제2기(수시)분 부가가치세 38,546,690원의 처분은 공급가액을

219,301,820원으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

청구법인은 서울특별시 구로구 OO동 OOOOO 에 본점을 두고 전기용품 및 전기공사업을 영위하는 법인으로서, 청구법인의 소유인 경기도 김포군 검단면 OO리 OOOOOO OO 토지 5,468평방미터 및 건물과 부대시설을 89.12.22 인천지방법원의 경락 허가결정으로 청구외 OOO(주소:서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO)에게 670,300,000원에 양도한 사실에 대하여,

처분청은 89.12.26 부가가치세법 제23조 및 같은법시행령 제70조의 2의 규정에 의하여 89년도 제2기(수시)분 부가가치세 38,546,690원을 부과하였고, 법인세법 제36조 및 같은법시행령 제97조의 규정에 의하여 89.1.1～89.9.30 수시부과기간의 법인세 264,969,000원(특별부가세분 법인세 118,626,060원 포함) 및 동방위세 66,310,900원을 부과하였는 바, 청구법인은 이에 불복하여 90.2.20 심사청구를 거쳐 90.5.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인의 주장

가. 처분청은 청구법인이 인천지방법원의 경락허가결정으로 89.12.22 670,300,000원에 양도한 경기도 김포군 검단면 OO리 OOOOOO OO의 공장용지 및 건물등(건물 기계장치, 전기시설을 말한다)에 대하여 부가가치세를 과세함에 있어, 경락가액 670,300,000원을 토지가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아, 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분한 건물등의 가액을 공급가액으로 하여 부가가치세 38,546,690원을 부과하였으나, 인천지방법원의 경락허가결정서에 토지와 위지상건물등을 구분하여 경락가액을 분명하게 기재하고 있으므로 그 구분에 따른 건물등의 가액을 공급가액으로 하여야 한다는 주장이다.

나. 처분청이 토지·건물등의 양도에 대하여 특별부가세분 법인세를 과세함에 있어 양도가액은 경락가액으로 하고, 취득가액은 장부가액인 157,249,040원(취득세·등록세등 부대비용 포함)으로 하여 양도차익을 결정하고, 89.1.1-89.9.30 수시부과기간의 법인세를 과세함에 있어 법인세법시행령 제93조의 2와 97조의 규정을 적용하여 추계조사결정방법으로 소득금액을 결정하였으나, 양도한 토지 및 건물등의 실질적인 취득가액은 575,959,040원이므로 처분청이 취득가액을 157,249,040원으로 본 것은 부당하고, 또한 수시부과기간의 법인세는 청구법인이 비치한 장부와 기타증빙서류에 의하여 실지조사결정하여야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

먼저 이 건 건물등의 양도에 대하여 부가가치세를 과세한 것을 보면, 관련규정인 부가가치세법 시행령 제48조의2 (과세표준의 안분계산) 제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”라고 규정하고 있는 바, 이 건에 있어서 청구법인은 건물분의 부가가치세는 지방세법상의 과세시가표준액으로 결정하여야 한다고 주장하고 있으나 전시한 법조문에 의할 때 건물분의 양도가액은 경락가액

에 대해 처분청이 부가가치세를 과세하였음은 정당하다고 판단된다.

다음으로 89.1.1-89.9.30까지의 소득을 추계결정함은 부당하다는 청구주장에 대하여는 관련규정인 법인세법 제32조(경정과 결정) 제3항 단서에서 “정부는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다”라고 규정하고 있고 같은법 시행령 제93조(추계결정 및 경정) 제1항 제1호에는 “① 법 제32조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때”라고 규정하고 있는 바, 이 건에 있어서 청구법인은 89.8 부도발생후 행방불명으로 필요한 장부와 증빙서류를 제시한 바 없으므로 청구주장은 신빙성이 없다고 보여지고 처분청이 전시한 법조문에 의하여 추계결정하였음은 정당하다는 의견이다.

