가. 원고는 2000. 1. 13.경 설립되어 폐기물수집 및 처리업을 영위해온 법인이다.

나. 피고 중부지방국세청장은 원고에 대한 법인세 통합조사 및 원고의 대표이사인 B에 대한 개인자금 출처조사를 실시하여 별지 쟁점 손금 내역 기재와 같이 원고가 2005 사업연도부터 2009 사업연도까지 손금으로 산입한 3,062,079,060원을 가공경비로 보아 손금불산입하고 B에게 상여처분을 하였다.

다. 또한 피고 중부지방국세청장은 B이 2008. 7. 25. 원고의 예금계좌에서 10억 원을 인출하여 개인 채무를 상환한 사실을 확인하고, 이를 업무무관 가지급금으로 보아 인정이자 97,729,840원을 익금산입 및 대표자 상여처분하고, 이에 상응하는 지급이자 45,586,300원을 손금불산입하였다. 라.

피고 화성세무서장은 피고 중부지방국세청장으로부터 위와 같은 조사결과를 통보받고 이를 토대로 원고에 대하여 2013. 1. 2. 2007 사업연도 법인세 274,785,600원, 2008 사업연도 법인세 480,096,080원, 2009 사업연도 법인세 252,697,140원을, 2013. 2. 14. 2005 사업연도 법인세 169,413,240원, 2006 사업연도 법인세 227,167,470원을 각각 경정고지(이하 ‘이 사건 법인세 경정 처분’이라 한다)하였다.

마. 한편 피고 중부지방국세청장은 원고에게 위와 같이 대표자 상여처분된 금액을 B의 소득금액에 포함시키는 내용으로 2013. 1. 7. 2007년 귀속 577,445,560원, 2008년 귀속 1,082,291,040원, 2009년 귀속 651,792,260원의, 2013. 2. 15. 2005년 귀속 350,010,000원, 2006년 귀속 498,070,030원의 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지 처분’이라 하고 위 법인세 경정 처분과 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)를 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 심사청구를 하였는데, 국세청장은 2013. 12. 24.경...