가. 부산지방국세청은 유류판매업체인 주식회사 B과 주식회사 C(이하 두 회사를 합하여 ‘B 등’이라 한다)에 대하여 2011. 11. 4.부터 2012. 2. 12.까지 유통과정 추적조사를 실시하여, B 등의 해상유 무자료 매입혐의를 확인하고 실사주 D와 함께 B 등을 부산지방검찰청에 고발하였다.

나. 부산지방검찰청은 B 등을 압수수색하여 B 등에게 해상유를 무자료로 공급한 30여명을 적발하고, 그 중 원고를 포함하여 무자료 거래 금액이 소액인 21명에 대하여 부산지방국세청에 과세자료를 통보하였다.

다. 부산지방국세청은 원고의 관할세무서인 피고에게 원고가 2010. 3. 8.부터 2012. 2. 29.까지 B 등에 26회에 걸쳐 공급가액 394,840,000원 상당의 해상유를 무자료로 공급한 내역의 과세자료를 이관하였다. 라.

이에 따라 피고는 원고에 대하여 2013. 5. 6.부터 2013. 5. 15.까지 세무조사를 실시하여 해상유를 무자료로 공급한 자가 원고가 B 등에 소개한 E임을 확인하여 과세자료를 부산진세무서장에게 이첩하였고, 부산진세무서장은 2013. 8. 5.부터 2013. 8. 16.까지 E에 대하여 세무조사를 하였으나, 조사결과 E의 자백이 거짓임을 확인하고, 원고가 실제 해상유를 무자료로 B 등에 공급한 것으로 피고에게 과세자료를 재통보하였다.

마. 피고는 원고에 대하여 2014. 1. 20.부터 2014. 2. 7.까지 세무조사를 실시하여 원고가 D에게 2010년 1기부터 2012년 1기까지 공급가액 394,840,000원 상당의 해상유를 무자료로 공급하고 부가가치세 등에 대한 신고납부의무를 게을리 한 것으로 확인하고, 2014. 4. 1. 원고에 대하여 2010년 제1기 부가가치세 3,085,100원, 2011년 제1기 부가가치세 5,404,810원, 2011년 제2기 부가가치세 43,494,720원, 2012년 제1기 부가가치세 7,048,140원의 합계 59,032,770원...