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다.

(3) 따라서 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 수수된 허위의 세금계산서로 보아 원고에 대하여 부가가치세 및 법인세를 증액 경정한 피고의 이 사건 각 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.