2. 항소비용은 피고가 부담한다.

가. 원고의 2003. 12. 31. 현재 최저한세를 적용한 결과 이월되어 있는 연구 및 인력개발비 세액공제(이하 '연구비 세액공제'라 합니다)액은 161,783,644원(이하 '이 사건 이월공제액'이라 합니다)이고, 2004년 사업연도에 발생한 연구비 세액공제액은 13,463,457원입니다.

나. 원고는 2005. 3. 31. 2004년 사업연도 법인세 신고를 하면서 최저한세를 적용하여, 2004년 사업연도에 발생한 세액공제액 13,463,457원과 이 사건 이월공제액 중 25,790,463원을 합한 39,253,920원만 연구비 세액공제하는 것으로 하여, 2004년 사업연도 법인세를 64,187,882원을 신고 납부하였습니다.

다. 원고는 2005. 5. 18. 피고에게, 이 사건 이월공제액 모두를 최저한세 적용을 받지 않고 공제받을 수 있는 것으로 보아 2004년 사업연도 법인세 64,187,882원을 감액해달라는 내용의 경정청구를 하였습니다.

라. 이에 피고는 2005. 7. 7. 이 사건 이월공제액은 최저한세가 적용된다고 보고 위 경정청구를 거부하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 합니다)을 하였습니다.

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

원고는, 이 사건 이월공제액은 최저한세가 적용되지 않으므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장하고, 피고는, 2003. 12. 30. 개정된 조세특례제한법('법'이라 한다)이, 부칙 제1조에서 2004.1.1.부터 시행한다고 규정하고 있고, 부칙 제42조에서 법 시행당시 종전의 조세특례제한법('구법'이라 한다)제144조 제1항에 의한 공제대상세액은 동항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정하고 있는 점, 구법 제144조 제1항에서 연구비 세액공제의 경우 7년간의 이월공제기간을 규정하고 있는 점 등에 비추어 2004. 1. 1.후 발생한 연구비 세액공제액부터 최저한세가 적용되지 않는다고 봄이 상당하므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

구법은 제10조에서 중소기업의 연구 및 인력개발비 중 일정액은 세액공제를 허용하되, 각종 감면규정의 복합적인 적용으로 조세의 부담이 지나치게 낮아지는 것을 방지하기 위하여 과세표준에 대하여 일정수준까지의 조세부담만큼은 지우고자 하는 목적에서 최저한세를 초과하는 범위에서만 공제가 허용되도록 구법 제132조에서 최저한세의 발생에 관하여 규정하고 있고, 다만, 최저한세의 적용으로 연구비 세액공제를 받지 못하는 납세자를 구제하기 위하여 구법 제144조에서 최저한세의 적용으로 공제하지 못한 연구비 세액공제액이라 할지라도 7년이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 법인세에서 이를 공제할 수 있도록 규정하고 있는 점, 최저한세의 근거규정인 법 제132조와 부칙 제1조는 2004. 1. 1. 후로는 중소기업의 경우 연구비 세액공제액은 최저한세의 적용을 배제하도록 규정하고 있는 점, 법에서 최저한세의 부과에 관하여 연구비 세액공제액을 당해연도에 발생한 것과 이월된 것을 따로 구분하여 규정하고 있지 않은 점, 법 부칙 제42조는 최저한세 발생근거인 법 제132조에 대한 것이 아니라 이월공제의 허용여부 및 그 허용기간에 관한 규정인 법 제144조 제1항에 대한 것인 점 등에 비추어 보면, 이 사건 이월공제액도 최저한세가 적용되지 않는다고 판단된다.

따라서 원고의 주장은 이유 있다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용할 것인 바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

관 계 법 령

■ 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정된 것)

가. 제10조 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제

① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구 및 인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2002. 12. 11 개정)

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2002. 12. 11 개정)

나. 제132조 최저한세

① 내국법인(제72조 제1항의 규정을 적용받는 조합법인 등을 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법 제91조 제1항의 규정을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세ㆍ가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며, 대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호의 규정에 의한 준비금을 관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함한다)에 100분의 15(중소기업의 경우에는 100분의 10)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 제4조, 제8조의 2, 제9조, 제17조, 제28조, 제30조, 제55조, 제55조의 2 제1항, 제75조, 제104조의 3, 법률 제4806호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제11조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제22조 및 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금으로 산입하는 특별감가상각비 및 준비금 (2003. 12. 30. 개정)

