1. 상고이유 제1점에 대하여

가. 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제41조 제1항 은 “내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다”고 정하면서 제1호 에서 ‘타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액’을, 제2호 에서 ‘자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액’을, 제3호 에서 ‘ 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령이 정하는 금액’을 들고 있고, 제2항 은 “ 제1항 의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 정하고 있다. 그리고 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제72조 제1항 제4호 단서는 “합병에 의하여 주주가 취득하는 주식의 취득가액은 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 의 금액 및 제11조 제9호 의 금액을 가산한 가액으로 한다”고 정한다.

구 법인세법 제41조 제1항 제1호 , 제2호 는 수익비용대응의 원칙에 따라 기간손익을 적정하게 계산하기 위하여 타인으로부터 매입한 자산이나 자기가 제조·생산·건설 기타 이에 준하는 방법으로 취득한 자산의 경우 그 취득에 소요된 부대비용을 취득가액에 포함되는 것으로 정하고 있는데, 그 밖의 방법으로 취득한 자산이라고 하여 그와 다른 기준에 의하여 취득가액의 범위를 정할 합리적인 이유를 찾기 어렵다. 그리고 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호 단서는 구 법인세법 제16조 제1항 제5호 의 금액(의제배당소득금액)과 구 법인세법 시행령 제11조 제9호 의 금액(특수관계자와의 합병과정에서 분여받은 이익이 있는 경우 그 이익)의 경우에는 이미 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금에 산입되어 법인세가 과세되었음을 고려하여 이중과세를 방지하기 위한 취지에서 종전의 장부가액에 그 각 금액을 가산하여 취득가액을 산정하도록 한 것일 뿐 수익비용대응의 원칙에 대한 예외를 정한 것으로는 볼 수 없다. 이러한 점들에 비추어 보면, 주주가 합병으로 인하여 주식을 취득한 경우에도 그 취득에 소요된 부대비용은 특별한 사정이 없는 한 취득가액에 포함된다고 봄이 타당하다.

나. 원심은 채택 증거에 의하여, ① 원고가 현대종합금융 주식회사(이하 ‘현대종금’이라고 한다)의 대주주로서 위 회사 주식 21,446,770주를 보유하던 중 주식회사 강원은행(이하 ‘강원은행’이라고 한다)이 1999. 2. 11.경 현대종금을 흡수합병(이하 ‘제1차 합병’이라고 한다)함에 따라 합병대가로 강원은행 주식 115,563,560주 등을 교부받고, 이어 1999. 9. 14.경 주식회사 조흥은행(이하 ‘조흥은행’이라고 한다)이 강원은행을 흡수합병(이하 ‘제2차 합병’이라고 한다)함에 따라 다시 합병대가로 조흥은행 주식 12,089,238주(이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다) 등을 교부받은 사실, ② 제1차 합병과정에서 현대종금에게 이 사건 농어촌특별세 납세의무가 발생하여 강원은행에게 승계되었으나, 강원은행과 조흥은행은 당초 합병비율을 정하면서 그와 같은 사정을 고려하지 아니하였던 사실, ③ 나중에 그 사실을 알게 된 조흥은행이 당초 정한 합병비율을 재조정하는 대신 현대종금의 대주주였던 원고를 비롯한 현대그룹의 계열사들에게 이 사건 농어촌특별세의 보전을 요구함에 따라 원고를 비롯한 현대그룹 계열사들은 당초 정한 합병비율대로 제2차 합병이 이루어질 수 있도록 하기 위하여 1999. 8. 10. ‘조흥은행이 이 사건 농어촌특별세를 납부하여야 하는 것으로 최종 확정될 경우 그 금액을 조흥은행에게 연대하여 지급하되, 2000. 12. 31.까지 조흥은행이 이 사건 농어촌특별세를 납부하여야 하는지 여부가 최종 확정되지 않은 경우에는 이를 조흥은행에게 우선 지급하고, 나중에 조흥은행에게 이 사건 농어촌특별세의 납부의무가 없는 것으로 확정되는 경우 이를 반환받는다’는 등의 내용이 기재된 이 사건 농어촌특별세 보전합의서를 작성하였고, 그 결과 제2차 합병이 예정대로 이루어져 원고가 당초 정한 합병비율에 따라 이 사건 주식을 취득하게 된 사실, ④ 원고는 다른 현대그룹 계열사들과의 분담합의 등의 절차를 거쳐 이 사건 농어촌특별세 보전합의서에서 정한 대로 2000. 12. 29.과 2001. 12. 29. 이 사건 농어촌특별세 분담금을 조흥은행에게 지급하였고, 그 후 2004. 5. 21.과 2004. 6. 18. 이 사건 주식을 전부 양도한 사실, ⑤ 한편 대법원은 2004. 7. 8. 조흥은행이 제기한 이 사건 농어촌특별세 부과처분 취소소송의 상고심에서 이 사건 농어촌 특별세 부과처분이 적법하다는 취지로 판결한 사실 등을 인정한 다음, 위와 같은 이 사건 농어촌특별세 보전합의서의 작성경위 및 원고의 이 사건 농어촌특별세 분담금 지급경위 등에 비추어 보면, 이 사건 농어촌특별세 분담금은 이 사건 주식을 취득하기 위하여 지급된 비용으로서 이 사건 주식의 취득가액에 포함된다고 봄이 타당하므로 이 사건 주식이 양도된 2004사업연도의 손금에 산입되어야 한다는 이유로, 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 경정거부처분은 위법하다고 판단하였다.

다. 앞서 본 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 간다. 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 ‘합병에 의하여 취득한 주식의 취득가액’에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

2. 상고이유 제2점 및 제3점에 대하여

이 부분 상고이유의 주장은, 원심이 이 사건 농어촌특별세 분담금이 이 사건 주식의 취득가액에 해당한다고 판단한 것에 덧붙여, 설령 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 농어촌특별세 분담금은 구 법인세법 제19조 제2항 의 손비의 요건을 갖춘 것으로서 그 지급의무가 확정된 2004사업연도의 손금에 산입하여야 한다고 가정적으로 판단한 것을 다투는 것이다.

그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 농어촌특별세 분담금이 이 사건 조흥은행 주식의 취득가액에 포함된다고 보는 이상, 위와 같은 가정적·부가적 판단의 당부는 판결에 영향을 미칠 수 없다. 결국 이 부분 상고이유의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요없이 받아들일 수 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.