2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1993. 5. 1.부터 서울 중랑구 OO동 000-00서 BB상회라는 상호로 고철, 비철 도매업을 운영하던 자1)로, 2008. 7. 1.부터 2008. 10. 8.까지 사이에 CC금속 의 대표자 변DD으로부터 공급가액 합계 1,987,897,000원의 세금계산서 39매(이하 '이 사건 제1세금계산서'라 한다)를, HH금속자원법인 대표자 신EE으로부터 공급가액 합 계 111,531,050원의 세금계산서 10매를, FFFF의 대표자 유GG으로부터 공급가액 합계 70,296,000원의 세금계산서 2매(이하 '이 사건 제2세금계산서'라 한다)를 각 수취 한 후, 2008년 제2기분 부가가치세 신고시 매입세액에서 이 사건 제1, 2 세금계산서 51매(이하 통틀어 '이 사건 각 세금계산서'라 한다)상의 매입세액 합계 216,972,400원 을 공제하여 신고하였다.

나. 중부지방국세청장은 2009. 2. 17.부터 2009. 5. 12.까지 CC금속의 대표자 변성 균에 대한 자료상 혐의자 조사 및 2009. 5. 12.부터 같은 달 25.까지 BB상회의 대표 자 원고에 대한 거래질서관련 조사를 실시한 결과, 변DD을 자료상으로 인정하고 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없이 수수된 허위의 세금계산서에 해당한다고 보아 이 를 피고에게 통보하였고, 이에 피고는 위 통보내용을 기초로 구 부가가치세법 제17조 제2항에 따라 이 사건 각 세금계산서상 매입세액 216,972,400원의 공제를 부인하고, 2010. 3. 2. 원고에게 2008년 제2기분 부가가치세 373,452,890원(가산세 포함)을 경정 ・ 고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2010. 6. 8. 이의신청을 거쳐 2010. 10. 6. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 2011. 1. 21. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 갑 2호증의 1 내지 51, 을 1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

원고는 2008. 7. 1.부터 2008. 10. 8.까지 사이에 CC금속, HH금속자원, II비철로부터 실제로 폐동을 매입하면서 이 사건 각 세금계산서의 공급대가(부가가치세 포함)에 상당하는 금액을 변DD, 신EE, 유GG 명의의 은행예금계좌로 송금하는 방법으로 모두 지급하였다. 따라서 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없이 수수된 가공의 세금계산서임을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

이 사건 각 세금계산서는 실물거래 없이 수수된 가공의 세금계산서에 해당하고, 설령 원고와 드럼금속 사이에 실물거래가 있었다고 하더라도, 변DD은 사실상 사업자 명의를 빌려주고 실물은 중간판매상이 판매하였다는 취지로 시인한 바 있으므로 이 사건 제1 세금계산서는 재화의 공급주체가 사실과 다른 세금계산서에 해당되고, 따라서 이 사건 처분 중 적어도 제1 세금계산서상의 매입세액 공제를 부인하여 한 부분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다

다. 인정사실

1) 원고는 CC금속, HH금속자원, II비철로부터 폐동을 매입하면서 이 사건 각 세금계산서상의 폐동대금과 거의 대부분 일치하는 금액을 원고의 은행계좌에서 변QQ, 신EE, 유GG 명의의 은행계좌로 이체하였다.

2) 피고는 2009. 5. 12.부터 같은 달 25.까쩌 원고에 대하여 부가가치세 조사를 실시하면서 원고의 매출 ・ 매입처별 세금계산서를 모두 조사한 결과, 원고가 CC금속, 소 리금속자원, II비철로부터 매입한 부분만을 가공거래로 확정하고 이 사건 처분을 하였다.

3) 원고가 수기로 작성한 일일장부에는 이 사건 각 세금계산서와 관련된 원고와 CC금속, HH금속자원, II비철 사이의 거래내역이 기재되어 있고, CC금속의 대표인 변DD이 작성한 장부에도 원고와 CC금속과의 거래내역이 대부분 동일하게 기재되어 있다.

4) 피고는 원고가 2008. 7. 1.부터 2008. 12. 31.까지 사이에 CC금속, HH금속자원, II비철로부터 실물거래 없이 공급가액 2,1169,724,000원의 이 사건 각 세금계산서 51매를 수취한 것으로 보아 원고를 조세범처벌법위반 혐의로 의정부지방검찰청에 고발하였으나, 의정부지방검찰청은 2010. 3. 25. 이j사건 각 세금계산서상의 거래내역과 RR금속, HH금속자원, II비철에의 송금내역에 일치하고 위 조세범처벌법위반 혐의를 인정할 만한 증거가 불충분하다는 이유로 혐의없음의 불기소처분을 하였다. 한편, 피고는 변DD에 대하여 2008. 7. 7.부터 2008. 12↓ 31.까지 사이에 BB상회(원고) 등 6개업체에 3,851,252,620원의 허위 매출세금계산서 69장, 2009. 1. 12.부터 2009. 2. 2.까지 유신금속 등 3개 엽체에 212,799,000원의 허위 매출세금계산서 8장을 발행하였다고 보아 조세범처벌법위반 혐의로 서울북부지방검발청에 고발하였으나, 서울북부지방검찰 청은 2010. 4. 16. 변DD에 대하여 참고인 오JJ의 소재불명을 이유로 참고인중지 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2호증의 1 내지 51, 갑 3, 4, 6, 7, 10, 11, 12호증, 갑 5호증의 1, 2, 갑 9호증의 1 내지 4, 을 2, 3, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라.판단

1) 어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인또 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 참조).

