가. OOO(이하 “쟁점OOO”라 한다)는 2006～2007년, 2015～2017년 기간 동안 청구법인에 소속되어 국내에서 근무한 OOO로서 청구법인은 2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 ｢조세특례제한법｣(이하 “조특법”이라 한다) 제18조의2 제2항(이하 “쟁점개정규정”이라 한다) 및 부칙 제59조(이하 “쟁점부칙규정”이라 한다)에 따라 쟁점OOO의 2015～2017년 귀속 근로소득에 대한 연말정산시 쟁점개정규정의 단일세율을 적용한 원천징수세액을 신고납부하였다.

나. 국세청은 국제세원 외국인 종합소득세 신고관리 분석대상으로 선정된 쟁점OOO에 대한 세원분석자료를 처분청에 시달하였고, 처분청은 쟁점개정규정에서 외국인 근로자에 대한 단일세율 적용은 최초로 국내에 근무하는 날로부터 5년간 적용받는 것으로 되어 있는데, 쟁점OOO는 2006년 중 최초로 국내에 근무하였으므로 이로부터 5년이 지난 2015～2017년 귀속 근로소득에 대해서는 단일세율 적용대상이 아닌 것으로 보아 2019.6.11. 청구법인에게 쟁점OOO의 2016․2017년 귀속 연말정산 근로소득(원천)세 OOO원(｢소득세법｣ 제55조 제1항의 일반세율을 적용하여 산출한 세액에서 기신고납부한 세액을 차감한 금액)을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점개정규정에 의하면 쟁점OOO에 귀속되는 근로소득은 2014.1.1. 이후 국내에서 최초로 근로를 제공한 2015년부터 5년 동안 쟁점개정규정에서 정하고 있는 단일세율을 적용받는 것으로 보아야 한다.

(가) OOO 과세특례 규정의 입법취지 및 개정 연혁

1) (2002.12.11. 법률 제6762호로 개정) OOO의 해외근무수당 OOO를 소득공제하는 과세특례 규정 신설하였는바, 당시 국내 OOO의 거주여건이 좋지 않은 상황에서 세부담이 상대적으로 크다는 점과 우수한 OOO를 유치하기 위한 목적이었다.

2) (2003.12.30. 법률 제7003호로 개정) ① OOO 총급여액의 OOO 비과세, ② OOO 단일세율 적용 중 납세자가 선택할 수 있도록 개정하였다.

3) (2010.12.27. 법률 제10406호로 개정) 총급여 일부 비과세 규정을 폐지하고, 단일세율 적용 방법만 유지하게 되었다.

4) (2014.1.1. 법률 제12173호로 개정) 쟁점개정규정에 과세특례(단일세율) 적용기간을 ‘국내에서 근로를 제공한 날로부터 5년’으로 제한, 다만, 쟁점부칙규정에 2014.1.1. 전에 국내에서 근무를 시작한 OOO에 대해서는 쟁점개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다는 내용의 경과규정을 두었다.

(나) 근로소득세 납세의무는 소득세 과세기간이 끝나는 때인 매년 12월 31일에 성립하게 되고, 쟁점개정규정은 2014.1.1.부터 시행되었으므로 2014.12.31.에 납세의무가 성립하는 2014년 귀속 근로소득분부터 적용되는 것으로 보아야 할 것인데,

쟁점OOO의 경우 2006․2007년 및 2015～2017년 기간 동안 국내에서 근로를 제공하였는바, 2006․2007년 근로소득에 대해서는 쟁점개정규정 이전 규정을 적용받아 과세특례 기간의 제한을 받지 않는 것이고, 2015～2017년 근로소득은 쟁점개정규정에 따라 2014.1.1. 이후 국내에서 최초로 근로를 제공한 날이 속하는 2015년 이후 5년 동안 단일세율을 적용받을 수 있다고 보아야 한다.

(2) 처분청의 이 건 쟁점개정규정의 해석은 소급과세금지원칙에 위반되어 부당하다.

(가) 새로운 입법으로 과거에 소급하여 과세하거나 이미 납세의무가 존재하는 경우에 소급하여 중과세하는 것은 헌법 제38조 및 제59조 규정에 위반되는 것(헌법재판소 2008.11.13. 선고 2006헌바112 결정)으로, 처분청 해석대로 2014.1.1. 이전에 국내 근무를 시작하였으나, 2014.1.1. 현재 국내에서 근무를 하고 있지 않은 OOO에 대하여 종전 특례규정의 적용을 배제한다면 사후적 입법에 의해 기존에 발생한 과세특례 대상 소득에 대한 세제혜택을 박탈하게 되어 소급과세금지원칙에 위배된다.

