가. 청구인은 2016.4.15. OOO에서 신축중인 건물(토지 제외, 이하 “쟁점건물”이라 한다)에 대하여 OOO과 양수도계약을 체결한 후 공사를 추가로 진행하였고, 2016.3.31. 공급가액 OOO원의 매입세금계산서 2매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 시공업체인 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 교부받아 2016년 제1기 부가가치세 OOO원(쟁점세금계산서 관련 환급신청액 OOO원)의 환급을 신청하였다.

나. 처분청은 부가가치세 환급 현지확인을 실시한 결과, 쟁점건물에 대하여 2016.1.20.부터 2016.4.5.까지의 공사대금 OOO을 OOO이 지급하였으므로 쟁점세금계산서의 공급가액 합계 OOO원 중 OOO은 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2016.9.22. 청구인에게 2016년 제1기 부가가치세 OOO원만을 환급결정하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.12.13. 이의신청을 거쳐 2017.4.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 2016.3.31.자 공급가액 OOO원의 매입세금계산서 매입세액 공제 여부

(가) OOO은 2015.11.29. OOO를 OOO원에 취득하는 매매계약을 체결한 후 계약금 OOO원, 2015.12.9. 중도금 OOO원, 2015.12.29. 잔금 OOO원을 지불하여 소유권이전등기를 하였고, 잔금은 OOO에서 대출받아 지불하였다.

이후, OOO은 2016.1.13. OOO으로부터 건축허가를 득하여 2016.1.20. 청구외법인과 지상 5층, 연면적 1,547.813㎡, 공사금액 OOO원(부가가치세 포함), 공사기간 2016.1.22.에서 2016.5.30.까지인 단기도급계약을 체결하고, OOO원을 지급하였고, 2016.4.15. 청구인과 쟁점건물에 대한 양수도계약을 체결하였다.

청구인은 OOO원을 청구외법인에 지급하였고, 양수도대금은 OOO의 지출금액 OOO원으로 하여 건물준공 후 30일 이내에 OOO에게 지급하기로 약정하였다.

OOO이 청구인에게 쟁점건물을 매각한 것은 공사진척이 되지 않을 뿐 아니라 청구외법인이 수시로 대금지불을 요구하여 감당하기 어려웠고, 공직생활을 하고 있어 관계기관에 질의를 하니 부동산매매업을 영위할 수 없다고 회신받았으며, 건물 준공 후 매각하거나 임대할 수 있다는 보장도 없었기 때문이다.

청구인은 2016년 3월말 토지와 쟁점건물을 일괄 매입하기를 원했으나, OOO은 토지를 시가 이상으로 구입하여 일괄 매도를 거절하였고, 쟁점건물에 대한 사업권만이라도 양도받기 위하여 2016.4.15. 쟁점건물에 대한 양수도계약을 체결한 후 OOO의 투입원가는 건물준공 후 30일 이내에 지급하기로 약정하였다.

(나) 「부가가치세법」 제4조에서 부가가치세 과세대상을 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급으로 규정하고 있고, 같은 법 제3조에서는 납세의무자를 사업자로 규정하고 있으며, 같은 법 제2조에서는 사업자를 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계 없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자로 규정하고 있다.

또한, 같은 법 시행령 제6조에서 사업개시일을 제조업 및 광업을 제외한 업종은 재화 또는 용역의 공급을 개시한 날로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제2조 제2항에서 부동산매매업은 부동산 매매 또는 중개를 사업목적으로 나타내어 부동산을 판매하거나 사업상의 목적으로 1과세기간 중 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하는 경우로 규정하고 있으며, 대법원의 판례에서는 부가가치세 과세대상인지 여부는 부동산의 매매가 수익을 목적으로 하고, 부동산의 취득 및 보유현황, 양도의 규모, 횟수, 상대방 등에 비추어 그 양도가 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지를 고려하여 판단하고, 그 판단을 할 때에는 단지 당해 양도 부동산에 대한 것뿐만 아니라 양도인의 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 이루어진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 한다고 판시하였는바(대법원2013.2.28. 선고 2010두2912 판결, 같은 뜻임), OOO은 「부가가치세법」과 대법원 판례에 따르면 사업자가 아니어서 사업자등록을 하지 않았다.