3. 제5조, 제7조의 2, 제10조(중소기업이 아닌 자의 당해 과세연도 세액공제대상금액에서 대통령령이 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 차감한 금액에 한한다. 이하 이 조에서 같다), 제10조의 2, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의한 세액공제금액 (2003. 12. 30. 개정)

② 거주자의 사업소득(제122조의 규정을 적용받는 경우에는 당해 부동산임대소득을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)과 비거주자의 국내사업장에서 발생한 사업소득에 대한 소득세(가산세 및 대통령령이 정하는 추징세액을 제외하며 사업소득에 대한 대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 소득세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 사업소득(제1호의 규정에 의한 준비금을 관계규정에 의하여 익금에 산입한 금액을 포함한다)에 대한 산출세액에 100분의 40을 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다. (2002. 12. 11 개정)

1. 제4조, 제9조, 제28조, 제30조, 법률 제4806호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제11조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조, 법률 제4285호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제22조 및 법률 제3865호 조세감면규제법 중 개정법률 부칙 제14조의 규정에 의하여 각 과세기간의 소득금액계산에 있어서 손금으로 산입하는 특별감가상각비 및 준비금 (2003. 12. 30. 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 최저한세의 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

다. 144조세액공제액의 이월공제

① 제5조, 제7조의 2, 제10조 내지 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의 8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다. (2003. 12. 30. 개정)

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제7조의 2, 제10조 내지 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의 8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 금액과 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액이 중복되는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제금액간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제한다. (2003. 12. 30. 개정)

■ 조세특례제한법 령(2003. 12. 30. 법률 제18176호로 개정된 것)

제126조 최저한세

① 법 제132조 제1항 본문 및 동조 제2항 본문에서 "대통령령이 정하는 추징세액"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다. (1998. 12. 31 개정)

1. 법에 의하여 각종 준비금 등을 익금산입하는 경우와 감면세액을 추징하는 경우(소득세 또는 법인세에 가산하여 자진납부하거나 부과징수하는 경우를 포함한다)에 있어서의 이자상당가산액 (2002. 12. 30 개정)

2. 법 또는 법인세법에 의하여 소득세 또는 법인세의 감면세액을 추징하는 경우 당해 사업연도에 소득세 또는 법인세에 가산하여 자진납부하거나 부과 징수하는 세액 (1999. 5. 24 개정)

③ 법 제132조 제1항 제3호에서 "대통령령이 정하는 석사 및 박사의 인건비로 지출한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액"이라 함은 당해 과세연도의 세액공제대상금액에 당해 과세연도의 연구 및 인력개발비 중 석사 및 박사의 소득세법 제20조 제2항의 규정에 의한 총급여액이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2003. 12. 30. 신설)

⑤ 납세의무자가 신고(국세기본법에 의한 수정신고 및 경정 등의 청구를 포함한다)한 소득세액 또는 법인세액이 법 제132조의 규정에 의하여 계산한 세액에 미달하여 소득세 또는 법인세를 경정하는 경우에는 다음 각호의 순서(동일한 호안에서는 법 제132조 제1항 및 제2항 각호에 열거된 조문 순서에 의한다)에 따라 다음 각호의 감면을 배제하여 세액을 계산한다. (2003. 12. 30. 항번개정)

3. 법 제132조 제1항 제3호 및 동조 제2항 제3호의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 동일 조문에 의한 감면세액 중 이월된 공제세액이 있는 경우에는 나중에 발생한 것부터 적용배제한다. (1998. 12. 31 개정)

■ 조세특례제한법 부칙(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정된 것)

제1조 시행일

이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 일반적 적용례

① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

제33조 최저한세에 관한 적용례 제132조 제1항 제1호 및 제2항 제1호의 개정 규정은 이 법 시행후 과세표준신고(국세기본법 제45조의 3의 규정에 의한 기한후 신고를 제외한다)를 하는 분부터 적용한다.

※ 제132조 제1항 제1호 및 제2항 제2호는 이월공제액 발생할 수 없는 항목으로 제144조 이월공제의 규정을 적용받는 제132조 제1항 제3호를 규정한 것은 아님.

제42조 세액공제액의 이월공제에 관한 경과조치 이 법 시행당시 종전의 제 144조 제1항의 규정에 의한 공제대상세액은 동항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

심급 사건

참조조문