(나) 예를 들어, OOO A가 2007.1.1.～2013.12.31. 기간 동안 국내 B기업에 근로를 제공하고 얻은 근로소득에 종전 과세특례 규정의 단일세율을 적용하여 소득세를 부담한 경우 처분청 해석대로라면 2014.1.1. 현재 A는 국내에 근무하고 있지 않으므로 종전 과세특례 규정이 아닌 쟁점개정규정의 적용대상이 되는데, 이 경우 A가 국내에서 최초로 근무를 시작한 날인 2007.1.1.부터 5년 이내에 끝나는 과세기간인 2011.12.31.까지 지급받은 근로소득에 대해서만 단일세율을 적용받을 수 있게 되고, 원천징수의무자인 B는 이미 종료된 A의 2012․2013년 귀속 근로소득에 대해 일반세율과 단일세율의 차이에 따른 세액을 원천징수하여 납부할 의무를 부담하게 된다.

(3) 처분청의 이 건 쟁점개정규정의 해석은 조세평등주의에 위반되고, OOO에 대한 특례규정의 입법취지에도 부합하지 않는다.

(가) 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고, 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 않는다는 것으로, 조세감면의 우대조치의 경우에 있어서도 특정 납세자에 대해서만 감면조치를 하는 것이 현저하게 비합리적이고, 불공정한 조치하고 인정될 때에는 조세평등주의에 반하여 위헌이 되는 것(헌법재판소 2011.11.24. 선고 2010헌바122 결정)으로 이 건 처분청의 쟁점개정규정 해석에 의하면 아래 사례와 같이 동등한 담세능력을 가진 납세자를 차별적으로 취급하는 결과를 초래하게 된다.

(나) 예를 들어, 동일한 근로 능력을 갖추고, 동일한 임금을 지급받는 OOO A, B가 2011.1.2.～2014.1.1. 및 2011.1.1.～2013.12.31. 기간 동안 각각 국내에서 근무하였다가 2015.1.1.부터 국내에 재취업하여 근로를 제공하는 경우 처분청 논리대로라면 A는 쟁점부칙규정에 따라 2016.1.1.부터 얻은 근로소득에 대해서도 쟁점개정규정 이전의 과세특례 규정의 적용을 받을 수 있어 단일세율로 소득세를 부담하게 되는 반면, B는 일반세율로 소득세를 부담하게 되는 등 담세능력이 사실상 같은 A, B에 대해 2014.1.1. 단 하루의 근무여부에 따라 차별적으로 취급하게 되어 이는 조세평등주의에 위배된다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점개정규정의 OOO 과세특례 기간 제한의 기산일인 ‘국내에서 최초로 근로를 제공한 날’을 ‘2014.1.1. 이후 국내에서 최초로 근로를 제공한 날’로 해석하여야 하고, 이 경우 쟁점OOO는 2006․2007년 기간 동안 국내에서 근로를 제공한 사실이 있음에도 2014.1.1. 이후 최초로 국내에서 근로를 제공한 2015년부터 5년간 단일세율을 적용받을 수 있다고 주장하나,

쟁점개정규정은 “국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간(2014년 12월 31일까지만 해당한다)까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 「소득세법」제55조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 OOO을 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다.”고 되어 있는바, 5년 이내에 끝나는 과세기간에 대해 2014년 12월 31일까지만 해당한다고 정하고 있어 청구주장대로 2014.1.1. 이후 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년간 단일세율 적용할 수 있는 것으로 해석할 근거가 없고,

쟁점부칙규정은 “2014.1.1. 전에 국내에서 근무를 시작한 OOO에 대해서는 쟁점개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다”고 되어 있는바, 여기서 ‘2014.1.1. 전에 국내에서 근무를 시작한 OOO’는 2014.1.1. 전에 국내에서 근무를 시작하여 2014.1.1. 현재 국내에서 근무를 하고 있는 OOO를 의미하고, 쟁점개정규정의 과세특례 적용기간 5년은 OOO가 입국하여 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 기산하여 연속적으로 계산하는 것(기획재정부 소득세제과-224, 2016.5.25.)이므로 쟁점OOO는 2014.1.1. 이전인 2006․2007년 기간 동안 국내에서 근로를 제공하여 근로소득이 발생하였고, 2015년부터 재차 입국하여 근로소득이 발생하였으므로 쟁점OOO의 2016년∼2017년 귀속분 근로소득은 일반세율 적용대상이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점OOO가 쟁점부칙규정에 따라 종전의 규정을 적용받을 수 있는지 여부

