가. 비영리 의료법인인 원고는 2015. 4. 7. 현대엠에스오주식회사(이하 ‘현대엠에스오’라 한다)로부터 충북 진천군 진천읍 읍내리 240-1 외 26필지 합계 5,930㎡ 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 등을 출연받아, 2015. 6. 5. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마친 후 지방세특례제한법 제38조 제1항에 따라 ‘의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다는 이유로 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세를 경감받았다.

나. 한편 원고는 운영자금 확보 등을 위하여 2015. 6. 9. 주식회사 신한은행(이하 ‘신한은행’이라 한다)과 사이에 신탁기간 2015. 6. 17.부터 2020. 6. 17.까지, 1순위 (공동)우선수익자 신한은행, 신한캐피탈 주식회사로 하는 부동산담보신탁계약을 체결하고, 2015. 6. 17. 충청북도지사로부터 기본재산처분(담보제공)허가를 받은 후, 2015. 6. 18. 이 사건 부동산에 관하여 수탁자인 신한은행 명의로 2015. 6. 9. 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다

(이하 위 신탁계약에 따른 이 사건 부동산의 소유권이전을 ‘이 사건 담보신탁’이라 한다). 다.

피고는 이 사건 부동산에 관하여 신탁등기가 이루어져 원고가 그 소유권을 상실하였으므로 위 부동산을 의료업에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 2016. 2. 11. 원고에게 취득세 455,181,850원, 지방교육세 32,831,470원, 농어촌특별세 21,887,640원(각 가산세 포함)을 부과하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

원고는 2015. 6. 5. 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 경료한 이래 현재까지 위 부동산에서 의료시설인 종합병원을 운영하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(각 가지번호 포함)의 각...

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