2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 미국법인인 원고는 주식회사 BBB전자(이하 'BBB전자'라고 한다)를 상대로 미국 OOO 동부지구 법원에서 특허권침해소송을 진행하던 중 2009. 9. 7. BBB전자와 사이 에 특허 교차라이센스 및 해결계약(이하 '이 사건 계약'이라 한다)을 체결하면서 위 소 송을 종결하였다.

나. 이 사건 계약의 주요 내용은 아래와 같다.

다. BBB전자는 이 사건 계약에 따라 2009. 10. 14. 원고에게 미화 000달러(원화 000원으로， 이하 '이 사건 소득'이라 한다)를 지급하기로 하면서 원고의 원천징수 법인세 000원 및 주민세 000원 합계 000원을 차감한 나머지 금액만 지급한 후 2009. 11. 10. 피고에게 위 원천징수 법인세 000원을 납부하였다.

라. 원고는 이 사건 소득이 BBB전자가 미국 내에서 원고의 특허를 침해한 제품을 판매함에 따라 발생한 소득이므로 원고의 국내원천소득에 해당하지 않는다고 주장하며 2010. 7. 13. 위 원천징수세액을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였으나，피고는 2010. 9. 8. 이를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 11. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으 나， 2011. 12. 19. 기각 되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1 내지 4호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

비록 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 일부 개정되기 전의 것，이하 '법인세법'이라 한다) 제93조 제9호가 '해당 특허권이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조 ㆍ 판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다'고 규정하고 있으나， 국제조세조정에 관한 법률 제28조는 외국법인의 국내원천소 득에 관해서는 법인세법 규정에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다고 규정하고 있고，'대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세와 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약'(이하 '한미조세협약'이라 한다) 제6조 제3항은 특허 등 이와 유사한 재산 또는 권리의 사용료는 체약국 내의 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다고 규정하고 있다.

이 사건 소득은 국내법인이 국내에 등록되어 있지 않은 미국법인의 미국특허를 마 국에서 침해함에 따라 특허권 사용료를 미국법인에게 지급한 것이지，국내법인이 국내 에서 위 마국특허를 사용하였기 때문에 지급한 것이 아니다. 따라서 이 사건 소득에 위 법인세법 규정이 적용될 여지는 없고 한미조세협약의 규정이 적용되어 미국 내에 원천을 둔 소득으로 취득되어야 할 것임에도， 이와 다른 전제에서 이 사건 소득을 미 국법인인 원고에 대한 법인세 과세표준으로 삼은 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 적용법령의 검토

대한민국의 법인세를 그 적용대상에 포함하는 한미조세협약 제6조 제3항，제14조 제4항에 의하면， 특허의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 지급되는 사용료는 어느 체약국 내의 특허의 사용 또는 사용권에 대하여 지급되는 경우에만 그 체약국 내에 원 천을 둔 소득으로 취급된다고 규정되어 있다. 그런데 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산 ㆍ 사용 ㆍ 양도 ㆍ 대여 ㆍ 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권라는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치는 것이 므로， 위 규정에 따라 미국법인의 특허권 사용료 소득을 대한민국 내에 원천을 둔 소 득으로 취급하기 위해서는 미국법인이 대한민국에 특허권을 등록하여 대한민국 내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득이어야 한다 (대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조). 한편 외국법인의 국내원천소득을 열거하고 있는 법인세법 제93조는 제9호 가목에서 '특허권을 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가'를 그 국내원천소득의 하나로 정하면서 '이 경우 해당 특허권이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조 ㆍ 판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것 으로 본다'고 규정하고 있다. 위 문언과 입법취지 등을 종합해 볼 때， '외국법인의 국내 원천소득'이란 외국법인이 대한민국에 특허권을 등록하여 대한민국 내에서 특허실시권 을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득은 물론이고 외국법인이 대한민국 외에서 등록한 특허권이 대한민국 내에서 사실상 사용된 경우에 그 사용의 대가로 지급받는 소득도 포함하는 것으로 해석된다. 이와 같이 미국법인의 특허권 사용료 소득을 국내원천소득으로 보는 범위에 관하여 한미조세협약 제6조와 법인세법 제93조는 그 규정의 내용과 해석을 달리하고 있는 바， 국제조세조정에 관한 법률 제28조에 의하면， 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약을 우선하여 적용하도록 되어 있으므로， 이 사건 소득의 원천에 관하여도 한미조세협약이 법인세법에 우선하여 적용되어야 한다.

(2) 이 사건으로 돌아와 살피건대， 위 법리와 앞서 본 이 사건 계약의 체결경위와 그 내용에 비추어 알 수 있는 다음의 사정들， 즉 ① 한마조세협약 제6조 제3항， 제14 조 제4항의 각 규정은 대한민국과 미국의 각 거주자 사이에 특허권 등에 대하여 지급 되는 사용료에 관하여 그 소득의 원천이 어느 국가인지 여부는 해당 특허권 등이 등록 되는 국가의 영역을 기준으로 판단하여 정한다는 취지인 것이지， 해당 특허권으로 보호되는 특허발명이 사실상 어느 국가의 지리적인 영역에서 실시되고 있는지를 직접적 인 기준으로 삼고 있지는 않은 점，② 따라서 미국법인이 국내에 특허권을 등록하고 그 특허에 관한 실시권의 사용대가로 지급받는 소득만이 미국법인의 국내원천소득으로 취급되고，미국법인이 국내에 등록하지 않고 미국에서만 등록하거나 등록을 위하여 출 원한 특허발명의 사용대가로 지급받는 소득은 국내원천소득이라고 볼 수 없는 점，③ 이 사건 계약은 원고가 BBB전자를 상대로 미국 OOO 동부지구 법원에 제기한 특허 침해소송을 합의에 의해 종결할 목적으로 체결된 것으로서， 여기서 원고와 BBB전자가 특허 교차-라이센스의 대상으로 삼고 있는 원고의 'OOOl 특허'란 모두 미국에서 등록을 받았거나 출원중인 특허발명에 관한 것이고， 이에 대응 하는 BBB의 특허도 역시 미국에서 등록받은 특허인 점，④ 결국 이 사건 계약에 따라 BBB전자가 원고에게 지급하기로 한 미화 000달러의 실질은 원고가 미국에서 보유하고 있는 특허권 등(원고가 BBB에게 사용을 허가한 권리는 미국등록특허뿐만 아니라 특허신청 단계에 있는 발명에 대한 권리도 포함하고 있다)의 사용료라고 할 것인 점 등의 사정을 종합하면， 미국 등록특허권 등의 사용대가인 이 사건 소득은 그 원천 이 해당 특허권의 등록이 이루어진 미국에 한정된다고 할 것이므로 국내원천소득으로 볼 수는 없다. 따라서 BBB전자가 신고 ㆍ 납부한 원천징수법인세는 원고에 환급되어야 할 것임에도， 그에 관한 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 었으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.