가. 원고는 2008. 2. 4. 소외 주식회사 동부하이텍(변경 전 상호 주식회사 동부한농, 이하 ‘동부하이텍’이라 한다)으로부터 분할되어 신설된 법인이다.

나. 동부하이텍은 농약, 비료, 합성수지, 합금철 등을 생산ㆍ판매하던 상장법인으로 2007. 5. 3. 반도체 및 관련기기 제조판매업을 영위하던 상장법인인 동부일렉트로닉스 주식회사(이하 ‘동부일렉트로닉스’라 한다)를 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)하였는데, 구 증권거래법 시행령(2007. 5. 16. 대통령령 제20055호로 개정되기 전의 것) 제84조의7 제1항 및 구 증권거래법 시행규칙(2008. 3. 3. 재정경제부령 제875호로 개정되기 전의 것) 제36조의12 제1항에 따라 평가기준일(합병을 위한 이사회결의 및 합병계약 체결일 전일인 2007. 2. 15.) 현재의 동부하이텍과 동부일렉트로닉스의 주가를 기준으로 합병비율을 산정하였다.

다. 이 사건 합병으로 동부하이텍이 동부일렉트로닉스로부터 승계한 순자산의 장부가액은 204,660,480,068원, 공정가액(동부일렉트로닉스 순자산 공정가액 328,584,913,1 47원에서 합병 당사 법인 사이의 내부거래 제거로 인한 순자산 감소분 29,396,439,147원을 차감한 금액)은 299,188,474,000원이었는데, 동부하이텍은 동부일렉트로닉스의 순자산을 공정가액으로 승계하면서 순자산 299,188,474,000원과 합병신주의 발행가 592,368,777,610원과의 차이 293,180,303,610원을 영업권으로 회계장부에 계상하였다. 라.

동부하이텍은 위 합병과정에서 회계처리한 영업권 293,180,303,610원은 구 법인세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제4항에 의한 영업권에는 해당하지 않는다고 보아 위 293,180,303,610원을 손금산입하여 2007 사업연도 법인세를...

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