원고는 석탄 생산가공 및 판매사업, 해외자원개발 사업, 수출입업 등을 영위하는 법인인데, 완전자회사인 주식회사 B(이하 ‘B’이라 한다), 주식회사 C(이하 ‘C’라 한다), 주식회사 D(이하 ‘D’이라 한다), 주식회사 E(이하 ‘E’라 하고, B, C, D, E를 합하여 ‘이 사건 각 자회사’라 한다)를 지배하는 완전모회사로서, 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조의8 제1항에 따라 연결납세방식 연결납세방식이란 둘 이상의 내국법인을 하나의 과세표준과 세액을 계산하는 단위로 하여 법인세를 신고ㆍ납부하는 방식을 말한다

(구 법인세법 제1조 제6호). 으로 원고와 이 사건 각 자회사의 사업소득을 신고하였다.

원고는 2014 사업연도 법인세를 신고함에 있어서 당시에는 이 사건 각 자회사 중 E는 연결자법인에 포함되지 않았다.

과세표준을 242,770,580,945원으로 신고하였는데, 원고의 직접외국납부세액 11,814,766,409원과 간접외국납부세액 내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국자회사로부터 받는 이익의 배당이나 잉여금의 분배액이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 금액(구 법인세법 제57조 제4항) 82,266,180,485원 및 D의 직접외국납부세액 16,079,675원을 합한 94,097,026,569원(이하 ‘이 사건 2014 외국납부세액’이라 한다)에 관하여 구 법인세법 제57조 제1항 제1호에 따른 세액공제방법과 제2호에 따른 손금산입방법 중 세액공제방법을 선택하여 구 법인세법 제15조 제2항 제2호, 제21조 제1호에 따라 직접외국납부세액을 손금불산입하고, 간접외국납부세액을 익금산입하여 이 사건 2014 외국납부세액을 과세표준에 포함한 후, 이...

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