4. 쟁점

가. 토지와 건물을 법원의 경락에 의하여 양도하는 경우, 건물의 양도에 대하여 부가가치세를 과세함에 있어, 경락허가서에 양도한 물건의 총금액뿐만 아니라 물건별로 세부목록을 작성하여 경락금액을 기재한 경우, 그 물건별 세부목록의 금액을 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항에 규정한 실지거래가액으로 볼 수 있는지 여부와

나. 청구법인이 양도한 공장용지 및 건물등의 실지취득가액이 575,959,040원인지 여부 및 수시부과기간(89.1.1-89.9.30)의 소득금액을 청구법인이 비치한 장부와 증빙에 의하여 실지조사결정방법으로 결정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

우선 처분청이 이 건 부가가치세를 과세함에 있어 공급가액을 합리적으로 결정하였는지를 보면, 처분청은 토지와 건물등의 총경락가액 670,300,000원을 기준으로 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명 한 것으로 보아, 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액중 건물등의 가액 385,466,945원을 공급가액으로 보아 부가가치세 38,546,690원을 부과하였다.

한편 청구법인이 거증으로 제출한 인천지방법원이 89.12.22 경락허가 결정하고 90.3.27 등본한 경락허가서를 보면, 경락가액 670,300,000원의 내용을 토지부분과 위지상건물등으로 구분하고 위 지상건물등은 다시 공장, 창고 기계장치, 전기시설등으로 구분하여 각각의 경락가액을 구체적으로 기재하고 있음을 알수 있다.

그리고 이 건과 관련된 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항 본문에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다”라고 규정하고, 같은조 같은항 후단에서 “실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정하고 있다.

살피건대, 토지와 건물을 함께 공급하는 경우, 토지가액과 건물등 가액의 안분계산은 사업자가 토지를 공급하는 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 반면에, 건물등을 공급하는 경우에는 부가가치세가 과세되기 때문에 제기되는 문제인 것이고, 인천지방법원의 경락허가서를 보면, 그 목록에 양도한 물건별로 경락가액이 기재되어 있으나 그 물건별로 경락된 것이 아니라 총금액으로 한사람에게 경락되었으므로 그 기재된 가액을 양도한 물건별 실지거래가액으로 보기는 어렵다 하겠다.

그러나 청구법인이 양도한 토지 및 건물등에는 지방세법에서 과세시가표준액으로 정하지도 아니한 기계장치와 전기시설등을 포함하고 있어서, 처분청과 같이 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항 후단의 규정을 적용하여 토지, 건물만의 과세시가표준액으로 안분계산하여 토지가액과 건물등의 가액을 구분계산하는 것보다는, 그 경락허가서에 기재된 물건별 가액은 그 물건의 시가라고도 볼 수 있으므로 그 가액을 기준으로 구분계산하는 것이 더 합리적이라고 보여지므로 이부분 처분청의 당초처분은 부당하고 청구법인의 주장은 이유있다고 보여진다.

다음으로 청구법인이 취득한 토지와 건물등의 실지취득가액(취득세·등록세등 부대비용포함)이 575,959,040원인지 여부와 수시부과기간(89.1.1-89.9.30)의 소득금액을 실지조사결정방법으로 결정할 수 있는지를 본다.

청구법인은 양도한 토지와 공장등을 560,000,000원에 취득하였다고 주장하면서 그 거증으로 청구외 OOOO공업주식회사 (대표이사 OOO)와 청구법인이 88.12.10 약정한 부동산매매계약서를 제시하고 있으나, 부동산등기법 제40조 제2항의 규정에 따라 김포군수가 88.12.15 검인한 부동산매매계약서(처분청이 당심에 제출한 것임)를 보면 매매대금이 151,640,000원으로 기재되어 있고 청구법인도 비치한 장부에 취득가액을 157,249,040원으로 기재하고 있는 바, 처분청이 당심에 제출한 매매계약서가 진실을 기재한 부동산매매계약서로 보여지므로 청구법인이 주장하는 매매가액 560,000,000원은 받아들일 수 없고, 또한 청구법인은 수시부과기간의 소득금액을 실지조사결정방법으로 결정하여야 한다고 주장하고 있으나, 처분청의 조사에 의하면 이 건 처분당시 청구법인의 부도발생으로 비치하고 있는 장부 및 증빙서류의 확인이 불가능한 상태에 있었던 것으로 보여지고, 이 건 심사청구에서 거증으로 제출하고 있는 각종 재무제표는 89.1.1-89.12.31 사업년도의 재무제표일 뿐만 아니라 그 장부 및 증빙도 신빙성있는 것으로 보여지지 아니하므로 처분청 추계조사결정방법으로 소득금액을 결정한 것은 정당하다고 판단된다. 따라서 이부분 청구법인의 주장은 이유없다고 보여진다.

6. 결론

이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.