2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지를 통하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 을 2 내지 9호증의 각 기재만으로는 이 사건 각 세금계산서가 실물거래 없는 가공의 것이라거나 이 사건 제1 세금계산서의 공급주체가 변DD이 아닌 제3자라고 단정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 설령 피고의 주장대로 변DD이 단지 매출처와 매입처를 연결해 주고 수수료만 챙긴 이른바 '자료상'에 불과하더라도, 을 5내지 9호증의 각 기재만으로는 원고가 위와 같은 변DD의 실체를 알았다거나 과실로 이를 알지 못했다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 있고, 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

가) 변DD은 이 사건 제1 세금계산서의 기재와 같이 원고와 CC금속 사이에 실물 거래가 있었다는 취지의 거래사실확인서와 소명서를 작성하였고, 원고에 대한 수사와 관련하여서도 수사기관에서 같은 취지로 진술하였다.

나) 피고는, 원고에 대한 세무조사 당시 II비철의 실제 엽주인 이KK(유GG의 배우자)이 작성한 확인서의 기재내용을 근거로 II비철이 원고에게 교부한 세금계산서 2매가 실물거래 없이 작성된 가공의 것이라고 주장하나, 의정부지방검찰청에서 원고의 조세범처벌법위반 혐의에 대한 수사 당시 이KK은 피고가 요구하는 내용대로 확인서를 작성하여 주었을 뿐, 확인서의 기재내용이 사실과 다르다는 취지로 진술하였고, 의정부지방검찰청은 위와 같은 이KK의 진술을 근거로 위 확인서의 기재내용을 믿기 어렵다고 판단하여 위 세금계산서 2매에j 대한 조세범처벌법위반 혐의에 관하여 혐의없음 처분을 하였다.

다) 피고는, HH금속자원이 2006. 12. 5!. 사업자등록을 마친 후 얼마 지나지 아니한 2009. 1. 31. 폐업하였고 부가가치세 등을 납부하지 아니한 점 등을 들어 HH금속자원이 원고에게 교부한 세금계산서 10매가 실물거래 없이 작성된 가공의 것이라고 주장하나, 그와 같은 사정만으로는 위 각 세급계산서가 실물거래 없이 작성된 허위의 세금계산서라고 단정하기 어렵다.

라) 원고가 변DD의 계좌에 돈을 송금함 날짜와 금액이 이 사건 세금계산서의 기재와 대부분 일치한다. 이에 대하여 피고는 변DD이 원고로부터 송금받은 돈을 여러 계좌로 분산 이체한 후 전액 현금으로 출금하는 전형적인 자료상의 거래형태를 취하고 있는 것이라고 주장하나, 변DD이 위와 같이 송금받아 출금한 돈을 원고에게 다시 송금하였다고 볼 만한 자료는 없다.

마) 원고가 수기로 작성한 일일장부는 매일의 거래가 연속적으로 기재되어 있고 실제 거래가 없었더라면 기재하였다고 보기 어려운 내용이 구체적으로 기재되어 있는데다가, 원고의 송금내역 및 변DD이 작성한 참부의 내용과도 대부분 일치하고 있어, 사후 조작의 가능성이 있다는 이유만으로 위 일일장부의 증거력을 배척할 수는 없다

바) 피고는, 원고가 드럼금속, HH금속자원, II비철과의 거래에 있어서 매입 폐동에 관한 계근표를 작성하여 보관하지 아니한 사정을 가공거래의 유력한 근거로 본 다. 그러나 원고는 종전부터 이 사건 처분이 훈제될 때까지 관행적으로 위 각 업체와 의 거래뿐만 아니라 다른 업체들과의 거래에 았어서도 계근표를 작성하여 보관해 오지 않았는데, 피고가 원고와 다른 업체들과의 거래는 실질거래로 인정하였다는 점에서 위 와 같은 사정이 가공거래의 결정적 근거가 된다고 보기 어렵다.

사) 통상 폐동의 거래는 중간도매상들이 각지에서 폐동 등을 직접 수집하여 이를 자기의 사업장에 상 ・ 하차하지 않고, 운송비의 절감과 거래 편의상 중간 도매상들 이 해당 납품처에 직접 폐동을 싣고 가서 그 납품처에서 계근과 대금 수령 및 세금계산서의 교부 등을 동시에 하는 것이 보통인데, 원고의 변DD과의 폐동 거래도 이와 같은 형태로 이루어졌다. 이러한 거래관행 하에서는 중간도매상의 사업장 현황이나 창고 실상이 그다지 중요하지 않은데도, 원고는 王림금속의 변DD과 사업을 개시할 당시 구매 및 판매 담당직원인 최TT을 CC금속의 사업자등록증에 기재된 주소인 양주시 백석읍 소재 사업장을 방문하도록 하여 그를 통해 현장을 확인한 후 거래를 개시기까지 하였다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.