② 쟁점OOO가 쟁점개정규정에 따라 2014.1.1. 이후 국내에서 근무를 시작한 날로부터 5년 동안 단일세율을 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련 법률

(1) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

제18조의2【OOO에 대한 과세특례】② 외국인인 임원 또는 사용인(일용근로자는 제외하며, 이하 "OOO"라 한다)이 국내에서 근무함으로써 2014년 12월 31일까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 ｢소득세법｣ 제55조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 OOO을 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다. 이 경우 ｢소득세법｣ 및 이 법에 따른 소득세와 관련된 비과세, 공제, 감면 및 세액공제에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

(2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 것)

제18조의2【OOO에 대한 과세특례】② 외국인인 임원 또는 사용인(일용근로자는 제외하며, 이하 "OOO"라 한다)이 국내에서 근무[대통령령으로 정하는 외국인투자기업을 제외한 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계기업"이라 한다)에게 근로를 제공하는 경우는 제외한다]함으로써 받는 근로소득으로서 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간(2014년 12월 31일까지만 해당한다)까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 ｢소득세법｣ 제55조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 OOO을 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다. 이 경우 ｢소득세법｣ 및 이 법에 따른 소득세와 관련된 비과세, 공제, 감면 및 세액공제에 관한 규정은 적용하지 아니한다.

부칙 ＜법률 제12173호, 2014.1.1.＞

제59조【OOO에 대한 과세특례에 관한 경과조치】2014년 1월 1일 전에 국내에서 근무를 시작한 OOO에 대해서는 제18조의2 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 다만, 특수관계기업에게 근로를 제공하는 경우는 그러하지 아니하다.

(3) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것)　

제18조의2【OOO에 대한 과세특례】② 외국인인 임원 또는 사용인(일용근로자는 제외하며, 이하 "OOO"라 한다)이 국내에서 근무[대통령령으로 정하는 외국인투자기업을 제외한 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계기업"이라 한다)에게 근로를 제공하는 경우는 제외한다]함으로써 받는 근로소득으로서 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간(2016년 12월 31일까지만 해당한다)까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 「소득세법」제55조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 OOO을 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 지역본부에 근무함으로써 받는 근로소득의 경우에는 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간까지 받는 근로소득에 대한 소득세에 대하여 「소득세법」제55조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 OOO을 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다.

부칙 ＜법률 제12853호, 2014.12.23.＞

제8조【OOO에 대한 과세특례에 관한 적용례】제18조의2제2항 본문의 개정규정은 법률 제12173호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제59조에 따라 종전의 ｢조세특례제한법｣ 제18조의2 제2항을 적용받는 OOO에 대해서도 적용한다.

(4) 조세특례제한법(2016.12.23. 법률 제14390호로 개정된 것)　

제18조의2【OOO에 대한 과세특례】② 외국인인 임원 또는 사용인(일용근로자는 제외하며, 이하 "OOO"라 한다)이 2018년 12월 31일 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 국내에서 근무[대통령령으로 정하는 외국인투자기업을 제외한 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 이 조에서 "특수관계기업"이라 한다)에게 근로를 제공하는 경우는 제외한다]함으로써 받는 근로소득으로서 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 「소득세법」제55조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 100분의 19를 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다. 다만, OOO가 대통령령으로 정하는 지역본부에 근무함으로써 받는 근로소득의 경우에는 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간까지 받는 근로소득에 대한 소득세에 대하여 「소득세법」제55조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 100분의 19를 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다.

부칙 ＜법률 제14390호, 2016.12.23.＞

제10조【OOO에 대한 과세특례에 관한 적용례 등】① 2014년 1월 1일 전에 국내에서 근무를 시작하여 법률 제12173호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제59조 및 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제8조를 적용받는 OOO의 경우에는 제18조의2 제2항 및 제4항의 개정규정에도 불구하고 2018년 12월 31일까지만 OOO에 대한 과세특례를 적용하며, 해당 근로소득에 100분의 19를 곱한 금액을 소득세액으로 한다.

② 제18조의2 제2항 및 제4항의 개정규정 중 적용기한에 관한 규정은 2014년 1월 1일 이후에 국내에서 근무를 시작한 경우부터 적용한다.

