가. 원고는 국가기술자산을 확보하고 지식재산을 활용한 사업기회를 창출하기 위하여 정부와 국내 대기업의 투자를 받아 2010. 7. 23. 설립된 내국법인으로 발명, 특허와 같은 지적재산권을 매입하여 다른 법인에게 그 사용권을 부여하는 사업 등을 영위하고 있다.

나. 원고는 2011. 4. 26. 국내에 사업장이 없는 미국법인인 EDGE IDEA LLC(이하 ‘EDGE’라 한다)로부터 미국, 캐나다 등 9개 해외국가에 등록된 LED 렌즈에 관한 기술특허(발명의 명칭 Bireflective Lens Element)에 관하여 소유권 등 일체의 권리를 미화 20만 달러에 매입하는 계약을 체결하였다

(이하 ‘제1계약’이라 한다). 다.

또한, 원고는 2012. 7. 27. 국내에 사업장이 없는 미국법인인 GLOBAL LED SOLUTIONS LLC(이하 ‘GLS'라 한다)로부터 미국에 등록된 반도체 패키징에 관한 14건의 기술특허(발명의 명칭 Chip Scale Package 등)에 관하여 소유권 등 일체의 권리를 미화 166만 달러에 매입하는 계약을 체결하였다

(이하 ’제2계약‘이라 하고 제1계약과 통틀어서는 ‘이 사건 특허계약’이라 한다). 라.

원고는 이 사건 특허계약에 따른 대가를 지급하면서 이를 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한미 조세협약’이라 한다) 제14조 및 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11603호로 개정되기 전의 것) 제93조 제8호에 따라 미국법인인 EDGE와 GLS의 국내원천 사용료소득으로 보아 각 15% 상당액인 38,798,640원 및 339,057,480원(이하 통틀어 ‘이 사건 원천징수세액’이라 한다)을 법인세로 원천징수하여 납부하였다.

마. 이후 원고는 이 사건 특허계약의 대가가 법인세 납부대상이 아니라고 주장하며 이 사건 원천징수세액의 전액...

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