2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1995. 7. 21. 00시 00구 00동 00 주공아파트 00동 00호(이하 '종전 주택'이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 종전 주택에 대한 재개발 사업으로 인하여 2004. 9. 30. 같은 동 00 00아파트 제00동 제00호(이하 '신축 주택'이라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2008. 2. 4. 신축 주택을 양도한 후, 그 무렵 피고에게 구 조세특례제한법(2008. 9. 26. 법률 제9131호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항에 따라 종전 주택취득일로부터 신축 주택 매도일까지의 양도소득 전액을 세액감면대상으로 신고하였다.

다. 그런데 피고는 종전 주택 취득일부터 신축 주택 취득일 전일까지의 양도소득은 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항에 따른 세액감면대상에 해당하지 않는다고 보아2013. 6. 1. 원고에게 2008년 귀속 양도소득세 xxx원을 경정・고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2013. 9. 2. 피고에 대한 이의신청을 거쳐 2013. 12. 20. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 3. 18. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 본안전항변에 대한 판단

피고는 이 사건 소가 제소기간을 준수하지 못한 부적법한 소라고 항변한다.

살피건대, 국세기본법 제56조 제2항, 제3항에 따르면 국세기본법 또는 세법에 따른 위법한 처분에 대한 행정소송은 원칙적으로 국세기본법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없고, 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

조세심판원장에 대한 사실조회 결과 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 조세심판원은 2014. 3. 19. 원고의 주소지에 심판결정통지서를 등기우편으로 발송한 사실을 인정할 수 있다.

그런데 우편물이 등기취급의 방법으로 발송된 경우 그것이 도중에 유실되었거나 반송되었다는 등의 특별한 사정에 대한 반증이 없는 한 그 무렵 수취인에게 배달되었다고 추정할 수 있으므로(대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두60577 판결 참조), 조세심판원의 심판결정통지서 역시 2014. 3. 19. 무렵 원고의 주소지에 도달하였다고 추정할 수 있고(원고는 이 사건 변론 종결 후 제출한 2017. 4. 4.자 참고자료 제출을 통하여 조세심판원이 보냈다는 심판결정통지서의 등기번호가 우정사업본부 전산에서 조회되지 아니하므로, 조세심판원이 원고 주소지에 심판결정통지서를 발송한 적이 없다고 주장하나, 같은 자료에 기재된 대로 우정사업본부 전산은 1년 미만의 우편물만 조회 가능하여 원고가 조회한 것으로 보이는 2017. 3. 31. 현재 등기번호가 조회되지 않았던 것으로 보이므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다), 이 사건 소는 그로부터 90일이 지난 2016. 10. 13. 제기된 사실이 이 법원에 현저하므로, 결국 이 사건 소는 제소기간을 도과하여 제기된 소이다.

따라서 피고의 위 항변은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 소는 부적법하므로 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.