(다) OOO은 2016.1.20. 청구외법인과 단기도급계약(공기기간 2016.1.22.～2016.5.30.)을 체결하고, 역무제공이 완료되지 않은 상태에서 청구인과 2016.4.15. 쟁점건물에 대한 양수도계약을 체결하였으나, 청구외법인이 2016.4.8. OOO이 지급한 대금 중 일부금액인 공급가액 OOO원을 세금계산서를 발급하겠다고 하여 2016.3.31. 청구인의 주민등록번호가 기재된 전자세금계산서를 발급받았다.

「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호에서 사업자등록신청 전 매입세액은 매입세액으로 공제되지 않지만 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 이내의 것은 제외한다고 규정하고 있는바, 청구인은 2016.4.26.을 사업개시일로 하여 2016.5.4. 사업자등록을 교부받았으므로 2016.1.1.부터 2016.5.23.까지는 주민등록번호를 기재하고 매입세금계산서를 받으면 매입세액 공제가 가능하다.

(라) 쟁점건물에 대한 양수도계약서 제16조에서 OOO이 사업계획을 잘못하여 부득이 공사가 중단되어 사업권을 양도한다고 되어 있고, 제6조에서는 OOO이 지급한 공사비를 건물준공 후 30일 이내에 지급한다고 되어 있다.

질의회신(부가 46015-3441, 2000.10.9.)에 따르면, 도급자와 협의하여 매수자가 건축공사계약을 승계하기로 한 경우 양도자와 시공사간에 기발행한 세금계산서를 취소하고 건축공사 승계자에게 세금계산서를 재발행 하는 것이 아니라, 기발행한 세금계산서가 유효하므로 기발급받은 세금계산서를 매도자가 매수인에게 발급하도록 하고 있다. OOO은 용역의 공급시기가 도래하지 않아 청구외법인으로부터 발급받은 세금계산서가 없고, OOO이 지급한 OOO원은 청구인이 OOO에게 지급할 미지급금이므로 청구외법인이 2016.3.31.을 작성일자로 하고 주민등록번호를 기재하여 발급한 세금계산서의 매입세액은 공제가능하다.

(2) 2016.6.30.자 매입세금계산서 매입세액 공제 여부

(가) 처분청은 2016.6.30. 청구외법인이 발급한 공급대가 OOO원의 세금계산서와 관련하여, OOO이 지급한 OOO원 중 2016.3.31. 발급한 세금계산서의 공급대가 OOO원을 OOO이 발급받아야 할 세금계산서로 보아 그에 대한 매입세액 OOO원의 공제를 부인하였다.

OOO이 선지급한 금액은 OOO의 입장에선 준공 후 30일내로 받기로 한 미수금이고, 청구인의 입장에서는 미지급금이다. 청구인은 2016.9.8. 단기공사 중 건축주가 변경된 경우의 매입세액 공제 여부를 국세청에 질의하여 2016.9.12. 매입세액 공제가 가능하다는 답변을 받았고, 세금계산서 교부방법에 대한 질의회신(부가 46015-3441. 2000.10.9.)에서도 시공사가 기발행한 세금계산서는 양도자와 양수자가 정산하고, 공사계약승계 이후 분은 시공사가 양수인에게 발행하는 것으로 되어 있다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 제시한 질의회신(부가 46015-3441. 2000.10.9.)은 사업자 갑이 건축물을 건설하여 매수자인 을에게 중간지급조건부로 매도하기로 계약한 후 매수자 을로부터 계약금을 지불받아 이에 대한 세금계산서를 교부하였으나, 매수자인 을이 병에게 동 건축물의 권리의무 일체를 양도하기로 함에 따라 을과 병간에 매수자 지위양도·양수에 관한 계약을 체결한 경우에 건축물을 공급하는 갑은 변경된 계약내용에 따라 병에게 중도금과 잔금에 대한 세금계산서를 교부하여야 하고, 을은 병에게 지위양도에 따른 대가관계 있는 금액 전액에 대하여 세금계산서를 교부하여야 한다는 것인바, 청구인과 OOO간 계약은 토지를 제외한 거래로서 사업자간 포괄적 사업양수도가 아니므로 이에 해당하지 않는다.