③ 제18조의2 제2항 및 제4항의 개정규정 중 세율에 관한 규정에도 불구하고 이 법 시행 전에 발생한 소득분에 대해서는 종전의 규정을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 2014년 기획재정부에서 발간한 ‘개정세법 해설’에 의하면 쟁점개정규정의 개정취지 등 주요내용은 다음과 같다.

(2) OOO에 대한 과세특례를 규정하고 있는 조특법 제18조의2 제2항에서 “외국인인 임원 또는 사용인이 국내에서 근무함으로써 2014년 12월 31일까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 「소득세법」제55조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 OOO을 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다.”라고 규정하고 있다가 2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되면서 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간(2014년 12월 31일까지만 해당한다)까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 「소득세법」제55조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 OOO을 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다.”라고 개정되었고, 쟁점부칙규정에 2014년 1월 1일 전에 국내에서 근무를 시작한 OOO에 대해서는 제18조의2 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다는 내용의 경과조치를 두었다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 법령을 제정․개정하거나 폐지함에 있어 경과조치를 두는 가장 중요한 취지는 국민이 종전에 정착된 행정법질서 내의 계속적인 법률관계나 제도가 장래에도 지속될 것이라는 합리적인 신뢰를 바탕으로 개인이 법적 지위형성을 다져왔을 때에는 그 장래에 있어서의 예측가능성, 법적안정성과 신뢰를 국가가 되도록 보호하기 위한 것(헌법재판소 1992.10.1. 선고 92헌마68․76 결정)인바,

(나) 쟁점부칙규정에 종전의 규정 적용대상을 “2014년 1월 1일 전에 국내에서 근무를 시작한 OOO”로 규정하였는데, 법문상 명확히 구분하여 규정하고 있지는 아니하나, 2014.1.1. 현재 국내에서 근무하고 있는 OOO로서 2014.1.1. 이전에 국내에서 근무를 시작하여 계속하여 근무해 오고 있는 자로 봄이 쟁점부칙규정 경과조치의 취지와 동 규정의 문언에도 충실한 해석으로 보이므로 쟁점OOO는 2014년 이전에 국내에서 근무를 시작하였으나 2014.1.1. 현재 국내에서 근무하고 있지 아니하므로 쟁점부칙규정에 따라 종전의 규정을 적용받을 수는 없는 것으로 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 쟁점개정규정의 “국내에서 최초로 근로를 제공한 날”의 의미를 최초 근무 시점에 관계 없이 OOO가 처음으로 국내에서 근로를 제공한 날로 보아야 한다는 의견이나,

(나) 쟁점개정규정의 시행일은 2014.1.1.이므로 쟁점개정규정 중 “국내에서 최초로 근로를 제공한 날”은 법문상 최초 근무일의 적용시기에 관하여 명확히 규정하고 있지는 아니하더라도 2014.1.1. 이후 국내에서 최초로 근로를 제공한 날로 보아야 할 것인 점, 쟁점개정규정의 개정취지는 전체적인 OOO의 과세특례 적용을 축소하면서 내국인 근로자와 OOO 간의 과세형평을 도모하기 위한 것이라는 점을 감안할 때 처분청 의견대로라면 같은 기간 국내에서 근무를 제공한 OOO로서 쟁점OOO와 같이 경력 단절이 발생된 경우 국내에서 최초 근무한 날이 쟁점개정규정 시행일에 가까울수록 단일세율 적용에 있어서 특례적용기간이 길어지게 되는 등 개정취지와는 달리 OOO 간의 과세형평에 부합하지 않게 되는 반면, 2014.1.1. 쟁점개정규정 시행 이전까지는 OOO에 대해 기간제한 없이 국내에서 발생된 근로소득에 대한 소득세에 대하여 단일세율을 적용받을 수 있었으므로 쟁점OOO와 같이 쟁점개정규정 시행 이전에 국내에서 근무하다가 경력 단절이 발생된 자들로서 쟁점부칙규정에 따라 종전의 규정을 적용받지 못하는 경우에는 2014.1.1. 이후 최초로 근로를 제공한 날로부터 5년 동안 단일세율 적용의 특례를 적용받을 수 있도록 하는 것이 OOO 간의 과세형평에 부합하게 되는 점 등에 비추어 쟁점OOO의 경우 2014.1.1. 이후 국내에서 근로를 제공한 날로부터 5년 동안 단일세율을 적용받을 수 있는 것으로 보임에도 처분청이 청구법인에게 쟁점근로자의 2016․2017년 귀속분 근로소득(원천)세를 과세한 당초 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.