처분청은 청구인이 1999.8.31. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 1ㅇㅇ번지 공장용지 6,365.3㎡(이하 “이 사건 공장용지”라 한다)를 취득한데 대하여 산업단지안에서 공장용 건축물을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하였으므로 그 취득가액(884,602,500원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 21,230,460원, 등록세 31,845,690원, 지방교육세 5,838,370원, 합계 58,914,520원(가산세 포함)을 2003.8.6. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 기존 공장을 확장하기 위하여 이 사건 공장용지를 취득하였으나 지반침하 가능성 등으로 ㅇㅇ산업단지의 준공인가가 늦어져 1998.3월경 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 공장용지 745.5㎡(이하 “대체용지”라 한다)를 취득한 후 1999.4월경 새로운 공장을 설립하여 운영하였고, 그 후 1999.8월경 ㅇㅇ산업단지에 대한 준공인가가 이루어졌으나 이미 대체용지를 취득하고 공장을 신축하였으므로 사실상 이 사건 공장용지에 추가적인 공장증설이 불가능하여 원·부자재의 야적이나 제품 등의 보관장소로 이용하였는 바, 대체용지의 취득 및 공장증설로 실질적으로는 이 사건 공장용지에 대한 추가적인 공장신축이 어려움에도 불구하고 유예기간 내에 공장용에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였으나 지반침하 가능성에 대한 분석검토 및 해외투자의 애로 등으로 인하여 그 기간을 2개월 정도 넘긴 경우이므로 정당한 사유에 해당된다 하겠고, 기존 공장의 생산제품이나 원·부재료의 보관장소로 사용한 이 사건 공장용지는 용도변경신고를 하지 않은 것일 뿐 공장용에 직접 사용한 것으로 보아야 할 것이므로, 3년 내에 정당한 사유없이 공장용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 산업단지안에서 공장용지를 취득한 후 3년 내에 공장용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 공장용 건축물 연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 “공장용 건축물등”이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관 산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1994.7.20. ㅇㅇ공사와 ㅇㅇ산업단지 입주계약을 체결한 후 1996.4.4. 잔금을 납부하였고, 1999.8.31. ㅇㅇ산업단지의 부지조성공사가 완공됨으로써 이 사건 공장용지를 취득하였으며, 2002.8.12. 청구 외 건축사사무소 ㅇㅇ와 공장건축물 도급계약을 체결하고 2002.8.29. 처분청으로부터 건축허가를 받은 후 2002.11.1. 착공신고서를 제출한 다음 2002.11.10. 착공하여 2003.3.18. 공장용 건축물을 완공한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 공장용지를 취득하였으나 지반침하로 인하여 3년 내에 공장용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 면제한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 지방세법 제276조제1항에서 산업단지안에서 공장용 건축물 등을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하되, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있고, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 취득 토지를 목적사업에 사용하지 못한 사유가 법령에 의한 금지·제한 등 해당 토지의 사용여부를 그 법인이 마음대로 결정할 수 없는 외부적인 사유는 물론 내부적으로 토지를 목적사업에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 부득이 유예기간을 넘긴 경우를 뜻하는 것으로서, 청구인의 경우 기존 공장을 확장하기 위하여 이 사건 공장용지를 취득하였으므로 지반침하 등 일련의 장애가 있었다 하더라도 유예기간 내에 공장용에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다 하였어야 하나, 대체용지 취득 및 공장신축에 따른 자금사정을 이유로 이 사건 공장용지를 공장용에 사용하기 위한 아무런 조치도 취하지 아니한 채 기존 공장의 생산제품이나 원·부재료의 보관장소로 사용하다가 유예기간(2002.8.31) 만료시점인 2002.8.29.에야 건축허가를 받은 사실과 해외투자의 불확실성을 이유로 유예기간을 2개월이나 경과한 2002.11.10. 신축공사에 착공한 사실 등으로 미루어 볼 때 청구인이 이 사건 공장용지를 공장용에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 정당한 사유가 있다고 보기는어렵다 하겠고, 이 사건공장용지를 기존 공장의 생산제품이나 원·부재료의 보관장소로 사용한 것 또한 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였다고 볼 수도 없다 하겠으므로 처분청이 면제한 취득세 등을 추징한 것은 잘못이 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 5. 31.

행 정 자 치 부 장 관