(가) 2016.3.31 청구인이 교부받은 공급가액 OOO원의 세금계산서는 양도·양수계약(2016.4.15.) 전에 청구인을 공급받는 자로 하여 발행된 것으로 청구인의 권리가 성립되기 전의 상태에서 발행된 것인바, 용역을 공급받는 자가 청구인이 아닌 OOO이므로 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

(나) 2016.6.30. 청구인이 교부받은 세금계산서의 공급가액 OOO원 또한 양도·양수계약(2016.4.15.) 전 양도자가 지급한 공사대금인바, 용역을 공급받는 자가 OOO이므로 그 세금계산서는 공급가액이 과다하게 기재된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

(2) 사업자란 부가가치를 창출할 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고·반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 의미하고, 양도자인 OOO는 사업자가 아니라고 판단하여 사업자등록을 하지 않았다고 주장한다. 따라서, 양도자인 OOO이 지급한 공사대금은 비사업자가 부담한 매입세액으로 사업과 관련 없는 매입세액에 해당하므로 그 지급금액에 대해 양수자인 청구인을 공급받는 자로 하여 발행한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점건물 공사를 진행하던 전 건축주가 선급한 공사비와 관련하여 청구인이 발급받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구인의 항변서 등에는 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가)처분청의 심리자료 등에 의하면OOO은 2015.12.29. 쟁점건물의 부지(669.8㎡)를OOO원에 취득하였고, 2016.1.13.OOO으로부터 쟁점건물에 대한 건축허가(OOO)를 받았으며, 2016.1.20. 청구외법인과 단기도급계약(공사금액 OOO원, 공사기간 2016.1.22.∼2016.5.30.)을 체결한 것으로 나타난다.

(나) OOO은 2016.4.15. 건축 중이던 쟁점건물(토지 제외)에 대하여 청구인과 “신축건물(사업권) 양도·양수 매매계약서”를 체결하고, 2016.4.21. OOO에 건축주를 청구인으로 변경하였으며, 청구인이 추가공사를 진행하여 2016.9.2. 준공검사를 완료한 것으로 나타난다.

(다) 쟁점건물의 공사대금과 관련하여 OOO과 같이 OOO은 2016.1.20.부터 2016.4.5.까지 OOO원을 청구외법인에 지급하였고, 청구인은 2016.5.2.부터 2016.7.20.까지 OOO원을 청구외법인에 지급한 것으로 나타난다.

(라) 신축건물(사업권) 양도·양수 매매계약서에 의하면, OOO이 청구외법인에 지급한 공사대금은 건물 준공 후 30일 이내에 청구인이 OOO에게 지급하는 것으로 약정한 것으로 나타난다.

(마) 청구외법인은 청구인에게 OOO 같이 세금계산서를 발급한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점건물의 공사기간에 6개월 이상이 소요되었고, OOO은 8회에 걸쳐 공사대금 OOO원을 청구외법인에게 지급한 사실이 확인되는바, OOO이 위 공사대금을 지급할 당시 위 공사는 완성도기준지급조건부 또는 중간지급조건부로서 사실상 그에 대한 용역의 공급시기가 도래하였다고 보이므로 이에 따라 OOO이 지급한 공사대금 OOO원에 상당하는 세금계산서는 그 공급받는 자를 OOO으로 보아야 할 것인 점, 청구인은 질의회신(부가 46015-3441. 2000.10.9.)을 들어 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 주장하나, 위 질의회신은 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 경우에 대한 사례인바, 청구인은 토지를 제외하고 신축중인 쟁점건물만 양수하였으므로 사업의 포괄 양도·양수에 해당하지 아니하여 이를 적용할 수 없는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 부가가치세법

제2조(정의)이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

3. "사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

제9조(재화의 공급)① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

제16조(용역의 공급시기)① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례)① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액)① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2)부가가치세법 시행령

제2조(재화의 범위)① 「부가가치세법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1호의 물건은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 상품, 제품, 원료, 기계, 건물 등 모든 유체물(有體物)

제6조(사업 개시일의 기준)법 제5조 제2항에 따른 사업 개시일은 다음 각 호의 구분에 따른다. 다만, 해당 사업이 법령 개정 등으로 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우에는 그 과세 전환일을 사업 개시일로 한다.

1. 제조업 : 제조장별로 재화의 제조를 시작하는 날

2. 광업 : 사업장별로 광물의 채취·채광을 시작하는 날

3. 제1호와 제2호 외의 사업 : 재화나 용역의 공급을 시작하는 날

제23조(재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도)법 제10조제8항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( 「법인세법」 제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우, 「조세특례제한법」 제37조제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.(각 호 생략)

제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기)① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

(3) 부가가치세법 시행규칙

제20조(중간지급조건부 용역의 공급)영 제29조 제1항 제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우