가. 인정사실 1) 원고는 2008. 5. 1. 피고 산하 동청주세무서장으로부터 아래 [표] 기재와 같이 합계 387,429,960원의 과세처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다

)을 받고, 아래 [표] 기재와 같이 합계 408,262,460원(= 위 과세합계액 387,429,960원 가산금 20,832,500원)을 납부하였다. 순번 과세기간 세목 과세액(원) 납부일 납부액(원) 1 2005년 제2기분 부가가치세 4,118,540 2009. 7. 24. 4,439,770 2 2006년 제1기분 부가가치세 27,855,650 2009. 4. 24. 29,025,570 3 2006년 제2기분 부가가치세 171,279,750 2008. 6. 10. 4,806,690 2009. 7. 24. 178,533,910 4 2007년 제1기분 부가가치세 10,830,630 2008. 6. 10. 10,830,630 5 2006년 법인세 173,345,390 2009. 4. 24. 180,625,890 합 계 387,429,960 408,262,460 2) 그 후 원고는 2009. 6. 30. 동청주세무서장을 상대로 이 사건 처분의 취소를 구하는 청주지방법원 2009구합1353호 부가가치세등부과처분취소 청구소송을 제기하여 2010. 6. 3. 청구기각 판결을 선고받았으나, 2011. 4. 13. 항소심에서 제1심과 달리 청구인용 판결을 선고받았고[대전고등법원(청주) 2010누468호], 2014. 5. 16. 대법원에서 상고기각 판결을 선고받음으로써(2011두9935호), 결국 원고 승소로 확정되었다.

3) 위와 같이 이 사건 처분의 취소가 확정됨에 따라 피고는 2014. 6. 11. 처분 취소에 따른 환급금 451,615,020원(= 위 납부액 408,262,460원 환급가산금 43,352,560원) 중 아래 ‘피고 주장의 요지’에서 보는 바와 같이 체납 세금이 있음을 이유로 187,184,250원을 체납 세금에 충당한 나머지 264,430,770원만을 원고에게 환급하기로 결정통보한 후 위 금원을 지급하였다. [인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 판단 위...